More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_7582 on replicon NC_010627
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  49.62 
 
 		 848 aa  647    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  49.77 
 
 		 867 aa  636    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  100 
 
 		 651 aa  1326    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4772  DNA ligase D  82.18 
 
 		 651 aa  1082    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  50 
 
 		 863 aa  631  1e-179  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  47.01 
 
 		 954 aa  617  1e-175  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  47.58 
 
 		 940 aa  611  1e-173  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  48.97 
 
 		 927 aa  608  1e-173  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  48.46 
 
 		 936 aa  604  1.0000000000000001e-171  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  48.46 
 
 		 936 aa  604  1.0000000000000001e-171  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  47.36 
 
 		 833 aa  600  1e-170  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  47.67 
 
 		 833 aa  599  1e-170  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  48.28 
 
 		 832 aa  595  1e-169  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  49.45 
 
 		 837 aa  594  1e-168  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  50 
 
 		 837 aa  591  1e-167  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  49.6 
 
 		 840 aa  585  1e-166  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  46.5 
 
 		 833 aa  586  1e-166  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  44.98 
 
 		 851 aa  585  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  46.72 
 
 		 864 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  48.14 
 
 		 932 aa  580  1e-164  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  48.59 
 
 		 847 aa  580  1e-164  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  46.94 
 
 		 949 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  46.41 
 
 		 853 aa  573  1.0000000000000001e-162  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  48.89 
 
 		 847 aa  574  1.0000000000000001e-162  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  46.93 
 
 		 871 aa  575  1.0000000000000001e-162  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  48.6 
 
 		 927 aa  575  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  44.69 
 
 		 866 aa  565  1e-160  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  48.81 
 
 		 901 aa  566  1e-160  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  47.78 
 
 		 846 aa  560  1e-158  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  47.04 
 
 		 882 aa  555  1e-156  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  45.56 
 
 		 825 aa  539  9.999999999999999e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  44.51 
 
 		 939 aa  533  1e-150  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  41.03 
 
 		 658 aa  457  1e-127  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  39.91 
 
 		 684 aa  449  1e-125  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  38.15 
 
 		 845 aa  447  1.0000000000000001e-124  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  41.25 
 
 		 845 aa  442  1e-123  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  37.78 
 
 		 815 aa  437  1e-121  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  39.37 
 
 		 683 aa  437  1e-121  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  39.87 
 
 		 856 aa  426  1e-118  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  37.6 
 
 		 813 aa  418  9.999999999999999e-116  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  39.01 
 
 		 911 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  38.35 
 
 		 656 aa  418  9.999999999999999e-116  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  39.77 
 
 		 881 aa  412  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  39.9 
 
 		 822 aa  414  1e-114  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  38.27 
 
 		 644 aa  412  1e-113  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  38.02 
 
 		 882 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  38.79 
 
 		 883 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  39.7 
 
 		 658 aa  403  1e-111  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  37.08 
 
 		 865 aa  403  1e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  36.88 
 
 		 834 aa  405  1e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  37.68 
 
 		 918 aa  402  9.999999999999999e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  37.25 
 
 		 893 aa  397  1e-109  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  38.98 
 
 		 886 aa  396  1e-109  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  38.77 
 
 		 914 aa  395  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  38.88 
 
 		 930 aa  395  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  37.36 
 
 		 900 aa  392  1e-108  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  37.24 
 
 		 825 aa  394  1e-108  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  36.42 
 
 		 888 aa  394  1e-108  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  38.64 
 
 		 895 aa  389  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  36.13 
 
 		 818 aa  387  1e-106  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  37.89 
 
 		 866 aa  383  1e-105  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6876  ATP dependent DNA ligase  55.89 
 
 		 343 aa  385  1e-105  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.747253  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  39.44 
 
 		 837 aa  379  1e-104  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4171  ATP-dependent DNA ligase  37.99 
 
 		 914 aa  382  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.497319  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  37.22 
 
 		 913 aa  371  1e-101  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6253  DNA polymerase LigD ligase subunit  50.87 
 
 		 343 aa  357  3.9999999999999996e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0234052  normal  0.998306 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  36.28 
 
 		 868 aa  357  5e-97  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  35.85 
 
 		 868 aa  355  2e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  33.81 
 
 		 902 aa  349  9e-95  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  36.59 
 
 		 843 aa  348  1e-94  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  37.26 
 
 		 846 aa  348  2e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  33.39 
 
 		 646 aa  343  7e-93  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  55.71 
 
 		 1001 aa  342  1e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  32.48 
 
 		 877 aa  332  1e-89  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  31.53 
 
 		 896 aa  331  2e-89  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  31.81 
 
 		 861 aa  330  4e-89  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1335  ATP-dependent DNA ligase  52.56 
 
 		 980 aa  324  3e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2988  DNA ligase, ATP-dependent  52.56 
 
 		 1163 aa  324  3e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3112  DNA ligase D  52.56 
 
 		 1157 aa  323  8e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0919454  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  33.49 
 
 		 871 aa  322  1.9999999999999998e-86  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  33.44 
 
 		 872 aa  317  4e-85  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  34.13 
 
 		 817 aa  311  2e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0498  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  52.46 
 
 		 298 aa  299  8e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  29.32 
 
 		 855 aa  296  7e-79  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  32.37 
 
 		 847 aa  289  1e-76  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  30.81 
 
 		 896 aa  264  4.999999999999999e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  33.16 
 
 		 815 aa  257  5e-67  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3242  DNA ligase D  30.65 
 
 		 657 aa  247  4e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.99209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  38.64 
 
 		 603 aa  205  2e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1301  hypothetical protein  37.04 
 
 		 301 aa  203  7e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7010  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  37.7 
 
 		 350 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.926095  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5730  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  36.16 
 
 		 350 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.996793  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6783  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  39.71 
 
 		 292 aa  199  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.838138  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6989  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  36.01 
 
 		 354 aa  198  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8275  ATP-dependent DNA ligase  35.22 
 
 		 383 aa  196  1e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0118926  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1305  DNA polymerase LigD ligase region  39.55 
 
 		 343 aa  194  3e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0414241  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5875  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  38.46 
 
 		 297 aa  192  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3103  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  39.02 
 
 		 336 aa  191  2.9999999999999997e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5331  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  35.56 
 
 		 346 aa  191  4e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.51032 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2396  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  35.78 
 
 		 349 aa  184  6e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.788698 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>