More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_4309 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  100 
 
 		 603 aa  1214    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  40.85 
 
 		 882 aa  397  1e-109  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  41.75 
 
 		 940 aa  391  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  39.78 
 
 		 902 aa  383  1e-105  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  41.05 
 
 		 1001 aa  379  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  41.17 
 
 		 883 aa  379  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  42 
 
 		 954 aa  379  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  39.74 
 
 		 608 aa  371  1e-101  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  41.19 
 
 		 927 aa  370  1e-101  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  40.03 
 
 		 900 aa  366  1e-100  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  41.17 
 
 		 895 aa  367  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  40.75 
 
 		 881 aa  365  1e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  38.93 
 
 		 865 aa  364  2e-99  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  39.77 
 
 		 856 aa  363  6e-99  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  39.51 
 
 		 833 aa  361  2e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  39.38 
 
 		 893 aa  360  4e-98  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  38.31 
 
 		 843 aa  359  9e-98  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  39.58 
 
 		 848 aa  359  9.999999999999999e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  39.67 
 
 		 845 aa  358  9.999999999999999e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  39.45 
 
 		 882 aa  357  2.9999999999999997e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  37.83 
 
 		 834 aa  352  8e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  36.12 
 
 		 896 aa  352  8.999999999999999e-96  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  40.19 
 
 		 888 aa  351  3e-95  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  41.71 
 
 		 927 aa  350  3e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  39.74 
 
 		 918 aa  347  2e-94  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  39.9 
 
 		 913 aa  345  1e-93  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  38.45 
 
 		 832 aa  345  1e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  40.88 
 
 		 949 aa  345  2e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  39.55 
 
 		 930 aa  343  4e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  40.57 
 
 		 932 aa  343  7e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  39.74 
 
 		 886 aa  341  2e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  39.94 
 
 		 911 aa  340  2.9999999999999998e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  38.63 
 
 		 534 aa  339  9.999999999999999e-92  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4171  ATP-dependent DNA ligase  39.64 
 
 		 914 aa  337  2.9999999999999997e-91  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.497319  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  39.18 
 
 		 837 aa  332  9e-90  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  38.83 
 
 		 866 aa  315  1.9999999999999998e-84  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  37.86 
 
 		 914 aa  303  7.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  35.94 
 
 		 868 aa  278  1e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  45.71 
 
 		 867 aa  266  5.999999999999999e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  45.03 
 
 		 863 aa  266  7e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3112  DNA ligase D  38.75 
 
 		 1157 aa  261  2e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0919454  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  40.16 
 
 		 851 aa  253  7e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  44.1 
 
 		 837 aa  251  4e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  45.81 
 
 		 936 aa  248  3e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  45.81 
 
 		 936 aa  248  3e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  42.41 
 
 		 847 aa  245  9.999999999999999e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  41.19 
 
 		 866 aa  239  9e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  38.18 
 
 		 877 aa  238  2e-61  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  41.76 
 
 		 833 aa  236  6e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  41.88 
 
 		 871 aa  235  2.0000000000000002e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  43.38 
 
 		 847 aa  234  5e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  39.45 
 
 		 815 aa  233  7.000000000000001e-60  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  44.17 
 
 		 833 aa  233  8.000000000000001e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  44.73 
 
 		 658 aa  233  9e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  44 
 
 		 837 aa  231  3e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  41.82 
 
 		 644 aa  231  3e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  42.77 
 
 		 840 aa  230  4e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  43.91 
 
 		 684 aa  229  1e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  43.85 
 
 		 871 aa  229  1e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  41.39 
 
 		 861 aa  229  1e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  43.53 
 
 		 656 aa  227  4e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  43.17 
 
 		 845 aa  227  5.0000000000000005e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  44 
 
 		 872 aa  227  6e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  42.14 
 
 		 901 aa  227  6e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  41.05 
 
 		 853 aa  223  6e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  42.41 
 
 		 846 aa  220  6e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  41.67 
 
 		 683 aa  219  1e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  39.25 
 
 		 855 aa  218  2e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6876  ATP dependent DNA ligase  41.72 
 
 		 343 aa  216  8e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.747253  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  37.93 
 
 		 813 aa  216  9.999999999999999e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  38.82 
 
 		 818 aa  216  9.999999999999999e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  43.16 
 
 		 939 aa  215  1.9999999999999998e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7782  putative ATP-dependent DNA ligase  38.96 
 
 		 351 aa  214  2.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.089551  normal  0.119022 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  38.68 
 
 		 658 aa  211  3e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  38.99 
 
 		 646 aa  211  3e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2988  DNA ligase, ATP-dependent  39.3 
 
 		 1163 aa  208  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6253  DNA polymerase LigD ligase subunit  40.13 
 
 		 343 aa  206  7e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0234052  normal  0.998306 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  38.64 
 
 		 651 aa  205  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  41.56 
 
 		 847 aa  205  2e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  38.22 
 
 		 822 aa  203  8e-51  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4772  DNA ligase D  39.41 
 
 		 651 aa  200  5e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  36.22 
 
 		 864 aa  198  3e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7647  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  51.89 
 
 		 544 aa  192  1e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  38.8 
 
 		 825 aa  192  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7010  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  38.14 
 
 		 350 aa  189  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.926095  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  38.44 
 
 		 815 aa  186  1.0000000000000001e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  38.71 
 
 		 845 aa  183  7e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  37.23 
 
 		 321 aa  182  2e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6989  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  37.26 
 
 		 354 aa  181  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3242  DNA ligase D  36.02 
 
 		 657 aa  180  8e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.99209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0935  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  53.19 
 
 		 789 aa  179  1e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0727399  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  36.58 
 
 		 828 aa  179  1e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  39.06 
 
 		 825 aa  178  2e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  38.64 
 
 		 868 aa  177  4e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0932  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  53.19 
 
 		 737 aa  177  5e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.819515  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1305  DNA polymerase LigD ligase region  37.42 
 
 		 343 aa  175  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0414241  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2120  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  38.3 
 
 		 436 aa  175  1.9999999999999998e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0836628  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2161  ATP dependent DNA ligase  38.08 
 
 		 313 aa  174  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.379865  normal  0.199532 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2316  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  38.08 
 
 		 313 aa  174  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0884  ATP dependent DNA ligase  53.59 
 
 		 726 aa  174  5e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.911309  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>