More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3260 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 		 833 aa  1712    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  54.42 
 
 		 851 aa  922    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  52.83 
 
 		 866 aa  888    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  45.02 
 
 		 825 aa  693    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  50.75 
 
 		 901 aa  837    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  48.65 
 
 		 846 aa  754    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  66.39 
 
 		 848 aa  1164    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  51.3 
 
 		 853 aa  822    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  47.31 
 
 		 949 aa  785    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  54.44 
 
 		 863 aa  934    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  51.19 
 
 		 882 aa  821    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  47.38 
 
 		 936 aa  803    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  47.51 
 
 		 927 aa  797    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  47.53 
 
 		 932 aa  787    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  56.99 
 
 		 840 aa  945    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  47.27 
 
 		 936 aa  801    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  83.87 
 
 		 832 aa  1444    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  48.38 
 
 		 927 aa  787    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  49.23 
 
 		 847 aa  787    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  54.8 
 
 		 867 aa  944    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  47.92 
 
 		 940 aa  825    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  42.58 
 
 		 815 aa  660    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  88.1 
 
 		 833 aa  1513    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  48.47 
 
 		 954 aa  840    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  55.3 
 
 		 837 aa  901    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  57.06 
 
 		 847 aa  951    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  49.24 
 
 		 871 aa  791    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  44.83 
 
 		 939 aa  726    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  49.4 
 
 		 837 aa  773    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  48 
 
 		 864 aa  798    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  96.76 
 
 		 833 aa  1656    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  41.77 
 
 		 845 aa  620  1e-176  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  41.29 
 
 		 845 aa  617  1e-175  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  41.25 
 
 		 834 aa  617  1e-175  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  40.96 
 
 		 856 aa  599  1e-170  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  47.36 
 
 		 651 aa  600  1e-170  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  40.24 
 
 		 825 aa  580  1e-164  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  40.42 
 
 		 865 aa  579  1e-164  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4772  DNA ligase D  46.89 
 
 		 651 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  41.38 
 
 		 846 aa  545  1e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  40.17 
 
 		 843 aa  544  1e-153  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  37.64 
 
 		 881 aa  536  1e-151  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  39.9 
 
 		 837 aa  538  1e-151  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  39.03 
 
 		 868 aa  537  1e-151  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  39.11 
 
 		 883 aa  536  1e-151  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  39.03 
 
 		 868 aa  536  1e-151  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  36.22 
 
 		 813 aa  534  1e-150  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  37.72 
 
 		 882 aa  531  1e-149  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  37.09 
 
 		 886 aa  524  1e-147  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  37.34 
 
 		 893 aa  523  1e-147  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  37.62 
 
 		 900 aa  516  1.0000000000000001e-145  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  37.9 
 
 		 822 aa  516  1.0000000000000001e-145  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  37.47 
 
 		 895 aa  518  1.0000000000000001e-145  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  36.94 
 
 		 911 aa  511  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  36.88 
 
 		 818 aa  511  1e-143  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  39.13 
 
 		 817 aa  511  1e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  47.09 
 
 		 1001 aa  504  1e-141  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  36.99 
 
 		 871 aa  500  1e-140  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  36.82 
 
 		 877 aa  502  1e-140  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  36.1 
 
 		 914 aa  496  1e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  35.32 
 
 		 930 aa  496  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4171  ATP-dependent DNA ligase  36.53 
 
 		 914 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.497319  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  37.07 
 
 		 888 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  34.69 
 
 		 902 aa  491  1e-137  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  35.49 
 
 		 913 aa  485  1e-135  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  36.98 
 
 		 866 aa  479  1e-134  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  34.91 
 
 		 855 aa  482  1e-134  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  34.8 
 
 		 896 aa  479  1e-133  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  38.1 
 
 		 847 aa  478  1e-133  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  36.3 
 
 		 872 aa  472  1.0000000000000001e-131  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  33.72 
 
 		 861 aa  471  1.0000000000000001e-131  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  40.62 
 
 		 658 aa  447  1.0000000000000001e-124  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  40.75 
 
 		 644 aa  447  1.0000000000000001e-124  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  41.23 
 
 		 658 aa  437  1e-121  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  40 
 
 		 684 aa  435  1e-120  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  34.3 
 
 		 896 aa  428  1e-118  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  39.91 
 
 		 683 aa  424  1e-117  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  38.51 
 
 		 656 aa  410  1e-113  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  33.5 
 
 		 815 aa  370  1e-101  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  33.75 
 
 		 918 aa  344  4e-93  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  33.69 
 
 		 646 aa  337  3.9999999999999995e-91  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  41.85 
 
 		 534 aa  333  7.000000000000001e-90  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3112  DNA ligase D  56.1 
 
 		 1157 aa  328  3e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0919454  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1335  ATP-dependent DNA ligase  56.1 
 
 		 980 aa  327  4.0000000000000003e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2988  DNA ligase, ATP-dependent  55.75 
 
 		 1163 aa  325  2e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0498  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  53 
 
 		 298 aa  291  5.0000000000000004e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  35.11 
 
 		 495 aa  278  3e-73  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6876  ATP dependent DNA ligase  42.01 
 
 		 343 aa  263  1e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.747253  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  35.44 
 
 		 797 aa  261  4e-68  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34920  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  34.4 
 
 		 477 aa  251  3e-65  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140848  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6253  DNA polymerase LigD ligase subunit  41.38 
 
 		 343 aa  250  7e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0234052  normal  0.998306 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  34.61 
 
 		 766 aa  248  4e-64  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  35.52 
 
 		 847 aa  246  9.999999999999999e-64  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  35.15 
 
 		 831 aa  244  7e-63  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  33.33 
 
 		 759 aa  242  2e-62  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3242  DNA ligase D  31.3 
 
 		 657 aa  238  2e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.99209  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  32.88 
 
 		 763 aa  238  3e-61  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  33.9 
 
 		 816 aa  238  4e-61  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0932  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  39.12 
 
 		 737 aa  238  4e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.819515  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  41.76 
 
 		 603 aa  236  9e-61  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>