More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3907 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  61.71 
 
 		 882 aa  1103    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  58.61 
 
 		 913 aa  1019    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  60.56 
 
 		 914 aa  1103    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  63.63 
 
 		 911 aa  1130    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  60.04 
 
 		 881 aa  1069    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  60.5 
 
 		 930 aa  1102    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  59.95 
 
 		 866 aa  999    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 		 900 aa  1841    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  44.7 
 
 		 845 aa  671    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  56.84 
 
 		 918 aa  1011    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  62.02 
 
 		 893 aa  1092    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  61.09 
 
 		 883 aa  1088    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  44.37 
 
 		 865 aa  668    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  60.49 
 
 		 886 aa  1053    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4171  ATP-dependent DNA ligase  58.93 
 
 		 914 aa  1029    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.497319  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  42.7 
 
 		 834 aa  643    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  61.38 
 
 		 888 aa  1080    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  62.5 
 
 		 895 aa  1090    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  44.25 
 
 		 856 aa  671    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  41.4 
 
 		 845 aa  618  1e-175  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  41.32 
 
 		 837 aa  598  1e-169  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  40.32 
 
 		 843 aa  593  1e-168  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  39.91 
 
 		 867 aa  584  1.0000000000000001e-165  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  38.58 
 
 		 954 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  39.8 
 
 		 863 aa  577  1.0000000000000001e-163  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  40.67 
 
 		 868 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  39.04 
 
 		 815 aa  578  1.0000000000000001e-163  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  38.37 
 
 		 851 aa  574  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  39.85 
 
 		 901 aa  573  1.0000000000000001e-162  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  37.32 
 
 		 853 aa  573  1.0000000000000001e-162  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  38.59 
 
 		 866 aa  571  1e-161  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  40.11 
 
 		 868 aa  572  1e-161  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  38.58 
 
 		 940 aa  567  1e-160  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  40.21 
 
 		 846 aa  564  1.0000000000000001e-159  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  37.35 
 
 		 837 aa  559  1e-158  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  38.33 
 
 		 927 aa  559  1e-157  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  39.37 
 
 		 848 aa  555  1e-156  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  37.94 
 
 		 932 aa  551  1e-155  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  39.04 
 
 		 846 aa  547  1e-154  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  38.2 
 
 		 882 aa  547  1e-154  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  38.04 
 
 		 927 aa  546  1e-154  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  38.88 
 
 		 939 aa  548  1e-154  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  38.9 
 
 		 837 aa  548  1e-154  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  37.71 
 
 		 936 aa  544  1e-153  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  37.71 
 
 		 936 aa  545  1e-153  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  38.26 
 
 		 864 aa  543  1e-153  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  37.02 
 
 		 949 aa  537  1e-151  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  37.53 
 
 		 871 aa  539  1e-151  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  38.95 
 
 		 832 aa  533  1e-150  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  37.33 
 
 		 825 aa  530  1e-149  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  36.52 
 
 		 840 aa  527  1e-148  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  37.62 
 
 		 833 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  37.76 
 
 		 833 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  36.14 
 
 		 847 aa  512  1e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  37.73 
 
 		 833 aa  512  1e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  37.61 
 
 		 817 aa  496  9.999999999999999e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  35.42 
 
 		 813 aa  493  9.999999999999999e-139  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  37.99 
 
 		 825 aa  482  1e-134  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  34.09 
 
 		 877 aa  464  1e-129  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  34.39 
 
 		 871 aa  460  9.999999999999999e-129  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  34.11 
 
 		 902 aa  459  9.999999999999999e-129  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  41.43 
 
 		 644 aa  456  1e-127  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8275  ATP-dependent DNA ligase  62.53 
 
 		 383 aa  451  1e-125  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0118926  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  32.94 
 
 		 896 aa  449  1.0000000000000001e-124  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  33.77 
 
 		 872 aa  448  1.0000000000000001e-124  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  32.66 
 
 		 855 aa  444  1e-123  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  32.01 
 
 		 861 aa  431  1e-119  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  33.93 
 
 		 847 aa  418  9.999999999999999e-116  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  38.26 
 
 		 658 aa  414  1e-114  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  37.24 
 
 		 684 aa  409  1.0000000000000001e-112  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  38.31 
 
 		 683 aa  399  1e-109  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  37.44 
 
 		 656 aa  399  1e-109  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  37.36 
 
 		 651 aa  392  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  36.14 
 
 		 658 aa  380  1e-104  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  38.01 
 
 		 1001 aa  377  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  40.03 
 
 		 603 aa  366  1e-99  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4772  DNA ligase D  37.04 
 
 		 651 aa  365  2e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  35.68 
 
 		 818 aa  363  8e-99  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  34.14 
 
 		 822 aa  348  4e-94  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  37.46 
 
 		 534 aa  337  5e-91  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2226  DNA polymerase LigD polymerase subunit  54.05 
 
 		 299 aa  327  4.0000000000000003e-88  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3112  DNA ligase D  33.6 
 
 		 1157 aa  318  3e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0919454  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  36.95 
 
 		 608 aa  316  9.999999999999999e-85  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2225  DNA ligase  68.6 
 
 		 213 aa  282  2e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  30.48 
 
 		 646 aa  281  4e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  31.39 
 
 		 896 aa  273  1e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  30.57 
 
 		 815 aa  259  1e-67  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0932  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  37.97 
 
 		 737 aa  256  1.0000000000000001e-66  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.819515  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0935  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  38.36 
 
 		 789 aa  253  9.000000000000001e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0727399  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3242  DNA ligase D  29.15 
 
 		 657 aa  251  4e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.99209  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  32.98 
 
 		 816 aa  232  2e-59  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0884  ATP dependent DNA ligase  37.84 
 
 		 726 aa  232  3e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.911309  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  32.88 
 
 		 828 aa  231  4e-59  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6783  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  42.91 
 
 		 292 aa  225  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.838138  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6253  DNA polymerase LigD ligase subunit  37.29 
 
 		 343 aa  224  7e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0234052  normal  0.998306 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5875  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  43.25 
 
 		 297 aa  222  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6876  ATP dependent DNA ligase  37.54 
 
 		 343 aa  217  7e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.747253  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7647  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  56.08 
 
 		 544 aa  210  1e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2988  DNA ligase, ATP-dependent  36.39 
 
 		 1163 aa  209  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3852  ATP dependent DNA ligase  38.94 
 
 		 315 aa  206  2e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>