203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_2226 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_2226  DNA polymerase LigD polymerase subunit  100 
 
 		 299 aa  614  1e-175  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  60.54 
 
 		 882 aa  382  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  60.54 
 
 		 883 aa  378  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  59.26 
 
 		 881 aa  378  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  60.68 
 
 		 886 aa  372  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  59.73 
 
 		 911 aa  354  7.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  56.42 
 
 		 893 aa  354  8.999999999999999e-97  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8275  ATP-dependent DNA ligase  56.42 
 
 		 383 aa  353  2e-96  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0118926  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  56.67 
 
 		 888 aa  349  4e-95  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  57.34 
 
 		 866 aa  346  2e-94  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  58.02 
 
 		 913 aa  343  2e-93  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  57.34 
 
 		 930 aa  342  5e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  54.05 
 
 		 900 aa  327  1.0000000000000001e-88  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  54.27 
 
 		 914 aa  326  3e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  54.95 
 
 		 895 aa  325  4.0000000000000003e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  56.12 
 
 		 918 aa  325  5e-88  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4171  ATP-dependent DNA ligase  54.21 
 
 		 914 aa  309  2.9999999999999997e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.497319  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  43.79 
 
 		 834 aa  232  5e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  43.31 
 
 		 856 aa  215  5.9999999999999996e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  41.81 
 
 		 644 aa  215  9e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  37.42 
 
 		 940 aa  207  2e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  39.38 
 
 		 927 aa  205  8e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  40.07 
 
 		 658 aa  203  2e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  39.86 
 
 		 936 aa  203  2e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  39.86 
 
 		 936 aa  203  2e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6783  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  41.44 
 
 		 292 aa  203  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.838138  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  40.07 
 
 		 683 aa  203  4e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  41.5 
 
 		 845 aa  202  5e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  37.07 
 
 		 1001 aa  202  7e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  38.54 
 
 		 825 aa  201  1.9999999999999998e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  39.73 
 
 		 684 aa  199  3.9999999999999996e-50  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  39.19 
 
 		 927 aa  198  9e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7647  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  40.38 
 
 		 544 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  38.51 
 
 		 949 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1335  ATP-dependent DNA ligase  40.68 
 
 		 980 aa  196  3e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5875  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  40.75 
 
 		 297 aa  195  7e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  40.07 
 
 		 845 aa  195  8.000000000000001e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  38.18 
 
 		 932 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3112  DNA ligase D  40.3 
 
 		 1157 aa  194  1e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0919454  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  36.39 
 
 		 954 aa  194  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2988  DNA ligase, ATP-dependent  40.3 
 
 		 1163 aa  194  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  40.07 
 
 		 656 aa  193  2e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  38.05 
 
 		 825 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  38.54 
 
 		 846 aa  187  2e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  36.39 
 
 		 867 aa  185  8e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  38.01 
 
 		 846 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4186  hypothetical protein  39.07 
 
 		 330 aa  184  2.0000000000000003e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0264097  normal  0.220131 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  35.64 
 
 		 837 aa  182  6e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  37.81 
 
 		 847 aa  181  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  34.34 
 
 		 815 aa  180  2.9999999999999997e-44  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  35.47 
 
 		 868 aa  177  1e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  36.86 
 
 		 865 aa  177  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1301  hypothetical protein  37.01 
 
 		 301 aa  176  3e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4772  DNA ligase D  33.67 
 
 		 651 aa  176  4e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  35.23 
 
 		 853 aa  176  5e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  37.72 
 
 		 939 aa  176  5e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  35.03 
 
 		 863 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  34.29 
 
 		 651 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0498  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  39.58 
 
 		 298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  34.46 
 
 		 868 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  35.59 
 
 		 871 aa  173  2.9999999999999996e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  35.4 
 
 		 843 aa  173  3.9999999999999995e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  35.42 
 
 		 813 aa  172  3.9999999999999995e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  34.92 
 
 		 864 aa  172  5.999999999999999e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  35.59 
 
 		 882 aa  172  7.999999999999999e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  35.35 
 
 		 837 aa  171  1e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  36.57 
 
 		 822 aa  168  1e-40  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  35.43 
 
 		 818 aa  168  1e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  34.31 
 
 		 658 aa  168  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  31.8 
 
 		 851 aa  166  5e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  37.4 
 
 		 901 aa  163  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  33.78 
 
 		 837 aa  163  3e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  31.77 
 
 		 866 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  34.95 
 
 		 817 aa  161  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1124  hypothetical protein  33.78 
 
 		 303 aa  158  1e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  31.62 
 
 		 902 aa  157  2e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  29.63 
 
 		 861 aa  154  1e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  32.17 
 
 		 646 aa  154  2e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3085  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  31.14 
 
 		 299 aa  153  4e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.884253 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  31.51 
 
 		 848 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2802  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  34.71 
 
 		 302 aa  150  2e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0918963  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  33.46 
 
 		 896 aa  147  3e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  32.67 
 
 		 847 aa  144  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  30.6 
 
 		 877 aa  143  3e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  32.08 
 
 		 833 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  31.76 
 
 		 840 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  31.38 
 
 		 833 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3453  DNA primase, small subunit  35.18 
 
 		 301 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  31.38 
 
 		 833 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  34.34 
 
 		 763 aa  139  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  31.84 
 
 		 896 aa  139  4.999999999999999e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  31.09 
 
 		 855 aa  137  1e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  32.36 
 
 		 766 aa  137  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  32.07 
 
 		 832 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  33.33 
 
 		 847 aa  136  4e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1207  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.66 
 
 		 302 aa  133  3e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.560779  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  32.69 
 
 		 758 aa  133  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4438  ATP-dependent DNA ligase  32.69 
 
 		 758 aa  133  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0862477 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  32.69 
 
 		 758 aa  133  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3248  DNA polymerase LigD polymerase subunit  31.99 
 
 		 328 aa  132  7.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>