More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_0026 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  100 
 
 
825 aa  1653    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  40.46 
 
 
815 aa  629  1e-179  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  43.21 
 
 
834 aa  624  1e-177  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  42.52 
 
 
848 aa  606  9.999999999999999e-173  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  40.95 
 
 
833 aa  598  1e-169  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  42.08 
 
 
865 aa  597  1e-169  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  43.53 
 
 
837 aa  597  1e-169  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  43.28 
 
 
843 aa  595  1e-168  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  43.33 
 
 
845 aa  595  1e-168  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  41.54 
 
 
867 aa  590  1e-167  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  41.59 
 
 
863 aa  589  1e-167  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  39.93 
 
 
833 aa  590  1e-167  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  40.24 
 
 
833 aa  587  1e-166  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  42.16 
 
 
837 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  41.89 
 
 
901 aa  581  1e-164  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  40.63 
 
 
845 aa  581  1e-164  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  40.26 
 
 
851 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  38.58 
 
 
813 aa  570  1e-161  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  42.36 
 
 
856 aa  564  1.0000000000000001e-159  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  42.01 
 
 
837 aa  565  1.0000000000000001e-159  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  38.76 
 
 
864 aa  564  1.0000000000000001e-159  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  40.28 
 
 
866 aa  561  1e-158  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  39.81 
 
 
832 aa  559  1e-158  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  38.42 
 
 
940 aa  555  1e-156  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  39.29 
 
 
818 aa  554  1e-156  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  41.58 
 
 
822 aa  555  1e-156  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  40.71 
 
 
882 aa  551  1e-155  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  38.82 
 
 
853 aa  548  1e-154  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  39.42 
 
 
927 aa  548  1e-154  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  38.73 
 
 
840 aa  545  1e-153  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  38.97 
 
 
847 aa  541  9.999999999999999e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  40.58 
 
 
825 aa  538  1e-151  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  39.59 
 
 
847 aa  538  1e-151  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  40.69 
 
 
846 aa  531  1e-149  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  39.59 
 
 
927 aa  529  1e-149  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  38.49 
 
 
871 aa  528  1e-148  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  40.68 
 
 
846 aa  524  1e-147  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  39.6 
 
 
868 aa  521  1e-146  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  39.62 
 
 
868 aa  520  1e-146  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  37.93 
 
 
932 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  39.39 
 
 
883 aa  514  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  39.03 
 
 
882 aa  513  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  37.24 
 
 
911 aa  510  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  38.93 
 
 
881 aa  510  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  38.85 
 
 
888 aa  512  1e-143  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  38.24 
 
 
895 aa  502  1e-140  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  39.62 
 
 
886 aa  497  1e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  37.7 
 
 
893 aa  499  1e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  38.25 
 
 
939 aa  498  1e-139  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  36.62 
 
 
914 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  36.41 
 
 
866 aa  494  9.999999999999999e-139  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  38.49 
 
 
900 aa  491  1e-137  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  43.33 
 
 
658 aa  480  1e-134  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  35.85 
 
 
861 aa  479  1e-134  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  35.68 
 
 
913 aa  478  1e-133  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  37.13 
 
 
936 aa  479  1e-133  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  38.6 
 
 
847 aa  478  1e-133  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  38.84 
 
 
817 aa  476  1e-133  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  37.13 
 
 
936 aa  479  1e-133  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  37.04 
 
 
918 aa  476  1e-133  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  32.96 
 
 
896 aa  467  9.999999999999999e-131  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4171  ATP-dependent DNA ligase  36.63 
 
 
914 aa  468  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.497319  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  41.13 
 
 
644 aa  448  1.0000000000000001e-124  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  35.02 
 
 
871 aa  445  1e-123  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  32.12 
 
 
855 aa  445  1e-123  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  31.96 
 
 
902 aa  429  1e-119  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  34.46 
 
 
872 aa  429  1e-119  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  40.45 
 
 
656 aa  431  1e-119  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  34.81 
 
 
896 aa  426  1e-117  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  32.92 
 
 
877 aa  423  1e-117  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  40.79 
 
 
658 aa  419  9.999999999999999e-116  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  39.72 
 
 
684 aa  412  1e-113  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  39.78 
 
 
683 aa  399  1e-109  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  37.24 
 
 
651 aa  394  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4772  DNA ligase D  37.24 
 
 
651 aa  375  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  41.68 
 
 
954 aa  362  1e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  37.24 
 
 
930 aa  358  2.9999999999999997e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  38.55 
 
 
1001 aa  338  2.9999999999999997e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  32.05 
 
 
815 aa  335  2e-90  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  41.52 
 
 
949 aa  333  6e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  37.19 
 
 
608 aa  323  8e-87  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  38.73 
 
 
534 aa  306  2.0000000000000002e-81  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  30.67 
 
 
646 aa  305  2.0000000000000002e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1301  hypothetical protein  47.23 
 
 
301 aa  259  2e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  35.03 
 
 
797 aa  254  4.0000000000000004e-66  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6783  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  46.1 
 
 
292 aa  251  5e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.838138  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5875  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  44.73 
 
 
297 aa  246  1.9999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  35.77 
 
 
831 aa  238  2e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4186  hypothetical protein  46.74 
 
 
330 aa  237  7e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0264097  normal  0.220131 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  36.61 
 
 
845 aa  236  1.0000000000000001e-60  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3112  DNA ligase D  43.25 
 
 
1157 aa  236  1.0000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0919454  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34920  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  34.66 
 
 
477 aa  236  2.0000000000000002e-60  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140848  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2988  DNA ligase, ATP-dependent  43.16 
 
 
1163 aa  235  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1335  ATP-dependent DNA ligase  43.16 
 
 
980 aa  235  3e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7647  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  42.55 
 
 
544 aa  234  6e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  34.29 
 
 
495 aa  233  8.000000000000001e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  35.92 
 
 
852 aa  232  2e-59  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  35.14 
 
 
759 aa  231  5e-59  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  37.98 
 
 
816 aa  230  7e-59  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0498  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  44.44 
 
 
298 aa  229  2e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>