203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_3453 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_3453  DNA primase, small subunit  100 
 
 		 301 aa  619  1e-176  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2863  DNA primase-like  47.51 
 
 		 352 aa  290  2e-77  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.355668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1007  DNA polymerase LigD polymerase subunit  51.54 
 
 		 305 aa  290  2e-77  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.104732  hitchhiker  0.00609843 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0962  hypothetical protein  51.86 
 
 		 313 aa  283  3.0000000000000004e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.612546  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1020  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  50.51 
 
 		 313 aa  280  2e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00719502  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  48.96 
 
 		 815 aa  280  2e-74  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4308  DNA polymerase LigD polymerase subunit  46.15 
 
 		 306 aa  280  2e-74  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1023  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  50.85 
 
 		 313 aa  278  1e-73  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34930  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  46.46 
 
 		 303 aa  258  6e-68  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.564701  normal  0.292075 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2991  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  47.42 
 
 		 293 aa  253  2.0000000000000002e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5249  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  43.75 
 
 		 292 aa  244  9.999999999999999e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.398866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4351  DNA polymerase LigD polymerase subunit  42.28 
 
 		 303 aa  241  2e-62  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1207  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  45.18 
 
 		 302 aa  239  2.9999999999999997e-62  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.560779  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1237  ATP dependent DNA ligase  45.58 
 
 		 304 aa  237  2e-61  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3967  DNA primase, small subunit  41.61 
 
 		 302 aa  233  2.0000000000000002e-60  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.641256  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0201  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  40.6 
 
 		 778 aa  222  4.9999999999999996e-57  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.173659  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  39.46 
 
 		 858 aa  210  2e-53  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  40.64 
 
 		 797 aa  204  1e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  39.8 
 
 		 845 aa  204  2e-51  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  39.93 
 
 		 831 aa  202  6e-51  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  38.57 
 
 		 766 aa  202  7e-51  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  39.45 
 
 		 847 aa  202  8e-51  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  39.58 
 
 		 816 aa  201  8e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03410  DNA polymerase LigD polymerase domain protein  34.34 
 
 		 313 aa  198  7e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  39.86 
 
 		 758 aa  197  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  39.86 
 
 		 758 aa  197  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4438  ATP-dependent DNA ligase  39.86 
 
 		 758 aa  197  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0862477 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1584  DNA polymerase LigD polymerase subunit  41.28 
 
 		 309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0991666  normal  0.0697444 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  37.76 
 
 		 852 aa  197  3e-49  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  38.23 
 
 		 828 aa  196  3e-49  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2815  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  37 
 
 		 305 aa  195  6e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1986  DNA primase, small subunit  34.58 
 
 		 303 aa  195  6e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.328453  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  40.14 
 
 		 763 aa  194  1e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1124  hypothetical protein  34.35 
 
 		 303 aa  192  5e-48  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2802  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  36.72 
 
 		 302 aa  191  2e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0918963  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  32.65 
 
 		 646 aa  189  5e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2121  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  42.48 
 
 		 306 aa  189  5e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.368093  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  38.46 
 
 		 759 aa  189  5e-47  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2082  hypothetical protein  37.37 
 
 		 306 aa  187  2e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  39.78 
 
 		 847 aa  186  3e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2067  hypothetical protein  36.55 
 
 		 312 aa  185  7e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0552463 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19790  ATP-dependent DNA ligase  37.74 
 
 		 878 aa  179  7e-44  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.874876  normal  0.0111766 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0598  hypothetical protein  37.73 
 
 		 314 aa  178  1e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.479165  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  33.68 
 
 		 896 aa  176  4e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1543  DNA primase, small subunit  35.74 
 
 		 341 aa  176  6e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.881236  normal  0.307141 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  33.22 
 
 		 902 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1486  DNA polymerase LigD polymerase subunit  35.46 
 
 		 341 aa  172  5e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00018157 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3085  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.76 
 
 		 299 aa  170  2e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.884253 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0139  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  30.49 
 
 		 306 aa  170  3e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3248  DNA polymerase LigD polymerase subunit  38.31 
 
 		 328 aa  169  7e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  30.24 
 
 		 877 aa  167  2e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1670  DNA primase-like  32.32 
 
 		 527 aa  166  4e-40  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.447053  hitchhiker  0.00316977 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0817  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  34.11 
 
 		 522 aa  166  5.9999999999999996e-40  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.138014  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  35.81 
 
 		 825 aa  166  5.9999999999999996e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  32.89 
 
 		 861 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  34.38 
 
 		 871 aa  163  4.0000000000000004e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  31.51 
 
 		 855 aa  162  8.000000000000001e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  37.15 
 
 		 896 aa  159  4e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  34.38 
 
 		 872 aa  159  4e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0366  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  31.36 
 
 		 304 aa  158  1e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00411082  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5821  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  31.63 
 
 		 352 aa  158  1e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.305654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7781  putative DNA ligase-like protein  33.01 
 
 		 317 aa  157  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0711104  normal  0.114107 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1301  hypothetical protein  33.73 
 
 		 301 aa  155  7e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2856  DNA primase-like  33.73 
 
 		 455 aa  155  7e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.101034  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  37.75 
 
 		 846 aa  155  8e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  36.22 
 
 		 846 aa  154  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  34.4 
 
 		 813 aa  154  2e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  37.4 
 
 		 868 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2226  DNA polymerase LigD polymerase subunit  35.18 
 
 		 299 aa  153  2.9999999999999998e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  37.4 
 
 		 868 aa  153  4e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  35.48 
 
 		 843 aa  152  5e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2258  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  32.16 
 
 		 332 aa  152  7e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.20495 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3206  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.37 
 
 		 414 aa  151  1e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  33.22 
 
 		 818 aa  150  2e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  34.59 
 
 		 865 aa  150  2e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1378  hypothetical protein  32.01 
 
 		 339 aa  149  4e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.200655  normal  0.549475 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0498  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  35.63 
 
 		 298 aa  149  8e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1675  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.88 
 
 		 371 aa  149  8e-35  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1571  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.21 
 
 		 330 aa  148  1.0000000000000001e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0935  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  35.23 
 
 		 789 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0727399  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3426  hypothetical protein  32.01 
 
 		 414 aa  147  2.0000000000000003e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.467651  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0932  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  34.43 
 
 		 737 aa  146  4.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.819515  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  34.92 
 
 		 936 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  34.92 
 
 		 936 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  32.65 
 
 		 940 aa  146  5e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  34.92 
 
 		 927 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  35.43 
 
 		 871 aa  145  7.0000000000000006e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3112  DNA ligase D  36.11 
 
 		 1157 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0919454  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  33.71 
 
 		 954 aa  144  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6714  DNA primase small subunit  31.62 
 
 		 334 aa  145  1e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0437742  normal  0.209987 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1335  ATP-dependent DNA ligase  34.5 
 
 		 980 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  36.4 
 
 		 658 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  35.02 
 
 		 837 aa  144  2e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2988  DNA ligase, ATP-dependent  34.5 
 
 		 1163 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  34.68 
 
 		 822 aa  144  2e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  34.01 
 
 		 837 aa  144  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7647  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.2 
 
 		 544 aa  144  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  31.36 
 
 		 914 aa  143  3e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  35.69 
 
 		 684 aa  143  3e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  32.3 
 
 		 1001 aa  143  4e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>