203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_3967 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_3967  DNA primase, small subunit  100 
 
 		 302 aa  610  9.999999999999999e-175  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.641256  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4351  DNA polymerase LigD polymerase subunit  90.7 
 
 		 303 aa  560  1e-158  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1207  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  59.21 
 
 		 302 aa  345  5e-94  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.560779  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34930  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  58.36 
 
 		 303 aa  345  6e-94  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.564701  normal  0.292075 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2802  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  56.48 
 
 		 302 aa  344  1e-93  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0918963  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2991  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  57.58 
 
 		 293 aa  328  9e-89  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1237  ATP dependent DNA ligase  54.05 
 
 		 304 aa  308  1.0000000000000001e-82  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2815  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  53.14 
 
 		 305 aa  308  1.0000000000000001e-82  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2863  DNA primase-like  49.66 
 
 		 352 aa  287  2e-76  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.355668  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5249  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  50.17 
 
 		 292 aa  282  4.0000000000000003e-75  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.398866  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  51.82 
 
 		 858 aa  280  2e-74  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1007  DNA polymerase LigD polymerase subunit  54.03 
 
 		 305 aa  280  2e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.104732  hitchhiker  0.00609843 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1020  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  52.33 
 
 		 313 aa  275  7e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00719502  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0962  hypothetical protein  52.67 
 
 		 313 aa  274  1.0000000000000001e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.612546  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4308  DNA polymerase LigD polymerase subunit  47.19 
 
 		 306 aa  273  4.0000000000000004e-72  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1023  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  52.67 
 
 		 313 aa  271  7e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  48.84 
 
 		 815 aa  270  2.9999999999999997e-71  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2121  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  54.24 
 
 		 306 aa  253  2.0000000000000002e-66  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.368093  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  47.65 
 
 		 847 aa  246  3e-64  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  43.97 
 
 		 845 aa  246  4e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  45.89 
 
 		 816 aa  242  7e-63  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  46.1 
 
 		 758 aa  241  1e-62  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0201  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  44.12 
 
 		 778 aa  241  1e-62  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.173659  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4438  ATP-dependent DNA ligase  46.1 
 
 		 758 aa  241  1e-62  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0862477 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  45.76 
 
 		 758 aa  238  1e-61  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  43.48 
 
 		 852 aa  237  2e-61  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  44.71 
 
 		 759 aa  236  3e-61  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19790  ATP-dependent DNA ligase  46.36 
 
 		 878 aa  236  3e-61  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.874876  normal  0.0111766 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  44.07 
 
 		 766 aa  234  2.0000000000000002e-60  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  43.24 
 
 		 828 aa  233  3e-60  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  45.33 
 
 		 763 aa  232  5e-60  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  42.54 
 
 		 831 aa  229  4e-59  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  43.25 
 
 		 797 aa  229  6e-59  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3453  DNA primase, small subunit  41.61 
 
 		 301 aa  223  4e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1584  DNA polymerase LigD polymerase subunit  43.19 
 
 		 309 aa  197  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0991666  normal  0.0697444 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1124  hypothetical protein  35.2 
 
 		 303 aa  195  7e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03410  DNA polymerase LigD polymerase domain protein  32.67 
 
 		 313 aa  194  2e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  33.67 
 
 		 896 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  31.63 
 
 		 646 aa  179  4.999999999999999e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  34.02 
 
 		 855 aa  178  8e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  38.25 
 
 		 847 aa  178  8e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0598  hypothetical protein  36.94 
 
 		 314 aa  176  3e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.479165  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2082  hypothetical protein  35.15 
 
 		 306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0366  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.79 
 
 		 304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00411082  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  31.29 
 
 		 902 aa  172  9e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1986  DNA primase, small subunit  34.24 
 
 		 303 aa  169  7e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.328453  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1670  DNA primase-like  34.41 
 
 		 527 aa  169  8e-41  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.447053  hitchhiker  0.00316977 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2067  hypothetical protein  34.62 
 
 		 312 aa  166  4e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0552463 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0139  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  31.48 
 
 		 306 aa  166  5e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  32.31 
 
 		 872 aa  166  5.9999999999999996e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0817  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  36.39 
 
 		 522 aa  162  6e-39  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.138014  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  36.51 
 
 		 896 aa  160  2e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  30.77 
 
 		 861 aa  160  3e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7647  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  35 
 
 		 544 aa  160  3e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2856  DNA primase-like  37.37 
 
 		 455 aa  159  4e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.101034  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  31.29 
 
 		 871 aa  159  6e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  30.61 
 
 		 877 aa  157  3e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3085  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  29.41 
 
 		 299 aa  155  7e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.884253 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  35.06 
 
 		 813 aa  155  8e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1378  hypothetical protein  33.33 
 
 		 339 aa  154  2e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.200655  normal  0.549475 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1571  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  36.78 
 
 		 330 aa  154  2e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6628  DNA primase small subunit  35.86 
 
 		 358 aa  153  2.9999999999999998e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0103402  hitchhiker  0.0000202322 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3248  DNA polymerase LigD polymerase subunit  34.63 
 
 		 328 aa  153  2.9999999999999998e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1543  DNA primase, small subunit  34.84 
 
 		 341 aa  152  8e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.881236  normal  0.307141 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0342  DNA primase, small subunit  35.86 
 
 		 412 aa  151  1e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.938834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0360  hypothetical protein  34.93 
 
 		 434 aa  147  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0482134  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3426  hypothetical protein  34.62 
 
 		 414 aa  147  2.0000000000000003e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.467651  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0370  hypothetical protein  34.93 
 
 		 434 aa  147  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0349  DNA primase, small subunit  34.93 
 
 		 434 aa  147  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  38.04 
 
 		 846 aa  146  3e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1675  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.33 
 
 		 371 aa  146  3e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  35.55 
 
 		 846 aa  146  3e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0935  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  33.68 
 
 		 789 aa  145  8.000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0727399  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  36.12 
 
 		 954 aa  145  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0396  hypothetical protein  33.45 
 
 		 412 aa  145  1e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00684947  normal  0.451981 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1486  DNA polymerase LigD polymerase subunit  33.91 
 
 		 341 aa  144  1e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00018157 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  33.2 
 
 		 845 aa  144  2e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  30.97 
 
 		 864 aa  142  5e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  35.52 
 
 		 822 aa  142  5e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2830  DNA primase small subunit  35.63 
 
 		 427 aa  142  5e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0584  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.19 
 
 		 354 aa  142  6e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0275907  hitchhiker  0.000216971 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3833  DNA primase small subunit  35.47 
 
 		 380 aa  142  6e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0498  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  35.34 
 
 		 298 aa  142  6e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3206  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.92 
 
 		 414 aa  142  8e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  32.65 
 
 		 853 aa  142  9e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1301  hypothetical protein  31.52 
 
 		 301 aa  142  9e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0932  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  33.33 
 
 		 737 aa  142  9e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.819515  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5867  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  36.23 
 
 		 357 aa  141  1.9999999999999998e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.890125  normal  0.143768 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6714  DNA primase small subunit  31.06 
 
 		 334 aa  140  3e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0437742  normal  0.209987 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  34.77 
 
 		 825 aa  140  3e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5821  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.99 
 
 		 352 aa  140  3e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.305654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10273  hypothetical protein  34.01 
 
 		 397 aa  140  3e-32  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0854972 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4154  DNA primase small subunit  34.38 
 
 		 408 aa  139  3.9999999999999997e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.348836  normal  0.978255 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4915  hypothetical protein  33.72 
 
 		 347 aa  137  1e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0135401  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5004  hypothetical protein  33.72 
 
 		 347 aa  137  1e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.761919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1274  DNA primase, small subunit  33.33 
 
 		 349 aa  138  1e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.558044  normal  0.354887 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  33.33 
 
 		 865 aa  138  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  33.33 
 
 		 847 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2946  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.56 
 
 		 314 aa  137  2e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5283  DNA primase, small subunit  33.72 
 
 		 347 aa  137  2e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>