210 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_2856 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_2856  DNA primase-like  100 
 
 		 455 aa  903    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.101034  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0817  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  68.66 
 
 		 522 aa  538  9.999999999999999e-153  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.138014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1670  DNA primase-like  61.06 
 
 		 527 aa  467  9.999999999999999e-131  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.447053  hitchhiker  0.00316977 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1124  hypothetical protein  34.49 
 
 		 303 aa  201  3e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2082  hypothetical protein  36.79 
 
 		 306 aa  192  7e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1986  DNA primase, small subunit  35.25 
 
 		 303 aa  190  5e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.328453  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03410  DNA polymerase LigD polymerase domain protein  33.94 
 
 		 313 aa  187  3e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0598  hypothetical protein  37.55 
 
 		 314 aa  185  2.0000000000000003e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.479165  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2067  hypothetical protein  37.18 
 
 		 312 aa  184  2.0000000000000003e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0552463 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  33.21 
 
 		 646 aa  180  4.999999999999999e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  33.21 
 
 		 902 aa  179  7e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  32.16 
 
 		 896 aa  176  6e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  31.9 
 
 		 855 aa  174  2.9999999999999996e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2863  DNA primase-like  32.89 
 
 		 352 aa  173  5.999999999999999e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.355668  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  32.86 
 
 		 877 aa  171  3e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  34.3 
 
 		 871 aa  169  1e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  34.3 
 
 		 872 aa  168  2e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0139  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.33 
 
 		 306 aa  167  2.9999999999999998e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3085  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  30.69 
 
 		 299 aa  166  8e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.884253 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  35.96 
 
 		 847 aa  164  3e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4351  DNA polymerase LigD polymerase subunit  36.68 
 
 		 303 aa  160  3e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  31.65 
 
 		 861 aa  160  5e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3967  DNA primase, small subunit  37.37 
 
 		 302 aa  159  7e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.641256  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0349  DNA primase, small subunit  33.69 
 
 		 434 aa  154  2e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0360  hypothetical protein  33.69 
 
 		 434 aa  154  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0482134  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0370  hypothetical protein  33.69 
 
 		 434 aa  154  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5249  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.88 
 
 		 292 aa  153  5.9999999999999996e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.398866  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0491  DNA primase small subunit  35.62 
 
 		 361 aa  153  7e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.209898  normal  0.702763 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2258  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  34.29 
 
 		 332 aa  152  1e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.20495 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1020  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.54 
 
 		 313 aa  150  4e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00719502  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  35.9 
 
 		 896 aa  149  7e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3453  DNA primase, small subunit  33.73 
 
 		 301 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0366  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  28.67 
 
 		 304 aa  147  4.0000000000000006e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00411082  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2815  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  34.86 
 
 		 305 aa  147  5e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1571  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.78 
 
 		 330 aa  146  8.000000000000001e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3426  hypothetical protein  32.14 
 
 		 414 aa  146  9e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.467651  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0962  hypothetical protein  33.22 
 
 		 313 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.612546  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0342  DNA primase, small subunit  33.69 
 
 		 412 aa  145  1e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.938834  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1023  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.55 
 
 		 313 aa  145  2e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1207  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.11 
 
 		 302 aa  144  3e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.560779  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34930  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.15 
 
 		 303 aa  144  3e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.564701  normal  0.292075 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1486  DNA polymerase LigD polymerase subunit  34.16 
 
 		 341 aa  144  4e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00018157 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4308  DNA polymerase LigD polymerase subunit  34.23 
 
 		 306 aa  144  4e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0396  hypothetical protein  32.62 
 
 		 412 aa  143  5e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00684947  normal  0.451981 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6714  DNA primase small subunit  34.78 
 
 		 334 aa  143  6e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0437742  normal  0.209987 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1007  DNA polymerase LigD polymerase subunit  35.8 
 
 		 305 aa  142  8e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.104732  hitchhiker  0.00609843 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15620  DNA polymerase LigD, polymerase domain  34.62 
 
 		 353 aa  142  9.999999999999999e-33  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.19081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3206  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  31.43 
 
 		 414 aa  141  1.9999999999999998e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3833  DNA primase small subunit  33.92 
 
 		 380 aa  141  1.9999999999999998e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5867  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.57 
 
 		 357 aa  141  3e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.890125  normal  0.143768 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2991  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  35.54 
 
 		 293 aa  140  6e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10273  hypothetical protein  31.56 
 
 		 397 aa  139  8.999999999999999e-32  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0854972 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7647  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  27.34 
 
 		 544 aa  139  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2946  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.4 
 
 		 314 aa  138  3.0000000000000003e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1378  hypothetical protein  31.32 
 
 		 339 aa  137  4e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.200655  normal  0.549475 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0201  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.8 
 
 		 778 aa  137  5e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.173659  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1787  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.88 
 
 		 340 aa  136  7.000000000000001e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000694862 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2445  putative DNA ligase (ATP), C-terminal  32.03 
 
 		 326 aa  136  7.000000000000001e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.858354  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1945  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  31.4 
 
 		 355 aa  136  7.000000000000001e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.000971032  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  32.73 
 
 		 763 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1543  DNA primase, small subunit  32.03 
 
 		 341 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.881236  normal  0.307141 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2802  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  32.42 
 
 		 302 aa  134  3e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0918963  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0821  DNA primase small subunit  32.97 
 
 		 360 aa  134  3.9999999999999996e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  31.94 
 
 		 766 aa  134  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  32.75 
 
 		 758 aa  133  7.999999999999999e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4438  ATP-dependent DNA ligase  32.75 
 
 		 758 aa  133  7.999999999999999e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0862477 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2830  DNA primase small subunit  33.57 
 
 		 427 aa  132  9e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  32.75 
 
 		 758 aa  132  9e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1237  ATP dependent DNA ligase  32.01 
 
 		 304 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1274  DNA primase, small subunit  32.27 
 
 		 349 aa  132  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.558044  normal  0.354887 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3272  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  30.8 
 
 		 328 aa  132  1.0000000000000001e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.161629  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.33 
 
 		 858 aa  132  2.0000000000000002e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  30.12 
 
 		 815 aa  132  2.0000000000000002e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2236  DNA primase small subunit  33.45 
 
 		 323 aa  132  2.0000000000000002e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.848931  normal  0.182306 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0932  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  33.82 
 
 		 737 aa  131  3e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.819515  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1675  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.18 
 
 		 371 aa  131  3e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  33.1 
 
 		 684 aa  130  3e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0664  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  30.25 
 
 		 334 aa  131  3e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.286197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2095  DNA primase, small subunit  32.76 
 
 		 360 aa  130  4.0000000000000003e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.59622  normal  0.161983 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7781  putative DNA ligase-like protein  31.65 
 
 		 317 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0711104  normal  0.114107 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  32.39 
 
 		 759 aa  130  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0935  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  33.09 
 
 		 789 aa  130  6e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0727399  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13762  hypothetical protein  32.39 
 
 		 346 aa  129  7.000000000000001e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.798941 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  30.45 
 
 		 882 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  32.67 
 
 		 856 aa  129  9.000000000000001e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0584  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  31.41 
 
 		 329 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3665  hypothetical protein  31.01 
 
 		 360 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  31.97 
 
 		 846 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4154  DNA primase small subunit  32.3 
 
 		 408 aa  129  1.0000000000000001e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.348836  normal  0.978255 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  32.62 
 
 		 658 aa  129  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0584  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.19 
 
 		 354 aa  129  2.0000000000000002e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0275907  hitchhiker  0.000216971 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  33.33 
 
 		 683 aa  129  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0498  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.47 
 
 		 298 aa  128  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.06 
 
 		 797 aa  127  3e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  31.03 
 
 		 886 aa  127  4.0000000000000003e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  28.05 
 
 		 658 aa  127  4.0000000000000003e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  30.86 
 
 		 868 aa  126  7e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6628  DNA primase small subunit  33.92 
 
 		 358 aa  126  7e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0103402  hitchhiker  0.0000202322 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  32.62 
 
 		 930 aa  126  8.000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2031  hypothetical protein  31.29 
 
 		 340 aa  126  9e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.232126  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>