More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_0128 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  51.82 
 
 		 766 aa  736    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  50.53 
 
 		 816 aa  714    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  46.99 
 
 		 847 aa  669    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  49.88 
 
 		 758 aa  712    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0201  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  47.47 
 
 		 778 aa  654    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.173659  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  47.52 
 
 		 797 aa  692    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  50.58 
 
 		 852 aa  711    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  47.03 
 
 		 858 aa  637    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 		 831 aa  1667    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4438  ATP-dependent DNA ligase  49.88 
 
 		 758 aa  712    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0862477 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  50.12 
 
 		 759 aa  724    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  51.14 
 
 		 763 aa  736    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  50.24 
 
 		 758 aa  721    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  44.54 
 
 		 828 aa  623  1e-177  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  44.46 
 
 		 845 aa  617  1e-175  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19790  ATP-dependent DNA ligase  44.83 
 
 		 878 aa  580  1e-164  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.874876  normal  0.0111766 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  45.87 
 
 		 495 aa  402  9.999999999999999e-111  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34920  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  45.51 
 
 		 477 aa  382  1e-104  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140848  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  40.35 
 
 		 815 aa  311  2e-83  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2120  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  40.76 
 
 		 436 aa  280  7e-74  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0836628  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  35.75 
 
 		 863 aa  271  2.9999999999999997e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  35.14 
 
 		 867 aa  267  5e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  33.27 
 
 		 861 aa  265  3e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  37.92 
 
 		 847 aa  262  2e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  35.35 
 
 		 851 aa  261  3e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  32.16 
 
 		 855 aa  261  5.0000000000000005e-68  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  34.06 
 
 		 877 aa  254  4.0000000000000004e-66  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  35.9 
 
 		 871 aa  251  5e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  35.76 
 
 		 832 aa  250  7e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  33.82 
 
 		 845 aa  249  2e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  34.29 
 
 		 837 aa  248  4e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  33.33 
 
 		 848 aa  247  6e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  34.5 
 
 		 834 aa  245  1.9999999999999999e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  33.45 
 
 		 882 aa  244  3.9999999999999997e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  35.4 
 
 		 833 aa  244  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1237  ATP dependent DNA ligase  47.64 
 
 		 304 aa  244  5e-63  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  31.91 
 
 		 902 aa  244  5e-63  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  35.15 
 
 		 833 aa  243  7.999999999999999e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  32.37 
 
 		 896 aa  243  1e-62  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  33.21 
 
 		 866 aa  242  2e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1208  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  48.39 
 
 		 316 aa  242  2e-62  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.433755  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  31.72 
 
 		 815 aa  241  4e-62  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  34.9 
 
 		 833 aa  241  4e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  34.23 
 
 		 901 aa  238  3e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  33.59 
 
 		 818 aa  236  1.0000000000000001e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2802  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  44.22 
 
 		 302 aa  236  1.0000000000000001e-60  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0918963  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  34.96 
 
 		 825 aa  234  3e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4351  DNA polymerase LigD polymerase subunit  42.9 
 
 		 303 aa  235  3e-60  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  31.93 
 
 		 847 aa  234  5e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  33.94 
 
 		 845 aa  234  7.000000000000001e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  33.01 
 
 		 813 aa  233  8.000000000000001e-60  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  32.17 
 
 		 940 aa  233  9e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  45.69 
 
 		 321 aa  233  1e-59  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  33.63 
 
 		 864 aa  232  2e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  32.72 
 
 		 865 aa  230  9e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  34.37 
 
 		 840 aa  229  1e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3967  DNA primase, small subunit  42.54 
 
 		 302 aa  229  1e-58  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.641256  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  33.75 
 
 		 847 aa  229  2e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  34.02 
 
 		 871 aa  228  4e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  32.62 
 
 		 853 aa  227  5.0000000000000005e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5249  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  45.39 
 
 		 292 aa  227  6e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.398866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  32.45 
 
 		 843 aa  227  6e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34930  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  44.17 
 
 		 303 aa  227  6e-58  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.564701  normal  0.292075 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  34.89 
 
 		 837 aa  226  1e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  33.33 
 
 		 856 aa  226  2e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  33.94 
 
 		 846 aa  222  1.9999999999999999e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  32.39 
 
 		 936 aa  222  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  32.39 
 
 		 936 aa  222  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  32.84 
 
 		 872 aa  220  8.999999999999998e-56  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  32.85 
 
 		 534 aa  219  2e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  32.37 
 
 		 837 aa  219  2e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  32.84 
 
 		 927 aa  219  2e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  32.59 
 
 		 825 aa  218  2.9999999999999998e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  32.14 
 
 		 822 aa  218  4e-55  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  35.08 
 
 		 868 aa  217  7e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  32.37 
 
 		 927 aa  217  8e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  35.27 
 
 		 868 aa  216  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1207  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  43.77 
 
 		 302 aa  211  3e-53  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.560779  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2863  DNA primase-like  41.18 
 
 		 352 aa  210  7e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.355668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  31.64 
 
 		 932 aa  210  7e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  31.92 
 
 		 949 aa  209  2e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  32.47 
 
 		 888 aa  209  2e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  32.96 
 
 		 817 aa  208  3e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  31.48 
 
 		 895 aa  208  3e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2991  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  43.23 
 
 		 293 aa  207  5e-52  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  34.46 
 
 		 896 aa  205  3e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4308  DNA polymerase LigD polymerase subunit  40.5 
 
 		 306 aa  203  9e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  30.68 
 
 		 881 aa  201  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  30.27 
 
 		 893 aa  201  5e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2815  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  39.5 
 
 		 305 aa  201  7e-50  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  30.57 
 
 		 883 aa  199  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  29.71 
 
 		 882 aa  196  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1020  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  43.53 
 
 		 313 aa  196  2e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00719502  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3453  DNA primase, small subunit  39.93 
 
 		 301 aa  196  2e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1007  DNA polymerase LigD polymerase subunit  43.17 
 
 		 305 aa  195  3e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.104732  hitchhiker  0.00609843 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  32.82 
 
 		 846 aa  194  5e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0962  hypothetical protein  43.17 
 
 		 313 aa  194  5e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.612546  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  29.9 
 
 		 900 aa  194  7e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1023  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  43.17 
 
 		 313 aa  193  1e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20210  DNA polymerase LigD-like ligase domain-containing protein  39.44 
 
 		 376 aa  186  1.0000000000000001e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0459497  normal  0.30843 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>