More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_20210 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_20210  DNA polymerase LigD-like ligase domain-containing protein  100 
 
 		 376 aa  742    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0459497  normal  0.30843 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2120  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  46.08 
 
 		 436 aa  246  4e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0836628  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  42.33 
 
 		 495 aa  220  3e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  44.76 
 
 		 321 aa  216  5e-55  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1208  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  45.05 
 
 		 316 aa  216  8e-55  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.433755  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34920  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  45.62 
 
 		 477 aa  214  1.9999999999999998e-54  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140848  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  43.79 
 
 		 815 aa  206  4e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  39.18 
 
 		 871 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  39.81 
 
 		 763 aa  198  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  41.74 
 
 		 816 aa  194  2e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  39.49 
 
 		 872 aa  194  2e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4352  DNA polymerase LigD ligase region  40.82 
 
 		 313 aa  192  1e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  36.72 
 
 		 766 aa  190  4e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  38.73 
 
 		 758 aa  189  1e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  36.81 
 
 		 759 aa  187  2e-46  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  38.41 
 
 		 758 aa  188  2e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4438  ATP-dependent DNA ligase  38.41 
 
 		 758 aa  188  2e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0862477 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  39.44 
 
 		 831 aa  186  4e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3968  ATP dependent DNA ligase  42.09 
 
 		 312 aa  183  3e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.697199  normal  1 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5528  DNA ligase (ATP)  38.29 
 
 		 329 aa  183  4.0000000000000006e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.418116  normal  0.413759 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5930  DNA ligase (ATP)  38.29 
 
 		 329 aa  183  4.0000000000000006e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.030161  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  36.96 
 
 		 847 aa  182  1e-44  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  40.66 
 
 		 684 aa  179  8e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5557  DNA ligase (ATP)  39.37 
 
 		 328 aa  179  8e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.756283  normal  0.365478 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  38.32 
 
 		 852 aa  179  9e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  37.27 
 
 		 608 aa  177  2e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1235  ATP dependent DNA ligase  40.06 
 
 		 311 aa  176  7e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.898519  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  37.19 
 
 		 797 aa  172  1e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  37.04 
 
 		 644 aa  171  2e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  39.56 
 
 		 656 aa  170  3e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  37.96 
 
 		 845 aa  170  3e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  35.97 
 
 		 822 aa  169  6e-41  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  39.74 
 
 		 658 aa  169  6e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  40.4 
 
 		 683 aa  168  1e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  37.62 
 
 		 818 aa  168  1e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1903  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  39.35 
 
 		 311 aa  168  1e-40  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  36.75 
 
 		 828 aa  168  1e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  33.33 
 
 		 896 aa  167  2e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  34.63 
 
 		 534 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  33.53 
 
 		 877 aa  162  8.000000000000001e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  36.59 
 
 		 863 aa  160  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  35.02 
 
 		 851 aa  160  4e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  34.87 
 
 		 813 aa  160  4e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2002  ATP dependent DNA ligase  36.08 
 
 		 316 aa  158  1e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  36.14 
 
 		 837 aa  158  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  31.19 
 
 		 902 aa  156  5.0000000000000005e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  36.53 
 
 		 867 aa  155  1e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  33.53 
 
 		 834 aa  155  1e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  34.39 
 
 		 866 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.43 
 
 		 858 aa  154  2e-36  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  35.78 
 
 		 853 aa  154  2.9999999999999998e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  35.24 
 
 		 856 aa  154  2.9999999999999998e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  35.22 
 
 		 883 aa  153  5.9999999999999996e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7782  putative ATP-dependent DNA ligase  34.4 
 
 		 351 aa  152  8.999999999999999e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.089551  normal  0.119022 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  34.8 
 
 		 930 aa  152  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  33.43 
 
 		 845 aa  152  1e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3242  DNA ligase D  31.96 
 
 		 657 aa  151  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.99209  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1488  ATP dependent DNA ligase, central  35.58 
 
 		 320 aa  150  4e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  33.54 
 
 		 865 aa  150  4e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  32.81 
 
 		 882 aa  150  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  33.12 
 
 		 646 aa  150  5e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  34.22 
 
 		 881 aa  149  6e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  31.21 
 
 		 855 aa  149  7e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  35 
 
 		 843 aa  148  1.0000000000000001e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  35.44 
 
 		 940 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  36.89 
 
 		 840 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  33.03 
 
 		 603 aa  147  2.0000000000000003e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  37.74 
 
 		 939 aa  147  3e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  37.54 
 
 		 837 aa  147  4.0000000000000006e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  35.86 
 
 		 913 aa  146  5e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  32.5 
 
 		 658 aa  146  5e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  35.31 
 
 		 866 aa  146  6e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  31.75 
 
 		 861 aa  146  6e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0201  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.33 
 
 		 778 aa  146  6e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.173659  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  35.65 
 
 		 882 aa  146  7.0000000000000006e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  33.54 
 
 		 914 aa  145  9e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2814  ATP dependent DNA ligase  34.3 
 
 		 358 aa  145  1e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  32.08 
 
 		 895 aa  145  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  35.2 
 
 		 954 aa  145  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  33.83 
 
 		 1001 aa  145  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  33.65 
 
 		 918 aa  144  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1305  DNA polymerase LigD ligase region  36.31 
 
 		 343 aa  145  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0414241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  36.59 
 
 		 847 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  36.22 
 
 		 837 aa  144  3e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  36.34 
 
 		 846 aa  142  9.999999999999999e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  33.86 
 
 		 651 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  32.49 
 
 		 833 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6989  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  36.28 
 
 		 354 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6253  DNA polymerase LigD ligase subunit  35.6 
 
 		 343 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0234052  normal  0.998306 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6876  ATP dependent DNA ligase  33.86 
 
 		 343 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.747253  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7010  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  37.62 
 
 		 350 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.926095  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  33.02 
 
 		 888 aa  140  3e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3103  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  32.99 
 
 		 336 aa  140  4.999999999999999e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  31.14 
 
 		 893 aa  140  4.999999999999999e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  34.17 
 
 		 848 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  31.66 
 
 		 911 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  35.76 
 
 		 847 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  36.51 
 
 		 896 aa  137  3.0000000000000003e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  33.63 
 
 		 847 aa  137  4e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2396  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  34.6 
 
 		 349 aa  135  8e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.788698 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>