More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_B4424 on replicon NC_007348
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  45.92 
 
 		 833 aa  710    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  46.76 
 
 		 851 aa  747    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  45.89 
 
 		 866 aa  731    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 		 825 aa  1667    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  51.14 
 
 		 901 aa  810    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  51.7 
 
 		 846 aa  807    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  51.93 
 
 		 871 aa  816    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  48.37 
 
 		 848 aa  764    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  50 
 
 		 853 aa  800    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  50.11 
 
 		 882 aa  809    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  49.94 
 
 		 847 aa  803    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  49.01 
 
 		 867 aa  761    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  45.29 
 
 		 936 aa  717    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  43.78 
 
 		 949 aa  656    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  45.41 
 
 		 832 aa  684    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  45.86 
 
 		 932 aa  703    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  47.31 
 
 		 840 aa  719    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  48.89 
 
 		 863 aa  754    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  44.88 
 
 		 954 aa  732    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  45.4 
 
 		 936 aa  719    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  46.29 
 
 		 833 aa  716    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  45.76 
 
 		 833 aa  692    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  45.18 
 
 		 927 aa  714    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  49.76 
 
 		 837 aa  758    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  46.44 
 
 		 927 aa  717    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  46.82 
 
 		 847 aa  714    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  45.52 
 
 		 940 aa  762    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  50.95 
 
 		 837 aa  771    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  60.85 
 
 		 864 aa  1040    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  41.95 
 
 		 834 aa  627  1e-178  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  42.82 
 
 		 845 aa  619  1e-176  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  39.95 
 
 		 815 aa  610  1e-173  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  40.3 
 
 		 856 aa  574  1.0000000000000001e-162  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  38.95 
 
 		 883 aa  562  1.0000000000000001e-159  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  39.78 
 
 		 846 aa  562  1.0000000000000001e-159  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  38.46 
 
 		 895 aa  559  1e-158  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  39.13 
 
 		 845 aa  560  1e-158  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  36.98 
 
 		 818 aa  558  1e-157  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  38.24 
 
 		 881 aa  555  1e-156  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  36.47 
 
 		 813 aa  552  1e-156  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  38.64 
 
 		 893 aa  551  1e-155  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  40.58 
 
 		 825 aa  550  1e-155  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  37.73 
 
 		 900 aa  550  1e-155  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  38.56 
 
 		 886 aa  547  1e-154  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  45.4 
 
 		 651 aa  546  1e-154  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  37.82 
 
 		 882 aa  546  1e-154  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  38.58 
 
 		 888 aa  546  1e-154  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  38.63 
 
 		 868 aa  545  1e-153  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  37.75 
 
 		 865 aa  543  1e-153  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  46.54 
 
 		 939 aa  545  1e-153  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  38.52 
 
 		 868 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  38.02 
 
 		 822 aa  537  1e-151  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  37.37 
 
 		 913 aa  529  1e-149  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4772  DNA ligase D  46.24 
 
 		 651 aa  526  1e-148  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  37.13 
 
 		 866 aa  514  1e-144  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  37.56 
 
 		 837 aa  507  9.999999999999999e-143  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  38.77 
 
 		 817 aa  496  1e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  37.31 
 
 		 843 aa  494  9.999999999999999e-139  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  39.29 
 
 		 847 aa  481  1e-134  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  34.1 
 
 		 861 aa  479  1e-134  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  34.46 
 
 		 902 aa  457  1e-127  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  32.73 
 
 		 855 aa  456  1e-127  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  34.77 
 
 		 877 aa  457  1e-127  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  45.21 
 
 		 1001 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  35.4 
 
 		 871 aa  452  1.0000000000000001e-126  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  31.44 
 
 		 896 aa  444  1e-123  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  35.26 
 
 		 872 aa  439  9.999999999999999e-123  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  40.03 
 
 		 658 aa  433  1e-120  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  39.91 
 
 		 656 aa  431  1e-119  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  39.02 
 
 		 684 aa  422  1e-116  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  39.9 
 
 		 644 aa  421  1e-116  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  38.99 
 
 		 683 aa  412  1e-113  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  34.75 
 
 		 896 aa  403  1e-111  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  37.69 
 
 		 918 aa  397  1e-109  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  37 
 
 		 914 aa  388  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  36.78 
 
 		 911 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  36.39 
 
 		 658 aa  389  1e-106  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  35.99 
 
 		 930 aa  380  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4171  ATP-dependent DNA ligase  38.03 
 
 		 914 aa  373  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.497319  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  34.47 
 
 		 815 aa  347  6e-94  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0498  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  59.39 
 
 		 298 aa  343  1e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1335  ATP-dependent DNA ligase  53.5 
 
 		 980 aa  313  7.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3112  DNA ligase D  53.5 
 
 		 1157 aa  311  2.9999999999999997e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0919454  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2988  DNA ligase, ATP-dependent  53.15 
 
 		 1163 aa  310  5.9999999999999995e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  36.93 
 
 		 534 aa  304  5.000000000000001e-81  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  31.74 
 
 		 646 aa  289  1e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  36.83 
 
 		 759 aa  265  3e-69  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6876  ATP dependent DNA ligase  44.13 
 
 		 343 aa  245  3e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.747253  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6253  DNA polymerase LigD ligase subunit  43.91 
 
 		 343 aa  244  3.9999999999999997e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0234052  normal  0.998306 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  35.01 
 
 		 495 aa  241  2.9999999999999997e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34920  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  33.96 
 
 		 477 aa  238  4e-61  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140848  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  34.01 
 
 		 766 aa  235  3e-60  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  34.15 
 
 		 763 aa  232  2e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.78 
 
 		 797 aa  228  3e-58  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  32.9 
 
 		 831 aa  227  8e-58  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  35.52 
 
 		 858 aa  225  2e-57  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0932  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  40.39 
 
 		 737 aa  224  4e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.819515  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  34.54 
 
 		 758 aa  224  6e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  34.49 
 
 		 828 aa  222  1.9999999999999999e-56  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0935  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  40.15 
 
 		 789 aa  221  3e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0727399  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>