More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_4532 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  47.63 
 
 		 766 aa  715    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  49.18 
 
 		 759 aa  719    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  47.64 
 
 		 831 aa  699    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  47.3 
 
 		 758 aa  691    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0201  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  56.48 
 
 		 778 aa  818    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.173659  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  46.92 
 
 		 816 aa  665    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  100 
 
 		 797 aa  1610    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4438  ATP-dependent DNA ligase  47.3 
 
 		 758 aa  691    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0862477 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  48.94 
 
 		 763 aa  709    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  47.3 
 
 		 758 aa  690    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  45.33 
 
 		 858 aa  629  1e-179  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  44.27 
 
 		 852 aa  618  1e-175  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  43.49 
 
 		 847 aa  605  1.0000000000000001e-171  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  43.01 
 
 		 845 aa  573  1.0000000000000001e-162  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  41.57 
 
 		 828 aa  568  1e-160  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19790  ATP-dependent DNA ligase  42.31 
 
 		 878 aa  540  9.999999999999999e-153  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.874876  normal  0.0111766 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  45.44 
 
 		 495 aa  376  1e-102  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34920  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  46.3 
 
 		 477 aa  353  5e-96  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140848  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  39.32 
 
 		 815 aa  301  3e-80  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  33.94 
 
 		 877 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  36.28 
 
 		 871 aa  283  7.000000000000001e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  37.43 
 
 		 837 aa  282  2e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  36.7 
 
 		 863 aa  278  2e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  34.02 
 
 		 855 aa  279  2e-73  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  36.26 
 
 		 851 aa  278  4e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1237  ATP dependent DNA ligase  48.63 
 
 		 304 aa  275  3e-72  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  36.97 
 
 		 871 aa  273  9e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  35.36 
 
 		 853 aa  272  1e-71  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  36.57 
 
 		 867 aa  273  1e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  35.58 
 
 		 872 aa  271  2.9999999999999997e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  33.09 
 
 		 861 aa  268  2e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  33.91 
 
 		 815 aa  265  4e-69  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2120  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  39.51 
 
 		 436 aa  264  4.999999999999999e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0836628  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  35.56 
 
 		 833 aa  261  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  35.44 
 
 		 833 aa  260  6e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  33.89 
 
 		 834 aa  259  2e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  36.04 
 
 		 847 aa  258  3e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  34.69 
 
 		 813 aa  258  4e-67  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  34.51 
 
 		 534 aa  257  7e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  34.74 
 
 		 832 aa  256  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  33.58 
 
 		 845 aa  256  1.0000000000000001e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  36.17 
 
 		 822 aa  255  2.0000000000000002e-66  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  35.84 
 
 		 840 aa  255  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  35.48 
 
 		 847 aa  254  3e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  34.87 
 
 		 833 aa  254  6e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  35.9 
 
 		 837 aa  247  4.9999999999999997e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  33.21 
 
 		 847 aa  247  8e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4351  DNA polymerase LigD polymerase subunit  44.97 
 
 		 303 aa  245  1.9999999999999999e-63  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  36.87 
 
 		 868 aa  245  1.9999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  36.56 
 
 		 868 aa  244  3e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  32.2 
 
 		 883 aa  243  9e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  35 
 
 		 818 aa  241  2.9999999999999997e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  45.37 
 
 		 321 aa  238  3e-61  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34930  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  43.25 
 
 		 303 aa  238  4e-61  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.564701  normal  0.292075 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  33.46 
 
 		 817 aa  237  7e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3967  DNA primase, small subunit  43.92 
 
 		 302 aa  236  1.0000000000000001e-60  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.641256  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  36.18 
 
 		 896 aa  235  2.0000000000000002e-60  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  34.62 
 
 		 846 aa  234  4.0000000000000004e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  31.48 
 
 		 864 aa  234  4.0000000000000004e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2802  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  43.62 
 
 		 302 aa  233  9e-60  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0918963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2863  DNA primase-like  38.05 
 
 		 352 aa  228  2e-58  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.355668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  33.52 
 
 		 825 aa  227  7e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  34.79 
 
 		 927 aa  225  3e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1207  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  42.76 
 
 		 302 aa  224  7e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.560779  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5249  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  42.31 
 
 		 292 aa  222  1.9999999999999999e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.398866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  31.99 
 
 		 848 aa  220  6e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2815  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  40.62 
 
 		 305 aa  215  1.9999999999999998e-54  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  35.48 
 
 		 846 aa  215  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4308  DNA polymerase LigD polymerase subunit  38.89 
 
 		 306 aa  213  1e-53  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2991  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  42.61 
 
 		 293 aa  207  6e-52  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0962  hypothetical protein  43.25 
 
 		 313 aa  204  8e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.612546  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1020  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  42.91 
 
 		 313 aa  200  7.999999999999999e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00719502  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3453  DNA primase, small subunit  41.11 
 
 		 301 aa  199  1.0000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1023  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  42.91 
 
 		 313 aa  199  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1007  DNA polymerase LigD polymerase subunit  41.11 
 
 		 305 aa  196  1e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.104732  hitchhiker  0.00609843 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1208  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  43.59 
 
 		 316 aa  194  6e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.433755  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2121  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  42.71 
 
 		 306 aa  182  2.9999999999999997e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.368093  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  36.89 
 
 		 608 aa  180  8e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  35.97 
 
 		 896 aa  179  2e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  38.24 
 
 		 656 aa  177  8e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  37.85 
 
 		 658 aa  175  2.9999999999999996e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  36.33 
 
 		 644 aa  173  9e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0932  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  32.04 
 
 		 737 aa  172  2e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.819515  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20210  DNA polymerase LigD-like ligase domain-containing protein  37.19 
 
 		 376 aa  172  3e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0459497  normal  0.30843 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0935  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  32.68 
 
 		 789 aa  171  6e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0727399  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  37.15 
 
 		 684 aa  170  8e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  36.07 
 
 		 882 aa  168  2.9999999999999998e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2115  hypothetical protein  56.58 
 
 		 151 aa  167  9e-40  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0221889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4352  DNA polymerase LigD ligase region  38.59 
 
 		 313 aa  166  1.0000000000000001e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  36.33 
 
 		 901 aa  166  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7782  putative ATP-dependent DNA ligase  36.01 
 
 		 351 aa  166  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.089551  normal  0.119022 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  34.46 
 
 		 603 aa  163  1e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  35.08 
 
 		 866 aa  161  5e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1124  hypothetical protein  32.19 
 
 		 303 aa  160  6e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  37.15 
 
 		 683 aa  160  7e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0850  hypothetical protein  50.6 
 
 		 183 aa  160  1e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000581551  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  36.05 
 
 		 856 aa  160  1e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  35.97 
 
 		 825 aa  159  2e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3968  ATP dependent DNA ligase  39.74 
 
 		 312 aa  158  3e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.697199  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  35.43 
 
 		 646 aa  159  3e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>