More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3217 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  50.95 
 
 		 949 aa  824    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  49.18 
 
 		 847 aa  771    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  55.66 
 
 		 833 aa  909    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  71.92 
 
 		 851 aa  1224    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 		 837 aa  1694    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  69.85 
 
 		 866 aa  1198    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  49.52 
 
 		 825 aa  751    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  53.23 
 
 		 901 aa  835    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  52.29 
 
 		 846 aa  803    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  56.57 
 
 		 848 aa  948    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  50.23 
 
 		 853 aa  817    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  51.93 
 
 		 871 aa  823    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  51.19 
 
 		 882 aa  831    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  58.2 
 
 		 867 aa  967    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  51.65 
 
 		 936 aa  846    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  52.95 
 
 		 927 aa  865    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  52.75 
 
 		 927 aa  840    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  55.79 
 
 		 832 aa  897    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  43.51 
 
 		 845 aa  643    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  51.77 
 
 		 932 aa  828    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  58.33 
 
 		 840 aa  946    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  49.43 
 
 		 954 aa  837    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  51.65 
 
 		 936 aa  846    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  52.2 
 
 		 940 aa  896    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  58.3 
 
 		 847 aa  945    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  58.7 
 
 		 863 aa  962    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  42.82 
 
 		 834 aa  647    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  47.32 
 
 		 939 aa  764    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  52.49 
 
 		 837 aa  808    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  49.52 
 
 		 864 aa  804    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  55.83 
 
 		 833 aa  906    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  41.82 
 
 		 815 aa  654    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  43.27 
 
 		 845 aa  649    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  55.3 
 
 		 833 aa  903    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  43.02 
 
 		 856 aa  625  1e-177  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  40.69 
 
 		 883 aa  620  1e-176  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  41.44 
 
 		 886 aa  618  1e-175  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  40.14 
 
 		 881 aa  611  1e-173  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  39.47 
 
 		 813 aa  605  1.0000000000000001e-171  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  41.22 
 
 		 843 aa  598  1e-170  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  39.28 
 
 		 882 aa  598  1e-169  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  49.14 
 
 		 651 aa  597  1e-169  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  40.45 
 
 		 888 aa  590  1e-167  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  38.78 
 
 		 895 aa  589  1e-167  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  39.48 
 
 		 893 aa  592  1e-167  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  40.19 
 
 		 818 aa  588  1e-166  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  42.09 
 
 		 825 aa  583  1.0000000000000001e-165  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  40.14 
 
 		 865 aa  585  1.0000000000000001e-165  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  41.4 
 
 		 837 aa  581  1e-164  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  41.36 
 
 		 868 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  39.06 
 
 		 911 aa  578  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4772  DNA ligase D  48.37 
 
 		 651 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  42.3 
 
 		 846 aa  575  1.0000000000000001e-162  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  39.05 
 
 		 930 aa  575  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  39.95 
 
 		 822 aa  574  1.0000000000000001e-162  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  37.91 
 
 		 900 aa  567  1e-160  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  40.81 
 
 		 868 aa  568  1e-160  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  39.45 
 
 		 913 aa  563  1.0000000000000001e-159  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  38.43 
 
 		 866 aa  550  1e-155  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  39 
 
 		 871 aa  543  1e-153  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  41.24 
 
 		 847 aa  539  9.999999999999999e-153  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  39.18 
 
 		 872 aa  532  1e-149  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  35.83 
 
 		 896 aa  521  1e-146  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  39.61 
 
 		 817 aa  501  1e-140  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  36.57 
 
 		 861 aa  499  1e-140  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  35.88 
 
 		 855 aa  501  1e-140  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  36.19 
 
 		 877 aa  496  1e-139  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  35.54 
 
 		 902 aa  492  1e-137  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  37.94 
 
 		 896 aa  467  9.999999999999999e-131  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  40.9 
 
 		 658 aa  459  9.999999999999999e-129  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  40.98 
 
 		 656 aa  455  1.0000000000000001e-126  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  41.53 
 
 		 644 aa  450  1e-125  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  39.28 
 
 		 684 aa  440  9.999999999999999e-123  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  39.94 
 
 		 683 aa  436  1e-121  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  37.69 
 
 		 914 aa  420  1e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  39.32 
 
 		 658 aa  412  1e-113  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  37.48 
 
 		 918 aa  400  9.999999999999999e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1335  ATP-dependent DNA ligase  62.38 
 
 		 980 aa  387  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4171  ATP-dependent DNA ligase  37.54 
 
 		 914 aa  385  1e-105  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.497319  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3112  DNA ligase D  62.06 
 
 		 1157 aa  384  1e-105  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0919454  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2988  DNA ligase, ATP-dependent  62.06 
 
 		 1163 aa  384  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  34.76 
 
 		 815 aa  384  1e-105  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  57.73 
 
 		 1001 aa  352  2e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  40.37 
 
 		 534 aa  345  1e-93  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  32.91 
 
 		 646 aa  323  9.000000000000001e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0498  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  52.6 
 
 		 298 aa  304  5.000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  37.6 
 
 		 797 aa  285  3.0000000000000004e-75  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  38.89 
 
 		 766 aa  278  3e-73  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  36.9 
 
 		 495 aa  272  2e-71  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  36.81 
 
 		 759 aa  269  2e-70  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  36.81 
 
 		 763 aa  268  2e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6253  DNA polymerase LigD ligase subunit  44.14 
 
 		 343 aa  268  2.9999999999999995e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0234052  normal  0.998306 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  37.62 
 
 		 816 aa  265  4e-69  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  36.31 
 
 		 758 aa  261  4e-68  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  36.31 
 
 		 758 aa  261  5.0000000000000005e-68  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4438  ATP-dependent DNA ligase  36.31 
 
 		 758 aa  261  5.0000000000000005e-68  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0862477 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6876  ATP dependent DNA ligase  44.87 
 
 		 343 aa  259  1e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.747253  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34920  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  35.53 
 
 		 477 aa  257  8e-67  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140848  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  35.05 
 
 		 831 aa  254  5.000000000000001e-66  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  36.8 
 
 		 858 aa  254  5.000000000000001e-66  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>