203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_34930 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_34930  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  100 
 
 		 303 aa  619  1e-176  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.564701  normal  0.292075 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1207  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  62.59 
 
 		 302 aa  379  1e-104  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.560779  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2991  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  62.59 
 
 		 293 aa  361  9e-99  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3967  DNA primase, small subunit  58.36 
 
 		 302 aa  345  6e-94  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.641256  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4351  DNA polymerase LigD polymerase subunit  57.14 
 
 		 303 aa  341  9e-93  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2863  DNA primase-like  56.61 
 
 		 352 aa  333  1e-90  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.355668  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5249  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  51.2 
 
 		 292 aa  303  2.0000000000000002e-81  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.398866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0962  hypothetical protein  57.34 
 
 		 313 aa  299  3e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.612546  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1020  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  57 
 
 		 313 aa  297  2e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00719502  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1023  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  57 
 
 		 313 aa  295  5e-79  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  52.68 
 
 		 815 aa  292  4e-78  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1007  DNA polymerase LigD polymerase subunit  55.93 
 
 		 305 aa  290  1e-77  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.104732  hitchhiker  0.00609843 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2121  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  56.7 
 
 		 306 aa  289  5.0000000000000004e-77  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.368093  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1237  ATP dependent DNA ligase  51.99 
 
 		 304 aa  288  7e-77  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4308  DNA polymerase LigD polymerase subunit  51 
 
 		 306 aa  286  4e-76  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  50.84 
 
 		 858 aa  280  3e-74  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2802  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  45.39 
 
 		 302 aa  271  9e-72  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0918963  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  49.66 
 
 		 847 aa  265  7e-70  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2815  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  46.23 
 
 		 305 aa  253  3e-66  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3453  DNA primase, small subunit  46.46 
 
 		 301 aa  246  3e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  46.85 
 
 		 816 aa  244  9.999999999999999e-64  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  45.27 
 
 		 828 aa  244  9.999999999999999e-64  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  45.3 
 
 		 845 aa  244  1.9999999999999999e-63  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  44.37 
 
 		 766 aa  242  6e-63  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  44.15 
 
 		 852 aa  241  9e-63  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  45.45 
 
 		 758 aa  240  2.9999999999999997e-62  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4438  ATP-dependent DNA ligase  45.45 
 
 		 758 aa  240  2.9999999999999997e-62  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0862477 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19790  ATP-dependent DNA ligase  45.24 
 
 		 878 aa  239  4e-62  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.874876  normal  0.0111766 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  45.45 
 
 		 758 aa  239  4e-62  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  44.71 
 
 		 763 aa  235  6e-61  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0201  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  41.53 
 
 		 778 aa  234  1.0000000000000001e-60  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.173659  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  44.29 
 
 		 759 aa  233  4.0000000000000004e-60  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  43.06 
 
 		 797 aa  229  4e-59  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  44.17 
 
 		 831 aa  228  1e-58  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03410  DNA polymerase LigD polymerase domain protein  40.28 
 
 		 313 aa  211  1e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2082  hypothetical protein  38.19 
 
 		 306 aa  198  9e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2067  hypothetical protein  38.14 
 
 		 312 aa  198  1.0000000000000001e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0552463 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0598  hypothetical protein  38.14 
 
 		 314 aa  195  6e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.479165  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1986  DNA primase, small subunit  35.31 
 
 		 303 aa  190  2e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.328453  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  34.71 
 
 		 896 aa  190  2.9999999999999997e-47  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  36.36 
 
 		 902 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3085  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.56 
 
 		 299 aa  187  3e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.884253 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  37.5 
 
 		 872 aa  187  3e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  36.81 
 
 		 871 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  33.33 
 
 		 646 aa  182  7e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  39.54 
 
 		 847 aa  181  1e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1124  hypothetical protein  35.4 
 
 		 303 aa  181  2e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  37.05 
 
 		 865 aa  175  8e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1584  DNA polymerase LigD polymerase subunit  38.85 
 
 		 309 aa  175  9e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0991666  normal  0.0697444 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1670  DNA primase-like  34.92 
 
 		 527 aa  172  5.999999999999999e-42  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.447053  hitchhiker  0.00316977 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3248  DNA polymerase LigD polymerase subunit  36.52 
 
 		 328 aa  171  1e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  33.1 
 
 		 855 aa  169  4e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  32.77 
 
 		 877 aa  169  6e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  33.79 
 
 		 861 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0139  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.09 
 
 		 306 aa  165  8e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0258  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  37.77 
 
 		 292 aa  163  4.0000000000000004e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.863775  normal  0.0831069 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  37.15 
 
 		 846 aa  159  5e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1571  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  37.01 
 
 		 330 aa  158  8e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  33.44 
 
 		 868 aa  158  9e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0366  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.44 
 
 		 304 aa  157  2e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00411082  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  34.31 
 
 		 837 aa  157  2e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7647  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.73 
 
 		 544 aa  157  3e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0342  DNA primase, small subunit  36.64 
 
 		 412 aa  157  3e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.938834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1543  DNA primase, small subunit  34.85 
 
 		 341 aa  156  4e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.881236  normal  0.307141 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6628  DNA primase small subunit  39.1 
 
 		 358 aa  156  5.0000000000000005e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0103402  hitchhiker  0.0000202322 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  33.11 
 
 		 868 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2258  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  35.52 
 
 		 332 aa  155  7e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.20495 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1486  DNA polymerase LigD polymerase subunit  33.67 
 
 		 341 aa  155  9e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00018157 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0817  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  35.02 
 
 		 522 aa  155  1e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.138014  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1675  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.3 
 
 		 371 aa  154  2e-36  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2830  DNA primase small subunit  37.15 
 
 		 427 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10273  hypothetical protein  35.1 
 
 		 397 aa  153  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0854972 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5821  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.63 
 
 		 352 aa  153  2.9999999999999998e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.305654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0396  hypothetical protein  35.25 
 
 		 412 aa  153  4e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00684947  normal  0.451981 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  33.33 
 
 		 813 aa  153  4e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  37.16 
 
 		 846 aa  152  5e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  32.23 
 
 		 815 aa  152  5e-36  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  33.22 
 
 		 845 aa  152  5.9999999999999996e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4915  hypothetical protein  34.34 
 
 		 347 aa  150  3e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0135401  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5004  hypothetical protein  34.34 
 
 		 347 aa  150  3e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.761919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5283  DNA primase, small subunit  34.34 
 
 		 347 aa  150  3e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1378  hypothetical protein  32.75 
 
 		 339 aa  149  8e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.200655  normal  0.549475 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  31.48 
 
 		 658 aa  149  8e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  32.08 
 
 		 843 aa  148  1.0000000000000001e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0360  hypothetical protein  35.49 
 
 		 434 aa  148  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0482134  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0370  hypothetical protein  35.49 
 
 		 434 aa  148  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0349  DNA primase, small subunit  35.49 
 
 		 434 aa  148  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7781  putative DNA ligase-like protein  34.87 
 
 		 317 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0711104  normal  0.114107 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1274  DNA primase, small subunit  34.31 
 
 		 349 aa  147  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.558044  normal  0.354887 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0584  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.36 
 
 		 354 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0275907  hitchhiker  0.000216971 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  34.15 
 
 		 896 aa  147  3e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  34.2 
 
 		 845 aa  147  3e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  34.48 
 
 		 837 aa  146  5e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  32.18 
 
 		 864 aa  145  6e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  34.44 
 
 		 818 aa  145  7.0000000000000006e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0491  DNA primase small subunit  33.33 
 
 		 361 aa  145  7.0000000000000006e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.209898  normal  0.702763 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3426  hypothetical protein  34.58 
 
 		 414 aa  145  1e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.467651  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2856  DNA primase-like  34.15 
 
 		 455 aa  145  1e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.101034  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1301  hypothetical protein  31.91 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  31.6 
 
 		 834 aa  144  2e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>