More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_B5079 on replicon NC_007348
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  56.39 
 
 		 867 aa  928    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  50.98 
 
 		 833 aa  844    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  50.17 
 
 		 851 aa  818    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  50.4 
 
 		 866 aa  814    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  51.2 
 
 		 825 aa  805    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 		 901 aa  1820    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  54.85 
 
 		 846 aa  895    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  52.91 
 
 		 848 aa  862    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  53.44 
 
 		 853 aa  922    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  55.9 
 
 		 882 aa  956    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  47.9 
 
 		 1001 aa  829    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  54.37 
 
 		 847 aa  899    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  49.79 
 
 		 936 aa  805    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  50.63 
 
 		 833 aa  835    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  50.97 
 
 		 927 aa  815    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  51.15 
 
 		 832 aa  832    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  50.53 
 
 		 932 aa  805    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  49.77 
 
 		 840 aa  791    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  49.68 
 
 		 936 aa  802    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  56.22 
 
 		 863 aa  925    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  51.12 
 
 		 871 aa  865    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  51.27 
 
 		 833 aa  842    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  49.66 
 
 		 847 aa  797    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  50.58 
 
 		 954 aa  845    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  52.19 
 
 		 939 aa  852    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  55.86 
 
 		 837 aa  915    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  51.18 
 
 		 864 aa  874    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  49.79 
 
 		 949 aa  795    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  53.12 
 
 		 837 aa  845    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  51.33 
 
 		 940 aa  867    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  51.3 
 
 		 927 aa  805    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  42.86 
 
 		 845 aa  631  1e-179  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  40.16 
 
 		 815 aa  622  1e-177  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  43.42 
 
 		 856 aa  625  1e-177  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  42.08 
 
 		 834 aa  617  1e-175  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  41.05 
 
 		 882 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  42.87 
 
 		 886 aa  612  9.999999999999999e-175  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  41.23 
 
 		 883 aa  610  1e-173  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  41.18 
 
 		 893 aa  610  1e-173  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  40.18 
 
 		 881 aa  601  1e-170  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  40.71 
 
 		 845 aa  599  1e-170  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  40.39 
 
 		 900 aa  586  1e-166  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4772  DNA ligase D  51.02 
 
 		 651 aa  588  1e-166  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  42.35 
 
 		 888 aa  584  1.0000000000000001e-165  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  48.82 
 
 		 651 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  40.22 
 
 		 914 aa  581  1e-164  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  40.6 
 
 		 911 aa  580  1e-164  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  39 
 
 		 865 aa  581  1e-164  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  42.12 
 
 		 825 aa  580  1e-164  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  40.23 
 
 		 868 aa  571  1e-161  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  39.24 
 
 		 930 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  39.77 
 
 		 868 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  39.77 
 
 		 913 aa  560  1e-158  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  39.71 
 
 		 895 aa  561  1e-158  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  40.16 
 
 		 846 aa  560  1e-158  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4171  ATP-dependent DNA ligase  40.27 
 
 		 914 aa  557  1e-157  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.497319  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  40.68 
 
 		 918 aa  554  1e-156  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  37.02 
 
 		 813 aa  550  1e-155  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  38.53 
 
 		 818 aa  548  1e-154  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  40.5 
 
 		 837 aa  547  1e-154  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  39.51 
 
 		 843 aa  544  1e-153  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  38.34 
 
 		 822 aa  544  1e-153  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  39.34 
 
 		 866 aa  526  1e-148  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  39.53 
 
 		 817 aa  513  1e-144  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  34.02 
 
 		 855 aa  511  1e-143  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  35.28 
 
 		 896 aa  508  9.999999999999999e-143  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  34.66 
 
 		 861 aa  496  1e-139  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  39.02 
 
 		 847 aa  498  1e-139  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  35.25 
 
 		 902 aa  492  1e-137  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  35.71 
 
 		 871 aa  473  1e-132  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  34.91 
 
 		 877 aa  473  1e-132  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  43.66 
 
 		 658 aa  457  1e-127  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  34.8 
 
 		 872 aa  451  1e-125  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  42.95 
 
 		 684 aa  440  9.999999999999999e-123  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  43.02 
 
 		 683 aa  435  1e-120  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  41.75 
 
 		 656 aa  433  1e-120  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  42.24 
 
 		 644 aa  432  1e-119  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  35.78 
 
 		 896 aa  424  1e-117  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  38.48 
 
 		 658 aa  416  9.999999999999999e-116  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2988  DNA ligase, ATP-dependent  40.05 
 
 		 1163 aa  416  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3112  DNA ligase D  39.43 
 
 		 1157 aa  394  1e-108  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0919454  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  39.38 
 
 		 603 aa  367  1e-100  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0498  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  60.84 
 
 		 298 aa  351  3e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  38.36 
 
 		 534 aa  332  2e-89  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1335  ATP-dependent DNA ligase  56.61 
 
 		 980 aa  327  7e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  31.48 
 
 		 646 aa  307  6e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6253  DNA polymerase LigD ligase subunit  47.77 
 
 		 343 aa  283  1e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0234052  normal  0.998306 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6876  ATP dependent DNA ligase  46.65 
 
 		 343 aa  278  3e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.747253  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  34.62 
 
 		 815 aa  278  5e-73  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  37.17 
 
 		 845 aa  265  4e-69  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  36.31 
 
 		 759 aa  252  2e-65  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  36.68 
 
 		 816 aa  249  2e-64  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0935  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  42.23 
 
 		 789 aa  247  6e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0727399  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  34.97 
 
 		 828 aa  246  1.9999999999999999e-63  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0932  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  42.09 
 
 		 737 aa  246  1.9999999999999999e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.819515  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  33.39 
 
 		 831 aa  243  1e-62  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  33.33 
 
 		 852 aa  242  2e-62  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8275  ATP-dependent DNA ligase  40.21 
 
 		 383 aa  232  2e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0118926  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0884  ATP dependent DNA ligase  41.09 
 
 		 726 aa  224  4.9999999999999996e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.911309  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.33 
 
 		 858 aa  218  2.9999999999999998e-55  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>