More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1876 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  63.87 
 
 		 913 aa  1144    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  44.62 
 
 		 856 aa  666    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  62.87 
 
 		 882 aa  1127    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  43.74 
 
 		 834 aa  663    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 		 914 aa  1857    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  74.92 
 
 		 911 aa  1367    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  81.2 
 
 		 930 aa  1534    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  64.82 
 
 		 866 aa  1123    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  61.88 
 
 		 900 aa  1116    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  59.11 
 
 		 918 aa  1047    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  43.75 
 
 		 845 aa  644    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  62.49 
 
 		 881 aa  1130    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  63.59 
 
 		 888 aa  1128    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  43.55 
 
 		 865 aa  652    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  68.27 
 
 		 895 aa  1245    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4171  ATP-dependent DNA ligase  77.83 
 
 		 914 aa  1385    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.497319  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  63.03 
 
 		 883 aa  1144    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  60.94 
 
 		 886 aa  1080    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  62.1 
 
 		 893 aa  1103    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  39.04 
 
 		 940 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  40.31 
 
 		 867 aa  612  1e-173  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  40.5 
 
 		 863 aa  611  1e-173  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  39.56 
 
 		 845 aa  605  1.0000000000000001e-171  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  39.2 
 
 		 954 aa  595  1e-168  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  40.6 
 
 		 927 aa  588  1e-166  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  39.38 
 
 		 851 aa  587  1e-166  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  41.76 
 
 		 837 aa  587  1e-166  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  39.98 
 
 		 901 aa  569  1e-161  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  39 
 
 		 847 aa  568  1e-160  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  39.44 
 
 		 837 aa  565  1.0000000000000001e-159  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  39.55 
 
 		 927 aa  561  1e-158  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  38.6 
 
 		 936 aa  561  1e-158  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  38.58 
 
 		 932 aa  561  1e-158  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  38.49 
 
 		 936 aa  560  1e-158  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  39.03 
 
 		 843 aa  557  1e-157  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  37.31 
 
 		 949 aa  552  1e-156  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  38.93 
 
 		 848 aa  551  1e-155  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  37.69 
 
 		 882 aa  547  1e-154  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  36.25 
 
 		 853 aa  543  1e-153  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  38.79 
 
 		 846 aa  538  1e-151  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  36.99 
 
 		 815 aa  533  1e-150  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  37.36 
 
 		 939 aa  534  1e-150  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  36.2 
 
 		 864 aa  527  1e-148  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  39.2 
 
 		 868 aa  526  1e-148  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  38.75 
 
 		 868 aa  524  1e-147  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  37.09 
 
 		 871 aa  523  1e-147  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  37.05 
 
 		 840 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  36.6 
 
 		 833 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  36.43 
 
 		 833 aa  498  1e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  35.73 
 
 		 833 aa  498  1e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  34.62 
 
 		 902 aa  496  1e-139  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  37.9 
 
 		 846 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  36.2 
 
 		 832 aa  495  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  36.7 
 
 		 825 aa  474  1e-132  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  40.62 
 
 		 644 aa  456  1e-127  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  36.03 
 
 		 817 aa  459  1e-127  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  32.8 
 
 		 896 aa  452  1.0000000000000001e-126  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  33.22 
 
 		 877 aa  452  1e-125  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8275  ATP-dependent DNA ligase  63.48 
 
 		 383 aa  449  1.0000000000000001e-124  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0118926  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  35.21 
 
 		 847 aa  443  1e-123  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  37.48 
 
 		 837 aa  414  1e-114  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  39.5 
 
 		 658 aa  407  1.0000000000000001e-112  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  38.83 
 
 		 656 aa  409  1.0000000000000001e-112  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  39.97 
 
 		 684 aa  399  1e-109  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  38.77 
 
 		 651 aa  397  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  39.12 
 
 		 683 aa  392  1e-107  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  30.34 
 
 		 855 aa  385  1e-105  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  36.84 
 
 		 825 aa  380  1e-104  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  38.18 
 
 		 1001 aa  382  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4772  DNA ligase D  38.45 
 
 		 651 aa  382  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  37.22 
 
 		 658 aa  376  1e-103  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  37.52 
 
 		 847 aa  370  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  35.32 
 
 		 822 aa  367  1e-100  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  34.93 
 
 		 818 aa  350  5e-95  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3112  DNA ligase D  35.77 
 
 		 1157 aa  350  6e-95  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0919454  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2988  DNA ligase, ATP-dependent  35.62 
 
 		 1163 aa  349  1e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  40.16 
 
 		 603 aa  349  2e-94  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  33.23 
 
 		 813 aa  342  2e-92  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  38.1 
 
 		 534 aa  328  4.0000000000000003e-88  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2226  DNA polymerase LigD polymerase subunit  54.27 
 
 		 299 aa  326  9e-88  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  34.25 
 
 		 871 aa  316  1.9999999999999998e-84  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  33.49 
 
 		 646 aa  311  2e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  30.69 
 
 		 861 aa  312  2e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  34.57 
 
 		 872 aa  308  2.0000000000000002e-82  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  35.33 
 
 		 608 aa  301  3e-80  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  32.78 
 
 		 896 aa  284  7.000000000000001e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  31.67 
 
 		 815 aa  274  5.000000000000001e-72  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2225  DNA ligase  64.11 
 
 		 213 aa  271  4e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3242  DNA ligase D  30.59 
 
 		 657 aa  259  2e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.99209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0932  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  37.12 
 
 		 737 aa  229  2e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.819515  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6783  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  42.01 
 
 		 292 aa  224  8e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.838138  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0935  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  36.13 
 
 		 789 aa  223  9e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0727399  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6253  DNA polymerase LigD ligase subunit  39.3 
 
 		 343 aa  223  9.999999999999999e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0234052  normal  0.998306 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5875  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  41.28 
 
 		 297 aa  219  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1301  hypothetical protein  40.49 
 
 		 301 aa  216  9.999999999999999e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1335  ATP-dependent DNA ligase  32.97 
 
 		 980 aa  216  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6876  ATP dependent DNA ligase  38.37 
 
 		 343 aa  216  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.747253  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7647  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  56.54 
 
 		 544 aa  213  2e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3852  ATP dependent DNA ligase  40.62 
 
 		 315 aa  206  2e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3103  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  39.87 
 
 		 336 aa  204  4e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>