More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_4772 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  50 
 
 		 848 aa  647    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  82.18 
 
 		 651 aa  1115    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  49.32 
 
 		 867 aa  637    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4772  DNA ligase D  100 
 
 		 651 aa  1319    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  49.38 
 
 		 863 aa  631  1e-179  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  47.47 
 
 		 954 aa  622  1e-177  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  47.5 
 
 		 940 aa  618  1e-175  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  50.86 
 
 		 837 aa  602  1.0000000000000001e-171  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  46.89 
 
 		 833 aa  601  1e-170  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  46.89 
 
 		 833 aa  599  1e-170  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  48.6 
 
 		 927 aa  599  1e-170  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  51.2 
 
 		 901 aa  598  1e-169  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  48.47 
 
 		 936 aa  598  1e-169  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  49.37 
 
 		 840 aa  596  1e-169  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  48.47 
 
 		 936 aa  598  1e-169  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  48.73 
 
 		 847 aa  593  1e-168  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  45.92 
 
 		 833 aa  593  1e-168  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  47.03 
 
 		 832 aa  591  1e-167  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  46.25 
 
 		 853 aa  585  1e-166  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  48.49 
 
 		 837 aa  588  1e-166  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  47.39 
 
 		 864 aa  587  1e-166  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  47.85 
 
 		 871 aa  587  1e-166  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  49.2 
 
 		 927 aa  585  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  47.53 
 
 		 932 aa  579  1e-164  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  44.85 
 
 		 851 aa  570  1e-161  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  44.85 
 
 		 866 aa  567  1e-160  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  46.23 
 
 		 949 aa  568  1e-160  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  47.84 
 
 		 847 aa  565  1e-160  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  47.75 
 
 		 882 aa  564  1.0000000000000001e-159  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  47.44 
 
 		 846 aa  560  1e-158  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  46.02 
 
 		 939 aa  557  1e-157  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  46.53 
 
 		 825 aa  543  1e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  42.31 
 
 		 658 aa  471  1.0000000000000001e-131  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  41.94 
 
 		 684 aa  465  1e-129  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  39.38 
 
 		 845 aa  459  9.999999999999999e-129  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  41.13 
 
 		 683 aa  448  1.0000000000000001e-124  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  37.54 
 
 		 815 aa  444  1e-123  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  39.78 
 
 		 656 aa  434  1e-120  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  39.94 
 
 		 845 aa  427  1e-118  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  37.64 
 
 		 813 aa  425  1e-117  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  40.07 
 
 		 856 aa  417  9.999999999999999e-116  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  39.45 
 
 		 822 aa  417  9.999999999999999e-116  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  38.35 
 
 		 882 aa  415  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  36.77 
 
 		 865 aa  410  1e-113  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  37.84 
 
 		 911 aa  408  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  37.58 
 
 		 818 aa  406  1.0000000000000001e-112  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  38.85 
 
 		 883 aa  408  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  37.77 
 
 		 881 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  38.56 
 
 		 644 aa  404  1e-111  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6876  ATP dependent DNA ligase  58.61 
 
 		 343 aa  405  1e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.747253  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  38.69 
 
 		 893 aa  402  9.999999999999999e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  38.2 
 
 		 886 aa  398  1e-109  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  38.61 
 
 		 914 aa  393  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  38.51 
 
 		 658 aa  393  1e-108  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  36.97 
 
 		 888 aa  395  1e-108  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  36.76 
 
 		 834 aa  395  1e-108  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  38.26 
 
 		 930 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  37.24 
 
 		 825 aa  390  1e-107  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  36.79 
 
 		 918 aa  392  1e-107  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  37.04 
 
 		 900 aa  386  1e-106  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  37.22 
 
 		 895 aa  387  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4171  ATP-dependent DNA ligase  38.99 
 
 		 914 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.497319  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  38.87 
 
 		 837 aa  380  1e-104  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  36.02 
 
 		 866 aa  372  1e-101  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  36.34 
 
 		 913 aa  366  1e-100  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6253  DNA polymerase LigD ligase subunit  52.41 
 
 		 343 aa  357  3.9999999999999996e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0234052  normal  0.998306 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  37.15 
 
 		 843 aa  351  3e-95  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  56.4 
 
 		 1001 aa  350  4e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  36.36 
 
 		 868 aa  347  3e-94  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  36.31 
 
 		 868 aa  347  5e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  36.8 
 
 		 846 aa  337  3.9999999999999995e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  31.09 
 
 		 861 aa  335  1e-90  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1335  ATP-dependent DNA ligase  53.58 
 
 		 980 aa  332  1e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2988  DNA ligase, ATP-dependent  53.58 
 
 		 1163 aa  332  1e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3112  DNA ligase D  53.58 
 
 		 1157 aa  331  3e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0919454  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  32.65 
 
 		 902 aa  329  1.0000000000000001e-88  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  31 
 
 		 896 aa  329  1.0000000000000001e-88  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  35.5 
 
 		 817 aa  323  5e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  32.87 
 
 		 871 aa  323  8e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  31.78 
 
 		 646 aa  317  4e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  33.18 
 
 		 872 aa  313  4.999999999999999e-84  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  34.07 
 
 		 847 aa  305  1.0000000000000001e-81  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  30.97 
 
 		 877 aa  303  6.000000000000001e-81  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0498  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  52.82 
 
 		 298 aa  303  1e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  28.64 
 
 		 855 aa  301  3e-80  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  34.36 
 
 		 815 aa  273  6e-72  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3242  DNA ligase D  31.31 
 
 		 657 aa  255  2.0000000000000002e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.99209  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  30.41 
 
 		 896 aa  253  8.000000000000001e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  39.41 
 
 		 603 aa  213  1e-53  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7010  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  37.78 
 
 		 350 aa  209  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.926095  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6989  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  36.16 
 
 		 354 aa  206  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6783  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  39.13 
 
 		 292 aa  201  5e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.838138  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8275  ATP-dependent DNA ligase  37.31 
 
 		 383 aa  199  1.0000000000000001e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0118926  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1301  hypothetical protein  36.36 
 
 		 301 aa  196  8.000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3103  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  38.76 
 
 		 336 aa  196  1e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5875  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  37.32 
 
 		 297 aa  194  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2396  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  36.74 
 
 		 349 aa  194  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.788698 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5730  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  35.05 
 
 		 350 aa  190  8e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.996793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  36.65 
 
 		 608 aa  189  2e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1305  DNA polymerase LigD ligase region  36.01 
 
 		 343 aa  185  2.0000000000000003e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0414241  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>