More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1736 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  66.89 
 
 
881 aa  1211    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  60.48 
 
 
913 aa  1069    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  62.58 
 
 
914 aa  1142    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  66.27 
 
 
911 aa  1196    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  63.6 
 
 
930 aa  1156    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  61.93 
 
 
866 aa  1051    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  63.31 
 
 
895 aa  1135    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  61.71 
 
 
900 aa  1095    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4171  ATP-dependent DNA ligase  63.2 
 
 
914 aa  1095    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.497319  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  45.12 
 
 
856 aa  653    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  60.49 
 
 
918 aa  1062    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 
888 aa  1796    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  44.47 
 
 
865 aa  650    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  68.31 
 
 
886 aa  1207    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  66.89 
 
 
882 aa  1198    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  67 
 
 
883 aa  1217    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  66.14 
 
 
893 aa  1185    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  41.56 
 
 
845 aa  627  1e-178  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  41.93 
 
 
834 aa  628  1e-178  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  43.02 
 
 
845 aa  619  1e-176  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  41.2 
 
 
867 aa  603  1.0000000000000001e-171  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  42.2 
 
 
837 aa  598  1e-169  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  41.07 
 
 
863 aa  595  1e-169  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  39.43 
 
 
940 aa  585  1e-166  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  40.34 
 
 
837 aa  585  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  40.2 
 
 
851 aa  579  1e-164  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  42.35 
 
 
901 aa  580  1e-164  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  39.49 
 
 
927 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  39.03 
 
 
815 aa  579  1.0000000000000001e-163  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  40.7 
 
 
837 aa  576  1.0000000000000001e-163  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  41.3 
 
 
843 aa  574  1.0000000000000001e-162  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  39.58 
 
 
936 aa  570  1e-161  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  39.58 
 
 
936 aa  570  1e-161  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  38.95 
 
 
954 aa  567  1e-160  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  38.94 
 
 
932 aa  564  1.0000000000000001e-159  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  39.09 
 
 
927 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  38.36 
 
 
864 aa  561  1e-158  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  39.47 
 
 
868 aa  556  1e-157  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  39.54 
 
 
868 aa  557  1e-157  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  38.58 
 
 
866 aa  553  1e-156  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  40.78 
 
 
846 aa  549  1e-155  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  38.03 
 
 
949 aa  551  1e-155  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  39.82 
 
 
882 aa  551  1e-155  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  38.91 
 
 
825 aa  546  1e-154  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  39.46 
 
 
848 aa  546  1e-154  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  40.75 
 
 
846 aa  545  1e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  36.46 
 
 
813 aa  544  1e-153  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  37.26 
 
 
853 aa  541  9.999999999999999e-153  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  37.66 
 
 
822 aa  541  9.999999999999999e-153  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  38.19 
 
 
871 aa  542  9.999999999999999e-153  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  40.06 
 
 
939 aa  534  1e-150  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  37.78 
 
 
847 aa  526  1e-148  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  38.1 
 
 
840 aa  521  1e-146  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  38.54 
 
 
847 aa  521  1e-146  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  35.79 
 
 
818 aa  522  1e-146  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  38.51 
 
 
817 aa  519  1e-146  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  37.41 
 
 
833 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  39.19 
 
 
825 aa  517  1.0000000000000001e-145  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  37.08 
 
 
832 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  37.47 
 
 
833 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  35.59 
 
 
902 aa  506  1e-141  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  37.07 
 
 
833 aa  501  1e-140  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8275  ATP-dependent DNA ligase  65.66 
 
 
383 aa  486  1e-136  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0118926  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  34.82 
 
 
896 aa  483  1e-135  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  38.19 
 
 
847 aa  481  1e-134  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  33.48 
 
 
861 aa  472  1.0000000000000001e-131  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  41.64 
 
 
644 aa  466  9.999999999999999e-131  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  34.25 
 
 
877 aa  462  1e-129  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  36.79 
 
 
872 aa  461  9.999999999999999e-129  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  35.61 
 
 
871 aa  453  1.0000000000000001e-126  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  33.6 
 
 
855 aa  455  1.0000000000000001e-126  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  36.62 
 
 
896 aa  445  1e-123  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  41.04 
 
 
684 aa  421  1e-116  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  40.16 
 
 
658 aa  416  9.999999999999999e-116  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  41.73 
 
 
683 aa  414  1e-114  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  39.3 
 
 
656 aa  410  1e-113  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  36.57 
 
 
651 aa  397  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  35.6 
 
 
658 aa  380  1e-104  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4772  DNA ligase D  36.86 
 
 
651 aa  381  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  39.74 
 
 
1001 aa  375  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  40.87 
 
 
603 aa  362  2e-98  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2226  DNA polymerase LigD polymerase subunit  56.67 
 
 
299 aa  349  1e-94  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  39.46 
 
 
534 aa  337  5e-91  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  33.28 
 
 
646 aa  322  1.9999999999999998e-86  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  35.53 
 
 
608 aa  311  2.9999999999999997e-83  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2225  DNA ligase  69.08 
 
 
213 aa  295  2e-78  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  32.42 
 
 
815 aa  273  1e-71  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0932  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  40.55 
 
 
737 aa  249  1e-64  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.819515  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3242  DNA ligase D  29.92 
 
 
657 aa  249  2e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.99209  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0935  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  40.09 
 
 
789 aa  245  3e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0727399  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  33.57 
 
 
831 aa  222  3e-56  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  35.05 
 
 
816 aa  221  5e-56  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0884  ATP dependent DNA ligase  40 
 
 
726 aa  220  7e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.911309  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6253  DNA polymerase LigD ligase subunit  39.32 
 
 
343 aa  220  7e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0234052  normal  0.998306 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7647  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  57.07 
 
 
544 aa  220  7.999999999999999e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2988  DNA ligase, ATP-dependent  37.82 
 
 
1163 aa  217  5.9999999999999996e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  30.91 
 
 
858 aa  216  1.9999999999999998e-54  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6783  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  43.45 
 
 
292 aa  216  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.838138  normal 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6876  ATP dependent DNA ligase  36.68 
 
 
343 aa  216  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.747253  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3112  DNA ligase D  36.99 
 
 
1157 aa  213  1e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0919454  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>