More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_2837 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 		 896 aa  1847    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  50.73 
 
 		 855 aa  869    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  51.39 
 
 		 872 aa  923    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  48.72 
 
 		 861 aa  862    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  51.56 
 
 		 871 aa  930    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  48.25 
 
 		 877 aa  808    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  47.64 
 
 		 902 aa  817    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  36.45 
 
 		 847 aa  608  9.999999999999999e-173  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  46.17 
 
 		 646 aa  599  1e-170  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  35 
 
 		 896 aa  568  1e-160  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  34.65 
 
 		 882 aa  532  1e-150  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  49.17 
 
 		 534 aa  534  1e-150  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  36.02 
 
 		 856 aa  531  1e-149  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  35.28 
 
 		 837 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  35.39 
 
 		 940 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  37.13 
 
 		 851 aa  514  1e-144  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  35.18 
 
 		 822 aa  514  1e-144  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  36.12 
 
 		 815 aa  511  1e-143  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  34.84 
 
 		 864 aa  511  1e-143  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  36.28 
 
 		 867 aa  508  9.999999999999999e-143  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  33.56 
 
 		 837 aa  508  9.999999999999999e-143  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  34.32 
 
 		 847 aa  509  9.999999999999999e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  35.6 
 
 		 863 aa  506  9.999999999999999e-143  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  34.47 
 
 		 954 aa  505  1e-141  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  36.07 
 
 		 845 aa  503  1e-141  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  35.19 
 
 		 901 aa  499  1e-140  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  35.1 
 
 		 845 aa  499  1e-140  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  35.56 
 
 		 927 aa  502  1e-140  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  34.98 
 
 		 936 aa  498  1e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  35.33 
 
 		 813 aa  496  1e-139  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  34.88 
 
 		 932 aa  497  1e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  34.69 
 
 		 936 aa  496  1e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  35.24 
 
 		 927 aa  496  1e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  35.46 
 
 		 866 aa  490  1e-137  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  35.76 
 
 		 834 aa  490  1e-137  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  35.53 
 
 		 848 aa  491  1e-137  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  34.41 
 
 		 893 aa  492  1e-137  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  34.25 
 
 		 949 aa  491  1e-137  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  32.82 
 
 		 871 aa  488  1e-136  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  34.02 
 
 		 913 aa  486  1e-136  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  34.43 
 
 		 853 aa  486  1e-136  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  34.08 
 
 		 883 aa  489  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  33.77 
 
 		 881 aa  488  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  32.39 
 
 		 1001 aa  485  1e-135  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  34.12 
 
 		 918 aa  485  1e-135  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  33.04 
 
 		 882 aa  484  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  33.74 
 
 		 895 aa  483  1e-135  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  34.8 
 
 		 833 aa  480  1e-134  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  34.08 
 
 		 833 aa  482  1e-134  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  34.4 
 
 		 888 aa  479  1e-133  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  33.33 
 
 		 818 aa  474  1e-132  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  34.42 
 
 		 866 aa  471  1.0000000000000001e-131  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  33.45 
 
 		 846 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  31.62 
 
 		 939 aa  470  1.0000000000000001e-131  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  33.52 
 
 		 886 aa  469  9.999999999999999e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  34.45 
 
 		 832 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  33.07 
 
 		 825 aa  466  9.999999999999999e-131  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  33.18 
 
 		 833 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  32.92 
 
 		 840 aa  464  1e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  33.22 
 
 		 868 aa  462  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  32.85 
 
 		 865 aa  461  9.999999999999999e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  32.75 
 
 		 911 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  33.11 
 
 		 868 aa  457  1e-127  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  32.81 
 
 		 847 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  32.58 
 
 		 930 aa  452  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  32.79 
 
 		 900 aa  451  1e-125  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  33.33 
 
 		 837 aa  449  1e-125  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4171  ATP-dependent DNA ligase  33.33 
 
 		 914 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.497319  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  31.9 
 
 		 825 aa  437  1e-121  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  31.39 
 
 		 843 aa  437  1e-121  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3242  DNA ligase D  35.07 
 
 		 657 aa  394  1e-108  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.99209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  31.12 
 
 		 817 aa  388  1e-106  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  40.62 
 
 		 846 aa  379  1e-103  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3085  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  57.59 
 
 		 299 aa  368  1e-100  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.884253 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  36.12 
 
 		 603 aa  352  2e-95  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  32.42 
 
 		 658 aa  352  2e-95  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  33.28 
 
 		 644 aa  351  3e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  32.45 
 
 		 656 aa  345  2.9999999999999997e-93  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  31.74 
 
 		 684 aa  340  9e-92  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  31.28 
 
 		 658 aa  338  1.9999999999999998e-91  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  31.53 
 
 		 651 aa  333  8e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  30.66 
 
 		 683 aa  331  4e-89  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  31.31 
 
 		 914 aa  317  5e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2988  DNA ligase, ATP-dependent  29.6 
 
 		 1163 aa  310  5.9999999999999995e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4772  DNA ligase D  30.78 
 
 		 651 aa  310  9e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3112  DNA ligase D  29.11 
 
 		 1157 aa  305  2.0000000000000002e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0919454  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2082  hypothetical protein  46.38 
 
 		 306 aa  285  3.0000000000000004e-75  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1124  hypothetical protein  42.86 
 
 		 303 aa  276  1.0000000000000001e-72  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1986  DNA primase, small subunit  43.58 
 
 		 303 aa  257  7e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.328453  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2067  hypothetical protein  42.66 
 
 		 312 aa  257  8e-67  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0552463 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  32.74 
 
 		 816 aa  254  5.000000000000001e-66  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0598  hypothetical protein  40.55 
 
 		 314 aa  253  9.000000000000001e-66  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.479165  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.08 
 
 		 858 aa  250  9e-65  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  32.44 
 
 		 828 aa  246  1.9999999999999999e-63  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  32.37 
 
 		 831 aa  243  2e-62  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  32.92 
 
 		 845 aa  242  2e-62  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0935  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  34.26 
 
 		 789 aa  241  5e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0727399  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0932  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  34.03 
 
 		 737 aa  239  1e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.819515  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03410  DNA polymerase LigD polymerase domain protein  40.36 
 
 		 313 aa  237  7e-61  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  29.72 
 
 		 852 aa  232  2e-59  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>