More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_2679 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 		 868 aa  1740    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  47.36 
 
 		 843 aa  725    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  44.84 
 
 		 845 aa  686    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  50.58 
 
 		 865 aa  831    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  43.34 
 
 		 818 aa  659    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  43.98 
 
 		 856 aa  641    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  98.16 
 
 		 868 aa  1711    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  47.4 
 
 		 837 aa  698    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  41.99 
 
 		 813 aa  672    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  73.05 
 
 		 846 aa  1198    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  44.31 
 
 		 822 aa  664    Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  42.91 
 
 		 845 aa  621  1e-176  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  41.49 
 
 		 834 aa  619  1e-176  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  37.81 
 
 		 815 aa  607  9.999999999999999e-173  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  40.11 
 
 		 900 aa  590  1e-167  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  39.63 
 
 		 893 aa  588  1e-166  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  40.89 
 
 		 882 aa  587  1e-166  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  39.79 
 
 		 864 aa  585  1e-166  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  41.12 
 
 		 837 aa  584  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  39.42 
 
 		 851 aa  580  1e-164  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  39.31 
 
 		 940 aa  581  1e-164  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  40.17 
 
 		 871 aa  580  1e-164  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  39.51 
 
 		 863 aa  578  1.0000000000000001e-163  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  40.36 
 
 		 883 aa  576  1.0000000000000001e-163  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  40.9 
 
 		 927 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  40.34 
 
 		 895 aa  575  1.0000000000000001e-162  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  39.98 
 
 		 882 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  40.54 
 
 		 832 aa  571  1e-161  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  39.1 
 
 		 867 aa  571  1e-161  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  39.66 
 
 		 901 aa  569  1e-160  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  39.08 
 
 		 913 aa  567  1e-160  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  39.41 
 
 		 866 aa  566  1e-160  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  40.07 
 
 		 881 aa  566  1e-160  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  40.52 
 
 		 833 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  39.47 
 
 		 888 aa  559  1e-158  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  39.69 
 
 		 833 aa  559  1e-158  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  37.28 
 
 		 866 aa  558  1e-157  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  40.02 
 
 		 932 aa  555  1e-156  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  37.8 
 
 		 847 aa  555  1e-156  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  39.03 
 
 		 833 aa  551  1e-155  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  38.17 
 
 		 825 aa  549  1e-155  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  37.47 
 
 		 853 aa  550  1e-155  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  40.22 
 
 		 886 aa  550  1e-155  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  39.46 
 
 		 837 aa  546  1e-154  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  38.59 
 
 		 846 aa  545  1e-153  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  39.27 
 
 		 949 aa  543  1e-153  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  39.26 
 
 		 936 aa  541  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  39.67 
 
 		 927 aa  541  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  37.51 
 
 		 848 aa  538  1e-151  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  38.89 
 
 		 840 aa  538  1e-151  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  39.15 
 
 		 936 aa  539  1e-151  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  38.75 
 
 		 847 aa  537  1e-151  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  38.14 
 
 		 911 aa  534  1e-150  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  37.42 
 
 		 930 aa  532  1e-149  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  39.6 
 
 		 825 aa  526  1e-148  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  44.16 
 
 		 658 aa  520  1e-146  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  37.08 
 
 		 914 aa  509  1e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  39.39 
 
 		 817 aa  509  9.999999999999999e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  36.17 
 
 		 877 aa  504  1e-141  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  36.15 
 
 		 871 aa  498  1e-139  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  35.84 
 
 		 872 aa  494  9.999999999999999e-139  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4171  ATP-dependent DNA ligase  36.04 
 
 		 914 aa  492  1e-137  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.497319  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  33.77 
 
 		 902 aa  487  1e-136  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  33.78 
 
 		 861 aa  479  1e-134  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  32.85 
 
 		 896 aa  477  1e-133  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  32.07 
 
 		 855 aa  472  1.0000000000000001e-131  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  37.57 
 
 		 847 aa  466  9.999999999999999e-131  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  41.46 
 
 		 656 aa  437  1e-121  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  39.23 
 
 		 954 aa  434  1e-120  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  36.21 
 
 		 896 aa  435  1e-120  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  41.29 
 
 		 658 aa  423  1e-117  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  39.75 
 
 		 644 aa  420  1e-116  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  37.79 
 
 		 1001 aa  414  1e-114  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  40.95 
 
 		 683 aa  410  1e-113  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  37.58 
 
 		 939 aa  397  1e-109  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  39.37 
 
 		 918 aa  391  1e-107  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  36.28 
 
 		 651 aa  373  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  33.64 
 
 		 815 aa  369  1e-100  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4772  DNA ligase D  36.04 
 
 		 651 aa  349  1e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  31.97 
 
 		 646 aa  329  1.0000000000000001e-88  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  38.72 
 
 		 534 aa  324  6e-87  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  35.94 
 
 		 603 aa  294  5e-78  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1301  hypothetical protein  48.78 
 
 		 301 aa  291  3e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  36.56 
 
 		 797 aa  258  4e-67  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3242  DNA ligase D  29.97 
 
 		 657 aa  256  9e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.99209  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  37.08 
 
 		 495 aa  255  2.0000000000000002e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4186  hypothetical protein  49.18 
 
 		 330 aa  256  2.0000000000000002e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0264097  normal  0.220131 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3112  DNA ligase D  46.82 
 
 		 1157 aa  244  5e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0919454  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7647  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  44.95 
 
 		 544 aa  243  9e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2988  DNA ligase, ATP-dependent  46.82 
 
 		 1163 aa  243  9e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1335  ATP-dependent DNA ligase  46.82 
 
 		 980 aa  243  1e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  34.98 
 
 		 759 aa  239  1e-61  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34920  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  34.23 
 
 		 477 aa  239  2e-61  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140848  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0932  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  39.86 
 
 		 737 aa  237  7e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.819515  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0201  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  35.78 
 
 		 778 aa  234  4.0000000000000004e-60  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.173659  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  34.17 
 
 		 847 aa  234  5e-60  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  35.57 
 
 		 845 aa  233  8.000000000000001e-60  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  34.1 
 
 		 766 aa  232  2e-59  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  35.08 
 
 		 831 aa  231  6e-59  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0935  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  39.66 
 
 		 789 aa  230  1e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0727399  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>