More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4171 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  63.74 
 
 		 913 aa  1149    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  77.55 
 
 		 914 aa  1442    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  73.01 
 
 		 911 aa  1350    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  78.59 
 
 		 930 aa  1469    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  65.15 
 
 		 866 aa  1113    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  60.37 
 
 		 900 aa  1079    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  69.33 
 
 		 895 aa  1247    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  62.41 
 
 		 883 aa  1145    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  44.1 
 
 		 845 aa  658    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  42.94 
 
 		 865 aa  653    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  62.45 
 
 		 882 aa  1125    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  61.38 
 
 		 918 aa  1070    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  42.89 
 
 		 834 aa  655    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  60.78 
 
 		 886 aa  1080    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  64.25 
 
 		 888 aa  1131    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  44.68 
 
 		 856 aa  666    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  62.62 
 
 		 893 aa  1105    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  62.36 
 
 		 881 aa  1136    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4171  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 		 914 aa  1859    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.497319  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  40.99 
 
 		 867 aa  635  1e-180  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  40.7 
 
 		 863 aa  626  1e-178  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  39.9 
 
 		 940 aa  625  1e-177  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  38.02 
 
 		 1001 aa  608  9.999999999999999e-173  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  39.5 
 
 		 954 aa  606  9.999999999999999e-173  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  39.42 
 
 		 927 aa  605  1.0000000000000001e-171  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  40.5 
 
 		 845 aa  600  1e-170  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  40.04 
 
 		 837 aa  587  1e-166  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  38.9 
 
 		 851 aa  585  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  38.74 
 
 		 932 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  40.75 
 
 		 837 aa  583  1.0000000000000001e-165  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  40.25 
 
 		 901 aa  581  1e-164  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  38.45 
 
 		 949 aa  579  1e-164  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  38.73 
 
 		 936 aa  571  1e-161  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  38.63 
 
 		 936 aa  570  1e-161  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  38.56 
 
 		 843 aa  568  1e-160  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  40 
 
 		 927 aa  566  1e-160  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  38.57 
 
 		 866 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  39.68 
 
 		 846 aa  564  1.0000000000000001e-159  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  38.84 
 
 		 848 aa  557  1e-157  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  37.55 
 
 		 882 aa  550  1e-155  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  37.11 
 
 		 853 aa  546  1e-154  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  37.92 
 
 		 871 aa  540  9.999999999999999e-153  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  38.04 
 
 		 847 aa  541  9.999999999999999e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  36.28 
 
 		 840 aa  530  1e-149  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  36.01 
 
 		 864 aa  526  1e-148  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  37.2 
 
 		 832 aa  523  1e-147  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  37.03 
 
 		 833 aa  523  1e-147  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  38.53 
 
 		 846 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  37.03 
 
 		 833 aa  514  1e-144  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  36.83 
 
 		 833 aa  512  1e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  36.98 
 
 		 868 aa  508  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  36.8 
 
 		 868 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  34.65 
 
 		 902 aa  493  9.999999999999999e-139  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  36.92 
 
 		 825 aa  486  1e-136  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  34.52 
 
 		 877 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  40.67 
 
 		 644 aa  471  1.0000000000000001e-131  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  34.13 
 
 		 896 aa  467  9.999999999999999e-131  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  36.21 
 
 		 817 aa  469  9.999999999999999e-131  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  35.01 
 
 		 871 aa  454  1.0000000000000001e-126  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  32.26 
 
 		 861 aa  446  1e-123  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  32.81 
 
 		 855 aa  436  1e-121  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8275  ATP-dependent DNA ligase  59.95 
 
 		 383 aa  438  1e-121  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0118926  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  39.15 
 
 		 656 aa  422  1e-116  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  40.43 
 
 		 658 aa  415  1e-114  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  37.88 
 
 		 837 aa  411  1e-113  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  37.04 
 
 		 847 aa  412  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  40.9 
 
 		 684 aa  408  1.0000000000000001e-112  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  35.58 
 
 		 815 aa  401  9.999999999999999e-111  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  39.16 
 
 		 651 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  39.94 
 
 		 683 aa  397  1e-109  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  37.44 
 
 		 825 aa  395  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4772  DNA ligase D  39.31 
 
 		 651 aa  390  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  36.73 
 
 		 658 aa  391  1e-107  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  36.44 
 
 		 818 aa  383  1e-105  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  35.02 
 
 		 822 aa  370  1e-101  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  34.68 
 
 		 813 aa  368  1e-100  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  40.67 
 
 		 603 aa  365  2e-99  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2226  DNA polymerase LigD polymerase subunit  54.27 
 
 		 299 aa  324  4e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  33.17 
 
 		 646 aa  317  7e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  37.44 
 
 		 534 aa  316  9.999999999999999e-85  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  33.91 
 
 		 872 aa  315  2.9999999999999996e-84  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  36.81 
 
 		 608 aa  314  5.999999999999999e-84  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3112  DNA ligase D  37.82 
 
 		 1157 aa  298  3e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0919454  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  32.49 
 
 		 847 aa  295  4e-78  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  31.92 
 
 		 815 aa  281  4e-74  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2225  DNA ligase  66.5 
 
 		 213 aa  273  1e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  31.78 
 
 		 896 aa  263  1e-68  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3242  DNA ligase D  30.04 
 
 		 657 aa  259  1e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.99209  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6876  ATP dependent DNA ligase  40.9 
 
 		 343 aa  238  3e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.747253  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6253  DNA polymerase LigD ligase subunit  41.25 
 
 		 343 aa  234  6e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0234052  normal  0.998306 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2988  DNA ligase, ATP-dependent  38.83 
 
 		 1163 aa  223  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5875  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  40.73 
 
 		 297 aa  221  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6783  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  42.36 
 
 		 292 aa  220  7.999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.838138  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7647  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  54.97 
 
 		 544 aa  214  7e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1335  ATP-dependent DNA ligase  40.33 
 
 		 980 aa  211  6e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  31.1 
 
 		 858 aa  211  6e-53  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3103  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  39.09 
 
 		 336 aa  205  2e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1301  hypothetical protein  38.03 
 
 		 301 aa  204  5e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3852  ATP dependent DNA ligase  41.35 
 
 		 315 aa  203  1.9999999999999998e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0498  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  37.91 
 
 		 298 aa  196  2e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>