More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6404 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  61.31 
 
 		 877 aa  850    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  64.43 
 
 		 902 aa  892    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  100 
 
 		 646 aa  1338    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  46.25 
 
 		 896 aa  592  1e-168  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  44.46 
 
 		 861 aa  550  1e-155  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  43.59 
 
 		 871 aa  524  1e-147  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  43.06 
 
 		 855 aa  521  1e-146  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  42.88 
 
 		 872 aa  513  1e-144  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  34.4 
 
 		 847 aa  403  1e-111  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  35.18 
 
 		 846 aa  354  2e-96  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  34.17 
 
 		 658 aa  352  8.999999999999999e-96  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  34 
 
 		 954 aa  352  1e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  33.65 
 
 		 822 aa  352  1e-95  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  34.31 
 
 		 940 aa  350  3e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  33.23 
 
 		 684 aa  343  5e-93  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  33.39 
 
 		 651 aa  343  7e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  32.8 
 
 		 818 aa  342  1e-92  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  33.77 
 
 		 882 aa  342  2e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  32.22 
 
 		 896 aa  341  2.9999999999999998e-92  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  33.49 
 
 		 847 aa  341  2.9999999999999998e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  33.08 
 
 		 865 aa  340  5.9999999999999996e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  33.06 
 
 		 656 aa  339  7e-92  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3242  DNA ligase D  33.8 
 
 		 657 aa  339  8e-92  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.99209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  33.69 
 
 		 833 aa  338  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  33.69 
 
 		 833 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  32.49 
 
 		 644 aa  336  5.999999999999999e-91  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  33.76 
 
 		 813 aa  334  3e-90  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  32.08 
 
 		 815 aa  333  8e-90  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  32.44 
 
 		 683 aa  332  1e-89  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  31.94 
 
 		 845 aa  331  2e-89  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  33.44 
 
 		 658 aa  330  4e-89  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  34.98 
 
 		 834 aa  329  9e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  33.28 
 
 		 848 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  33.97 
 
 		 881 aa  327  5e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  33.65 
 
 		 853 aa  326  7e-88  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  32.68 
 
 		 871 aa  326  8.000000000000001e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  32.86 
 
 		 883 aa  326  8.000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  32.64 
 
 		 851 aa  326  1e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  32.66 
 
 		 856 aa  325  1e-87  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  32.8 
 
 		 815 aa  325  2e-87  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  32.16 
 
 		 864 aa  325  2e-87  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  32.47 
 
 		 867 aa  325  2e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  33.54 
 
 		 833 aa  324  4e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  33.77 
 
 		 837 aa  323  7e-87  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  32.91 
 
 		 837 aa  322  9.999999999999999e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  33.23 
 
 		 893 aa  321  1.9999999999999998e-86  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  32.14 
 
 		 863 aa  321  1.9999999999999998e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  32.57 
 
 		 927 aa  322  1.9999999999999998e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  34.03 
 
 		 886 aa  320  7e-86  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  32.17 
 
 		 866 aa  319  1e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  31.3 
 
 		 843 aa  319  1e-85  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  32.92 
 
 		 930 aa  318  1e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  32.7 
 
 		 888 aa  318  2e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  33.59 
 
 		 832 aa  318  2e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  32.53 
 
 		 846 aa  318  2e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  31.59 
 
 		 939 aa  318  2e-85  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  31.44 
 
 		 847 aa  317  5e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  32.76 
 
 		 936 aa  316  7e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  32.76 
 
 		 936 aa  316  9e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  33.55 
 
 		 866 aa  315  1.9999999999999998e-84  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  31.85 
 
 		 840 aa  314  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  31.97 
 
 		 868 aa  311  2e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  33.49 
 
 		 914 aa  311  2e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  33.02 
 
 		 895 aa  311  2e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  33.66 
 
 		 918 aa  312  2e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  31.97 
 
 		 882 aa  311  2.9999999999999997e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  32.61 
 
 		 927 aa  310  5e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  31.65 
 
 		 868 aa  309  1.0000000000000001e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  33.44 
 
 		 932 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3085  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  50 
 
 		 299 aa  308  3e-82  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.884253 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  31.45 
 
 		 913 aa  306  1.0000000000000001e-81  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  31.85 
 
 		 845 aa  305  1.0000000000000001e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  30.67 
 
 		 825 aa  305  2.0000000000000002e-81  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  31.99 
 
 		 837 aa  304  4.0000000000000003e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  33.08 
 
 		 949 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  31.48 
 
 		 901 aa  302  1e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4772  DNA ligase D  31.78 
 
 		 651 aa  298  2e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4171  ATP-dependent DNA ligase  32.86 
 
 		 914 aa  296  9e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.497319  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  31.85 
 
 		 911 aa  295  2e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  31.75 
 
 		 825 aa  289  1e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  30.48 
 
 		 900 aa  281  3e-74  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  44.63 
 
 		 534 aa  263  6.999999999999999e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1124  hypothetical protein  39.73 
 
 		 303 aa  258  3e-67  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2082  hypothetical protein  41.64 
 
 		 306 aa  254  3e-66  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  28.57 
 
 		 817 aa  248  2e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0598  hypothetical protein  40 
 
 		 314 aa  240  6.999999999999999e-62  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.479165  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2067  hypothetical protein  39.13 
 
 		 312 aa  238  2e-61  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0552463 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1986  DNA primase, small subunit  43.33 
 
 		 303 aa  236  9e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.328453  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03410  DNA polymerase LigD polymerase domain protein  40.36 
 
 		 313 aa  230  8e-59  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  38.82 
 
 		 608 aa  217  5.9999999999999996e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0139  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  36.77 
 
 		 306 aa  213  1e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  38.99 
 
 		 603 aa  211  3e-53  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  37.2 
 
 		 1001 aa  201  5e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1670  DNA primase-like  34.74 
 
 		 527 aa  198  3e-49  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.447053  hitchhiker  0.00316977 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2863  DNA primase-like  35.64 
 
 		 352 aa  194  5e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.355668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0884  ATP dependent DNA ligase  33.09 
 
 		 726 aa  193  8e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.911309  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7782  putative ATP-dependent DNA ligase  37.42 
 
 		 351 aa  192  1e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.089551  normal  0.119022 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0932  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  33.33 
 
 		 737 aa  192  2e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.819515  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6253  DNA polymerase LigD ligase subunit  36.42 
 
 		 343 aa  191  4e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0234052  normal  0.998306 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0935  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  34.07 
 
 		 789 aa  191  5e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0727399  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>