More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2635 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  47.3 
 
 		 927 aa  781    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  88.1 
 
 		 833 aa  1513    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  54.42 
 
 		 851 aa  910    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  88.1 
 
 		 833 aa  1516    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  52.02 
 
 		 866 aa  875    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  45.76 
 
 		 825 aa  674    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  50.46 
 
 		 901 aa  823    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  49.42 
 
 		 846 aa  755    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  66.43 
 
 		 848 aa  1155    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  50.76 
 
 		 853 aa  802    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  47.39 
 
 		 940 aa  807    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  49.89 
 
 		 882 aa  799    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  48.94 
 
 		 871 aa  778    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  47.37 
 
 		 949 aa  773    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  46.95 
 
 		 936 aa  774    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  55.18 
 
 		 837 aa  899    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  48.27 
 
 		 927 aa  767    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  47.21 
 
 		 932 aa  771    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  56.5 
 
 		 840 aa  936    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  49.74 
 
 		 954 aa  857    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  46.95 
 
 		 936 aa  774    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  48.76 
 
 		 847 aa  765    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  83.43 
 
 		 832 aa  1434    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  54.8 
 
 		 863 aa  924    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  55.14 
 
 		 867 aa  933    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  46.76 
 
 		 939 aa  722    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  49.64 
 
 		 837 aa  762    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  47.41 
 
 		 864 aa  780    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  56.57 
 
 		 847 aa  933    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 		 833 aa  1701    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  42.1 
 
 		 815 aa  660    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  43.14 
 
 		 845 aa  625  1e-178  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  42.29 
 
 		 834 aa  617  1e-175  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  41.87 
 
 		 845 aa  611  1e-173  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  41.67 
 
 		 856 aa  603  1.0000000000000001e-171  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  46.5 
 
 		 651 aa  586  1e-166  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  40.59 
 
 		 825 aa  588  1e-166  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  39.95 
 
 		 865 aa  578  1.0000000000000001e-163  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4772  DNA ligase D  45.92 
 
 		 651 aa  570  1e-161  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  40.52 
 
 		 868 aa  549  1e-154  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  40.05 
 
 		 843 aa  545  1e-153  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  41.09 
 
 		 846 aa  545  1e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  40.16 
 
 		 868 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  39.21 
 
 		 883 aa  536  1e-151  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  38.08 
 
 		 882 aa  536  1e-151  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  39.07 
 
 		 881 aa  534  1e-150  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  39.78 
 
 		 837 aa  535  1e-150  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  36.99 
 
 		 813 aa  535  1e-150  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  37.43 
 
 		 886 aa  519  1.0000000000000001e-145  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  37.78 
 
 		 822 aa  517  1.0000000000000001e-145  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  37.73 
 
 		 900 aa  512  1e-144  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  37.4 
 
 		 893 aa  515  1e-144  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  36.25 
 
 		 918 aa  514  1e-144  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  37.41 
 
 		 888 aa  511  1e-143  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  37.16 
 
 		 895 aa  508  9.999999999999999e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  35.94 
 
 		 911 aa  503  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  35.77 
 
 		 930 aa  503  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  36.54 
 
 		 818 aa  505  1e-141  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  39.06 
 
 		 817 aa  505  1e-141  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  36.84 
 
 		 877 aa  500  1e-140  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  46.85 
 
 		 1001 aa  495  9.999999999999999e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  36.2 
 
 		 913 aa  491  1e-137  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  35.19 
 
 		 902 aa  492  1e-137  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4171  ATP-dependent DNA ligase  36.6 
 
 		 914 aa  492  1e-137  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.497319  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  37.07 
 
 		 871 aa  487  1e-136  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  35.06 
 
 		 855 aa  479  1e-134  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  36.06 
 
 		 866 aa  474  1e-132  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  36.68 
 
 		 872 aa  469  9.999999999999999e-131  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  32.96 
 
 		 896 aa  467  9.999999999999999e-131  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  33.41 
 
 		 861 aa  457  1e-127  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  37.53 
 
 		 847 aa  459  1e-127  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  40.55 
 
 		 644 aa  443  1e-123  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  40.69 
 
 		 658 aa  440  9.999999999999999e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  40.19 
 
 		 658 aa  426  1e-118  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  39.84 
 
 		 684 aa  424  1e-117  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  34.78 
 
 		 896 aa  419  9.999999999999999e-116  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  40.38 
 
 		 683 aa  417  9.999999999999999e-116  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  39.32 
 
 		 656 aa  409  1.0000000000000001e-112  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  32.9 
 
 		 815 aa  362  2e-98  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  34.63 
 
 		 914 aa  350  6e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  39.89 
 
 		 534 aa  329  1.0000000000000001e-88  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  33.54 
 
 		 646 aa  324  5e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3112  DNA ligase D  54.01 
 
 		 1157 aa  316  9.999999999999999e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0919454  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1335  ATP-dependent DNA ligase  54.01 
 
 		 980 aa  315  1.9999999999999998e-84  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2988  DNA ligase, ATP-dependent  53.66 
 
 		 1163 aa  313  1e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0498  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  52.84 
 
 		 298 aa  283  8.000000000000001e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  34.74 
 
 		 495 aa  280  9e-74  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6876  ATP dependent DNA ligase  43.11 
 
 		 343 aa  272  2e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.747253  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6253  DNA polymerase LigD ligase subunit  41.95 
 
 		 343 aa  260  6e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0234052  normal  0.998306 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.87 
 
 		 797 aa  254  4.0000000000000004e-66  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34920  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  33.52 
 
 		 477 aa  248  3e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140848  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  34.6 
 
 		 766 aa  246  9.999999999999999e-64  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  35.04 
 
 		 852 aa  245  3e-63  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  34.1 
 
 		 759 aa  244  3e-63  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  35.4 
 
 		 831 aa  245  3e-63  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0932  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  40.73 
 
 		 737 aa  243  1e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.819515  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0935  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  40.73 
 
 		 789 aa  242  2.9999999999999997e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0727399  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  33.4 
 
 		 763 aa  239  2e-61  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  36.01 
 
 		 845 aa  236  1.0000000000000001e-60  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  35.85 
 
 		 858 aa  234  4.0000000000000004e-60  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>