More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_7782 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_7782  putative ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 		 351 aa  727    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.089551  normal  0.119022 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  43.38 
 
 		 608 aa  237  2e-61  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  40.61 
 
 		 882 aa  228  1e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  39.75 
 
 		 853 aa  217  2e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  38.96 
 
 		 603 aa  214  9.999999999999999e-55  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  39.81 
 
 		 847 aa  215  9.999999999999999e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  40.63 
 
 		 837 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  38.72 
 
 		 861 aa  214  1.9999999999999998e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  36.55 
 
 		 815 aa  213  4.9999999999999996e-54  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  37.14 
 
 		 940 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  39.64 
 
 		 845 aa  212  7.999999999999999e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  41.78 
 
 		 939 aa  211  1e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  38.91 
 
 		 1001 aa  210  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  38.53 
 
 		 954 aa  211  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  40.31 
 
 		 846 aa  209  6e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  40.74 
 
 		 837 aa  208  1e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  38.28 
 
 		 863 aa  207  2e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  38.73 
 
 		 856 aa  207  3e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  40.72 
 
 		 684 aa  206  6e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  38.15 
 
 		 848 aa  205  9e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  36.06 
 
 		 896 aa  204  1e-51  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  37.82 
 
 		 534 aa  205  1e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  36.69 
 
 		 877 aa  204  2e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  38.23 
 
 		 644 aa  203  3e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  40.07 
 
 		 658 aa  203  3e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  37.91 
 
 		 867 aa  203  3e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  39.62 
 
 		 656 aa  203  3e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  38.46 
 
 		 871 aa  202  8e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  38.8 
 
 		 871 aa  202  8e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  36.62 
 
 		 833 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  37.5 
 
 		 902 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  39.23 
 
 		 901 aa  200  3.9999999999999996e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  36.31 
 
 		 833 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  39.81 
 
 		 847 aa  198  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  35.99 
 
 		 832 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  37.54 
 
 		 833 aa  196  7e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  37.76 
 
 		 658 aa  196  7e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  40.39 
 
 		 683 aa  195  8.000000000000001e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  38.59 
 
 		 872 aa  195  1e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  38.15 
 
 		 883 aa  194  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  36.65 
 
 		 851 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  37.66 
 
 		 822 aa  194  2e-48  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  36.83 
 
 		 813 aa  193  3e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  39.62 
 
 		 866 aa  193  3e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  38.05 
 
 		 927 aa  193  4e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  37.42 
 
 		 646 aa  192  7e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  37.62 
 
 		 818 aa  192  1e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  40.74 
 
 		 845 aa  191  1e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  35.2 
 
 		 864 aa  192  1e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  35.91 
 
 		 865 aa  191  2e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  38.89 
 
 		 834 aa  189  8e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  35.88 
 
 		 882 aa  186  8e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  40 
 
 		 321 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  40 
 
 		 847 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1488  ATP dependent DNA ligase, central  39.29 
 
 		 320 aa  185  1.0000000000000001e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  38.08 
 
 		 881 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  34.92 
 
 		 855 aa  185  1.0000000000000001e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  39.2 
 
 		 840 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  38.18 
 
 		 843 aa  183  5.0000000000000004e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  36.22 
 
 		 900 aa  181  1e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  38.41 
 
 		 766 aa  181  2e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  35.65 
 
 		 893 aa  181  2e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  36.66 
 
 		 949 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  35.94 
 
 		 936 aa  180  4e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  35.94 
 
 		 936 aa  180  4e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  36.28 
 
 		 932 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6253  DNA polymerase LigD ligase subunit  36.02 
 
 		 343 aa  178  1e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0234052  normal  0.998306 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  38.22 
 
 		 886 aa  178  2e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2002  ATP dependent DNA ligase  36.13 
 
 		 316 aa  177  2e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  38.17 
 
 		 825 aa  177  2e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2120  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  39.43 
 
 		 436 aa  177  2e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0836628  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2988  DNA ligase, ATP-dependent  34.38 
 
 		 1163 aa  176  6e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  35.94 
 
 		 927 aa  176  7e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  34.49 
 
 		 651 aa  175  9e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  38.7 
 
 		 828 aa  175  9.999999999999999e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6876  ATP dependent DNA ligase  36.34 
 
 		 343 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.747253  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3112  DNA ligase D  33.85 
 
 		 1157 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0919454  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  34.94 
 
 		 825 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1335  ATP-dependent DNA ligase  33.59 
 
 		 980 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  35.11 
 
 		 911 aa  172  1e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  34.64 
 
 		 896 aa  171  1e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  38.7 
 
 		 815 aa  169  5e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34920  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  37.97 
 
 		 477 aa  169  6e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140848  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  36.94 
 
 		 759 aa  169  9e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7010  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  36.3 
 
 		 350 aa  168  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.926095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  36.86 
 
 		 758 aa  167  2e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4438  ATP-dependent DNA ligase  36.86 
 
 		 758 aa  167  2e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0862477 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  36.79 
 
 		 763 aa  167  2e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  36.54 
 
 		 758 aa  167  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  36.01 
 
 		 797 aa  166  4e-40  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  33.03 
 
 		 888 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6989  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  35.86 
 
 		 354 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  34.28 
 
 		 895 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5730  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  34.54 
 
 		 350 aa  164  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.996793  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  35.99 
 
 		 918 aa  163  4.0000000000000004e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3103  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  33 
 
 		 336 aa  162  6e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1305  DNA polymerase LigD ligase region  33.13 
 
 		 343 aa  162  6e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0414241  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  39.17 
 
 		 845 aa  161  2e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5331  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  35.08 
 
 		 346 aa  159  5e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.51032 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4772  DNA ligase D  35.53 
 
 		 651 aa  159  6e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>