More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5610 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  47.53 
 
 		 833 aa  801    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  49.09 
 
 		 851 aa  816    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  48.82 
 
 		 866 aa  804    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  45.86 
 
 		 825 aa  691    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  49.26 
 
 		 901 aa  792    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  58.56 
 
 		 954 aa  1058    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  46.65 
 
 		 846 aa  732    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  48.71 
 
 		 848 aa  815    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  46.95 
 
 		 853 aa  772    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  49.62 
 
 		 847 aa  798    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  57.66 
 
 		 940 aa  1051    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  48.14 
 
 		 882 aa  770    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  54.35 
 
 		 1001 aa  1035    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  94.31 
 
 		 949 aa  1722    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  83.16 
 
 		 936 aa  1526    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  83.56 
 
 		 927 aa  1505    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  100 
 
 		 932 aa  1872    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  49.89 
 
 		 840 aa  803    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  83.16 
 
 		 936 aa  1524    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  52.54 
 
 		 867 aa  874    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  47.32 
 
 		 871 aa  748    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  51.77 
 
 		 837 aa  832    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  48.07 
 
 		 832 aa  793    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  47.21 
 
 		 847 aa  763    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  46.84 
 
 		 939 aa  710    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  48.71 
 
 		 837 aa  776    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  43.5 
 
 		 864 aa  719    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  77.93 
 
 		 927 aa  1444    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  47.21 
 
 		 833 aa  783    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  52.38 
 
 		 863 aa  865    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  48.06 
 
 		 833 aa  810    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  43.06 
 
 		 856 aa  611  1e-173  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  39.91 
 
 		 845 aa  607  9.999999999999999e-173  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  40.82 
 
 		 834 aa  607  9.999999999999999e-173  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  37.38 
 
 		 815 aa  608  9.999999999999999e-173  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  48.14 
 
 		 651 aa  597  1e-169  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  40.74 
 
 		 845 aa  587  1e-166  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  39.88 
 
 		 911 aa  582  1e-164  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  39.72 
 
 		 865 aa  580  1e-164  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  39.73 
 
 		 882 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4772  DNA ligase D  47.53 
 
 		 651 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  40.15 
 
 		 886 aa  578  1.0000000000000001e-163  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  39.54 
 
 		 895 aa  576  1.0000000000000001e-163  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  39.83 
 
 		 883 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  39.75 
 
 		 881 aa  572  1e-161  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  38.71 
 
 		 930 aa  565  1e-160  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  38.66 
 
 		 893 aa  566  1e-160  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  38.8 
 
 		 918 aa  563  1.0000000000000001e-159  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  38.94 
 
 		 888 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  39.25 
 
 		 913 aa  557  1e-157  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  38.24 
 
 		 914 aa  558  1e-157  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  37.94 
 
 		 900 aa  555  1e-156  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  37.12 
 
 		 813 aa  550  1e-155  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  40.02 
 
 		 868 aa  548  1e-154  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  40 
 
 		 868 aa  549  1e-154  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4171  ATP-dependent DNA ligase  38.78 
 
 		 914 aa  545  1e-153  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.497319  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  40.17 
 
 		 837 aa  537  1e-151  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  37.75 
 
 		 822 aa  529  1e-149  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  38.12 
 
 		 866 aa  525  1e-147  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  37.82 
 
 		 825 aa  520  1e-146  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  35.97 
 
 		 818 aa  515  1e-144  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  36.11 
 
 		 902 aa  508  9.999999999999999e-143  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  37.64 
 
 		 843 aa  498  1e-139  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  35.16 
 
 		 896 aa  499  1e-139  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  38.38 
 
 		 846 aa  495  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  35.63 
 
 		 871 aa  486  1e-136  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  34.65 
 
 		 877 aa  474  1e-132  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  34.4 
 
 		 861 aa  470  1.0000000000000001e-131  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  34.86 
 
 		 872 aa  469  9.999999999999999e-131  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  33.3 
 
 		 855 aa  464  1e-129  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1335  ATP-dependent DNA ligase  68.89 
 
 		 980 aa  457  1e-127  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  40.84 
 
 		 644 aa  456  1.0000000000000001e-126  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  35.68 
 
 		 817 aa  456  1.0000000000000001e-126  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3112  DNA ligase D  72.45 
 
 		 1157 aa  456  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0919454  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2988  DNA ligase, ATP-dependent  68.57 
 
 		 1163 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  36.61 
 
 		 896 aa  439  1e-121  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  42.58 
 
 		 658 aa  434  1e-120  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  39.67 
 
 		 656 aa  416  9.999999999999999e-116  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  40.18 
 
 		 683 aa  405  1e-111  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  37.93 
 
 		 658 aa  399  1e-109  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  38.83 
 
 		 684 aa  375  1e-102  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  40.5 
 
 		 603 aa  360  6e-98  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  37.58 
 
 		 608 aa  343  1e-92  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  35.7 
 
 		 847 aa  334  4e-90  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  37.91 
 
 		 534 aa  333  6e-90  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  33.44 
 
 		 646 aa  319  2e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0498  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  55.28 
 
 		 298 aa  314  3.9999999999999997e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  37.31 
 
 		 816 aa  262  3e-68  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6876  ATP dependent DNA ligase  44.92 
 
 		 343 aa  255  3e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.747253  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6253  DNA polymerase LigD ligase subunit  43.94 
 
 		 343 aa  253  9.000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0234052  normal  0.998306 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  36.82 
 
 		 845 aa  239  3e-61  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3242  DNA ligase D  30.63 
 
 		 657 aa  231  6e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.99209  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  35.12 
 
 		 858 aa  228  4e-58  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8275  ATP-dependent DNA ligase  37.95 
 
 		 383 aa  226  1e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0118926  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  33.67 
 
 		 828 aa  219  2e-55  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  31.64 
 
 		 831 aa  214  4.9999999999999996e-54  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0935  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  38.65 
 
 		 789 aa  213  1e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0727399  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6783  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  41.73 
 
 		 292 aa  210  8e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.838138  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0932  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  38.21 
 
 		 737 aa  210  1e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.819515  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19790  ATP-dependent DNA ligase  33.6 
 
 		 878 aa  206  1e-51  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.874876  normal  0.0111766 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>