203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_8275 on replicon NC_011982
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011982  Avi_8275  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 		 383 aa  784    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0118926  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  98.12 
 
 		 893 aa  749    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  81.94 
 
 		 882 aa  618  1e-176  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  74.12 
 
 		 881 aa  561  1.0000000000000001e-159  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  73.58 
 
 		 883 aa  561  1.0000000000000001e-159  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  71.16 
 
 		 886 aa  538  9.999999999999999e-153  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  65.66 
 
 		 888 aa  485  1e-136  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  64.5 
 
 		 911 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  63.83 
 
 		 913 aa  462  1e-129  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  61.74 
 
 		 866 aa  457  1e-127  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  62.53 
 
 		 900 aa  451  1.0000000000000001e-126  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  63.48 
 
 		 914 aa  448  1e-125  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  60.69 
 
 		 930 aa  450  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  63.86 
 
 		 918 aa  446  1.0000000000000001e-124  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  60.93 
 
 		 895 aa  444  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4171  ATP-dependent DNA ligase  59.68 
 
 		 914 aa  397  1e-109  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.497319  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2226  DNA polymerase LigD polymerase subunit  56.42 
 
 		 299 aa  353  2e-96  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  41.27 
 
 		 834 aa  263  3e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  41.27 
 
 		 856 aa  251  2e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  37.99 
 
 		 940 aa  246  4e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  38.8 
 
 		 845 aa  238  1e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  36.92 
 
 		 954 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  38.9 
 
 		 865 aa  234  2.0000000000000002e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  38.99 
 
 		 927 aa  233  3e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6783  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  43.79 
 
 		 292 aa  229  4e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.838138  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  40.11 
 
 		 845 aa  229  8e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  38.29 
 
 		 644 aa  228  1e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5875  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  43.1 
 
 		 297 aa  228  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  37.01 
 
 		 927 aa  227  3e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  37.95 
 
 		 932 aa  226  4e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  36.95 
 
 		 846 aa  226  4e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  36.75 
 
 		 936 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  36.75 
 
 		 936 aa  226  6e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  40.4 
 
 		 656 aa  226  7e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  38.62 
 
 		 901 aa  223  6e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  36.86 
 
 		 864 aa  222  7e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  35.52 
 
 		 868 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3112  DNA ligase D  40.88 
 
 		 1157 aa  220  3e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0919454  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  38.33 
 
 		 867 aa  220  3e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1335  ATP-dependent DNA ligase  40.88 
 
 		 980 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  37.77 
 
 		 825 aa  219  6e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  35.52 
 
 		 868 aa  219  6e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  38.32 
 
 		 658 aa  218  1e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  39.73 
 
 		 1001 aa  217  2e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  36.04 
 
 		 871 aa  218  2e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  39.83 
 
 		 683 aa  216  4e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2988  DNA ligase, ATP-dependent  40.54 
 
 		 1163 aa  216  4e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  36.75 
 
 		 949 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  36.61 
 
 		 939 aa  216  5.9999999999999996e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  35.83 
 
 		 851 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  37.06 
 
 		 837 aa  215  9.999999999999999e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  38.87 
 
 		 837 aa  213  2.9999999999999995e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  36.11 
 
 		 866 aa  212  9e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  39.17 
 
 		 684 aa  212  9e-54  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  35.87 
 
 		 837 aa  212  1e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  37.54 
 
 		 825 aa  211  2e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  32.15 
 
 		 815 aa  211  2e-53  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  35.97 
 
 		 847 aa  210  3e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  38.14 
 
 		 863 aa  210  3e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  36.01 
 
 		 882 aa  210  4e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  36.49 
 
 		 846 aa  207  2e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  36.07 
 
 		 847 aa  207  2e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  37.69 
 
 		 843 aa  204  2e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7647  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  37.62 
 
 		 544 aa  202  6e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  33.52 
 
 		 813 aa  202  8e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0498  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  40.7 
 
 		 298 aa  201  9.999999999999999e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  34.33 
 
 		 853 aa  201  1.9999999999999998e-50  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  34.97 
 
 		 840 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4772  DNA ligase D  37.23 
 
 		 651 aa  199  6e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  35.59 
 
 		 902 aa  198  1.0000000000000001e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  34.09 
 
 		 822 aa  197  2.0000000000000003e-49  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  37.42 
 
 		 848 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1301  hypothetical protein  39.03 
 
 		 301 aa  196  5.000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  34.28 
 
 		 818 aa  196  6e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  35.22 
 
 		 651 aa  196  6e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  36.58 
 
 		 658 aa  196  6e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  33.24 
 
 		 896 aa  186  6e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4186  hypothetical protein  39.19 
 
 		 330 aa  186  7e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0264097  normal  0.220131 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  31.96 
 
 		 646 aa  182  9.000000000000001e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  35.2 
 
 		 833 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  35.71 
 
 		 833 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  30.73 
 
 		 861 aa  177  4e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  34.17 
 
 		 832 aa  173  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  35.37 
 
 		 833 aa  171  3e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3085  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.08 
 
 		 299 aa  168  1e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.884253 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  32.18 
 
 		 877 aa  167  2e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  34.33 
 
 		 847 aa  165  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  32.56 
 
 		 817 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  33.08 
 
 		 872 aa  161  2e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5867  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  37.23 
 
 		 357 aa  159  5e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.890125  normal  0.143768 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  30.24 
 
 		 855 aa  160  5e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2802  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  36.26 
 
 		 302 aa  157  2e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0918963  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  32.7 
 
 		 871 aa  157  3e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  32.44 
 
 		 896 aa  150  3e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3248  DNA polymerase LigD polymerase subunit  31.79 
 
 		 328 aa  149  6e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03410  DNA polymerase LigD polymerase domain protein  30.77 
 
 		 313 aa  148  2.0000000000000003e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1124  hypothetical protein  30.03 
 
 		 303 aa  147  4.0000000000000006e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2031  hypothetical protein  33.33 
 
 		 340 aa  147  4.0000000000000006e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.232126  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1787  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  35.93 
 
 		 340 aa  145  1e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000694862 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1486  DNA polymerase LigD polymerase subunit  33.92 
 
 		 341 aa  143  4e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00018157 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>