203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_5875 on replicon NC_011366
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011366  Rleg2_5875  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  100 
 
 		 297 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6783  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  87.21 
 
 		 292 aa  537  9.999999999999999e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.838138  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  61.15 
 
 		 834 aa  373  1e-102  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  60.55 
 
 		 644 aa  351  5.9999999999999994e-96  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  58.02 
 
 		 845 aa  338  7e-92  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  56.57 
 
 		 856 aa  331  7.000000000000001e-90  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  42.76 
 
 		 815 aa  251  1e-65  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  44.73 
 
 		 825 aa  245  4.9999999999999997e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  41.58 
 
 		 837 aa  232  5e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8275  ATP-dependent DNA ligase  43.1 
 
 		 383 aa  228  7e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0118926  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3112  DNA ligase D  44.72 
 
 		 1157 aa  228  9e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0919454  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1335  ATP-dependent DNA ligase  44.37 
 
 		 980 aa  227  1e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2988  DNA ligase, ATP-dependent  44.37 
 
 		 1163 aa  227  2e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  43.1 
 
 		 893 aa  227  2e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  43.07 
 
 		 845 aa  226  4e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  43.45 
 
 		 881 aa  224  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  44.48 
 
 		 886 aa  223  3e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  43.12 
 
 		 851 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  43.25 
 
 		 900 aa  222  4.9999999999999996e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  43.49 
 
 		 866 aa  222  6e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  42.7 
 
 		 837 aa  222  6e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  43.1 
 
 		 883 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  41.28 
 
 		 914 aa  220  3e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  42.18 
 
 		 865 aa  219  3e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  43.64 
 
 		 882 aa  218  1e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  42.21 
 
 		 866 aa  217  1e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  42.76 
 
 		 882 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  44.01 
 
 		 684 aa  218  1e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  44.01 
 
 		 683 aa  217  2e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  42.7 
 
 		 656 aa  217  2e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  42.81 
 
 		 918 aa  215  5.9999999999999996e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  43.26 
 
 		 901 aa  215  7e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1301  hypothetical protein  41.39 
 
 		 301 aa  215  8e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  42.56 
 
 		 913 aa  214  9.999999999999999e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  42.28 
 
 		 930 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  41.52 
 
 		 936 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  41.52 
 
 		 936 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  43.66 
 
 		 658 aa  213  1.9999999999999998e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  41.45 
 
 		 1001 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  40.07 
 
 		 825 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  40.91 
 
 		 940 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  42.24 
 
 		 888 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  41.61 
 
 		 927 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  39.86 
 
 		 864 aa  212  7e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  38.18 
 
 		 813 aa  211  7.999999999999999e-54  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  41.01 
 
 		 954 aa  210  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  39.86 
 
 		 846 aa  209  3e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  40.51 
 
 		 848 aa  209  3e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  40.94 
 
 		 927 aa  209  3e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  40.07 
 
 		 853 aa  209  6e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  41.6 
 
 		 658 aa  209  6e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  41.87 
 
 		 911 aa  208  1e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4171  ATP-dependent DNA ligase  42.11 
 
 		 914 aa  207  1e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.497319  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  39.78 
 
 		 837 aa  207  2e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  39.25 
 
 		 871 aa  207  2e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  42.29 
 
 		 867 aa  206  3e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  40 
 
 		 895 aa  206  4e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0498  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  41.67 
 
 		 298 aa  205  9e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  40.22 
 
 		 949 aa  205  9e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  38.93 
 
 		 847 aa  204  1e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  40.58 
 
 		 833 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  39.64 
 
 		 833 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  39.02 
 
 		 868 aa  204  2e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  42.39 
 
 		 863 aa  203  3e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  40.15 
 
 		 846 aa  203  3e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  39.02 
 
 		 868 aa  202  6e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  38.93 
 
 		 822 aa  202  7e-51  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  39.49 
 
 		 843 aa  202  8e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  39.86 
 
 		 932 aa  202  8e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4186  hypothetical protein  43.07 
 
 		 330 aa  198  1.0000000000000001e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0264097  normal  0.220131 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  39.13 
 
 		 832 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  39.79 
 
 		 840 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2226  DNA polymerase LigD polymerase subunit  40.75 
 
 		 299 aa  195  7e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  37.23 
 
 		 818 aa  195  8.000000000000001e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4772  DNA ligase D  37.32 
 
 		 651 aa  194  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  39.56 
 
 		 833 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  39.44 
 
 		 847 aa  194  2e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7647  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  40.3 
 
 		 544 aa  194  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  38.46 
 
 		 651 aa  192  7e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  38.93 
 
 		 939 aa  189  2.9999999999999997e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1124  hypothetical protein  36.84 
 
 		 303 aa  186  4e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  36.07 
 
 		 861 aa  185  9e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3085  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  36.33 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.884253 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03410  DNA polymerase LigD polymerase domain protein  34.81 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  37.36 
 
 		 847 aa  173  3.9999999999999995e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  38.99 
 
 		 817 aa  172  5e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  35.34 
 
 		 896 aa  170  2e-41  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  33.57 
 
 		 855 aa  169  4e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  37.14 
 
 		 896 aa  164  1.0000000000000001e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  32.51 
 
 		 902 aa  160  2e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0258  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  36.82 
 
 		 292 aa  159  4e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.863775  normal  0.0831069 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0932  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  37.14 
 
 		 737 aa  158  9e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.819515  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2445  putative DNA ligase (ATP), C-terminal  35.82 
 
 		 326 aa  158  1e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.858354  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0935  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  36.43 
 
 		 789 aa  157  3e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0727399  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5867  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  35.88 
 
 		 357 aa  156  4e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.890125  normal  0.143768 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0598  hypothetical protein  34.95 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.479165  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  33.83 
 
 		 871 aa  152  5e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2082  hypothetical protein  34.51 
 
 		 306 aa  152  7e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1378  hypothetical protein  35.47 
 
 		 339 aa  152  8.999999999999999e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.200655  normal  0.549475 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  33.46 
 
 		 872 aa  152  1e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>