203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_0258 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_0258  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  100 
 
 		 292 aa  577  1.0000000000000001e-163  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.863775  normal  0.0831069 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3248  DNA polymerase LigD polymerase subunit  45.78 
 
 		 328 aa  200  3e-50  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7781  putative DNA ligase-like protein  41.88 
 
 		 317 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0711104  normal  0.114107 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  40.7 
 
 		 837 aa  188  1e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  41.86 
 
 		 865 aa  186  3e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  41.33 
 
 		 846 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  32.96 
 
 		 855 aa  180  2e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2082  hypothetical protein  37.35 
 
 		 306 aa  179  4.999999999999999e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  39.34 
 
 		 868 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  38.83 
 
 		 845 aa  178  1e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  38.75 
 
 		 868 aa  176  3e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0598  hypothetical protein  37.37 
 
 		 314 aa  175  9e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.479165  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0498  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  39.27 
 
 		 298 aa  172  6.999999999999999e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  36.2 
 
 		 864 aa  172  6.999999999999999e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  38.49 
 
 		 658 aa  172  7.999999999999999e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  36.63 
 
 		 825 aa  171  9e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  39 
 
 		 843 aa  171  1e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6714  DNA primase small subunit  39.31 
 
 		 334 aa  171  1e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0437742  normal  0.209987 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1378  hypothetical protein  38.75 
 
 		 339 aa  170  2e-41  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.200655  normal  0.549475 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  32.78 
 
 		 861 aa  170  3e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34930  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  37.77 
 
 		 303 aa  170  3e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.564701  normal  0.292075 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4186  hypothetical protein  39.86 
 
 		 330 aa  169  4e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0264097  normal  0.220131 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6783  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  37.6 
 
 		 292 aa  168  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.838138  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  34.66 
 
 		 813 aa  167  1e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5875  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  36.82 
 
 		 297 aa  168  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  40 
 
 		 847 aa  167  1e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1301  hypothetical protein  37.79 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2258  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  38.38 
 
 		 332 aa  167  2e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.20495 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5867  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  37.36 
 
 		 357 aa  167  2.9999999999999998e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.890125  normal  0.143768 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  38.28 
 
 		 845 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  34.66 
 
 		 818 aa  166  2.9999999999999998e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1124  hypothetical protein  31.67 
 
 		 303 aa  166  4e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  39.76 
 
 		 822 aa  166  4e-40  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1986  DNA primase, small subunit  35.58 
 
 		 303 aa  166  5.9999999999999996e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.328453  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  40.07 
 
 		 896 aa  165  8e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2067  hypothetical protein  38.49 
 
 		 312 aa  163  3e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0552463 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1207  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  39.49 
 
 		 302 aa  163  3e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.560779  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  33.91 
 
 		 846 aa  162  7e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  34.17 
 
 		 837 aa  161  1e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  36.12 
 
 		 1001 aa  160  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  32.59 
 
 		 815 aa  160  2e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  30.26 
 
 		 646 aa  159  4e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  34.66 
 
 		 902 aa  159  5e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03410  DNA polymerase LigD polymerase domain protein  30.86 
 
 		 313 aa  159  6e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2802  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  36.43 
 
 		 302 aa  158  9e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0918963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  32.99 
 
 		 866 aa  158  1e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  32.3 
 
 		 853 aa  158  1e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  33.09 
 
 		 847 aa  157  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  36.3 
 
 		 867 aa  157  2e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7647  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  37.12 
 
 		 544 aa  156  3e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  35.16 
 
 		 954 aa  156  4e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1787  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  35.08 
 
 		 340 aa  156  4e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000694862 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  35.93 
 
 		 863 aa  156  4e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  38.1 
 
 		 644 aa  156  5.0000000000000005e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  38.31 
 
 		 656 aa  155  5.0000000000000005e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  32.99 
 
 		 896 aa  155  6e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2031  hypothetical protein  35.87 
 
 		 340 aa  155  8e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.232126  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  34.6 
 
 		 940 aa  155  8e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  32.29 
 
 		 851 aa  154  1e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3112  DNA ligase D  37.11 
 
 		 1157 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0919454  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  34.78 
 
 		 949 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  34.55 
 
 		 834 aa  154  2e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4171  ATP-dependent DNA ligase  36.9 
 
 		 914 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.497319  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  34.35 
 
 		 881 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  36.47 
 
 		 825 aa  153  2.9999999999999998e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  38.25 
 
 		 684 aa  153  4e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  36.12 
 
 		 936 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2988  DNA ligase, ATP-dependent  37.11 
 
 		 1163 aa  152  5e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  36.12 
 
 		 927 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1335  ATP-dependent DNA ligase  37.11 
 
 		 980 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  36.12 
 
 		 936 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1274  DNA primase, small subunit  37.59 
 
 		 349 aa  152  5.9999999999999996e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.558044  normal  0.354887 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4772  DNA ligase D  34.63 
 
 		 651 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  32.87 
 
 		 882 aa  151  1e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  33.33 
 
 		 871 aa  151  1e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5249  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.7 
 
 		 292 aa  151  1e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.398866  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3085  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  29.83 
 
 		 299 aa  151  1e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.884253 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  32.76 
 
 		 866 aa  150  2e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  36.9 
 
 		 856 aa  150  2e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  37.02 
 
 		 683 aa  150  2e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  34.98 
 
 		 883 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  34.42 
 
 		 932 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0139  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  31.11 
 
 		 306 aa  150  3e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  36.63 
 
 		 901 aa  149  4e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  33.77 
 
 		 913 aa  150  4e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  36.47 
 
 		 816 aa  150  4e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  35.37 
 
 		 895 aa  149  4e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13762  hypothetical protein  39.27 
 
 		 346 aa  149  4e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.798941 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4308  DNA polymerase LigD polymerase subunit  32.95 
 
 		 306 aa  149  4e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  37.75 
 
 		 658 aa  149  5e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  37.9 
 
 		 911 aa  149  5e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4915  hypothetical protein  38.77 
 
 		 347 aa  149  5e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0135401  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5004  hypothetical protein  38.77 
 
 		 347 aa  149  5e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.761919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5283  DNA primase, small subunit  38.77 
 
 		 347 aa  149  5e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  34.22 
 
 		 927 aa  149  6e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  36.17 
 
 		 651 aa  149  6e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0932  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  42.23 
 
 		 737 aa  149  7e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.819515  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  38.52 
 
 		 817 aa  149  7e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0935  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  42.63 
 
 		 789 aa  148  9e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0727399  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  34.55 
 
 		 939 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>