203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_7781 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_7781  putative DNA ligase-like protein  100 
 
 		 317 aa  652    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0711104  normal  0.114107 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3248  DNA polymerase LigD polymerase subunit  43.64 
 
 		 328 aa  234  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  37.67 
 
 		 861 aa  222  6e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2082  hypothetical protein  38.89 
 
 		 306 aa  206  5e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  35.69 
 
 		 896 aa  206  5e-52  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3085  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  37.8 
 
 		 299 aa  205  8e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.884253 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2067  hypothetical protein  39.44 
 
 		 312 aa  204  1e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0552463 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  41.06 
 
 		 847 aa  204  1e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  37.59 
 
 		 902 aa  199  5e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0258  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  40.58 
 
 		 292 aa  197  1.0000000000000001e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.863775  normal  0.0831069 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1124  hypothetical protein  35.39 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  33.8 
 
 		 855 aa  193  3e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  34.66 
 
 		 877 aa  192  6e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  34.35 
 
 		 871 aa  191  9e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  35.71 
 
 		 872 aa  191  2e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  35.59 
 
 		 813 aa  186  4e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  32.74 
 
 		 646 aa  186  6e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5821  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  37.97 
 
 		 352 aa  185  9e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.305654  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  39.71 
 
 		 896 aa  184  1.0000000000000001e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03410  DNA polymerase LigD polymerase domain protein  33.1 
 
 		 313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1986  DNA primase, small subunit  32.55 
 
 		 303 aa  182  5.0000000000000004e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.328453  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  37.06 
 
 		 818 aa  181  1e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  38.46 
 
 		 846 aa  181  2e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2802  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  34.81 
 
 		 302 aa  179  4e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0918963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0598  hypothetical protein  35.59 
 
 		 314 aa  179  8e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.479165  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  34.16 
 
 		 865 aa  177  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1301  hypothetical protein  36.08 
 
 		 301 aa  177  3e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  38.75 
 
 		 868 aa  177  3e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  35.76 
 
 		 822 aa  176  4e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  38.41 
 
 		 868 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0396  hypothetical protein  33.97 
 
 		 412 aa  172  5.999999999999999e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00684947  normal  0.451981 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0932  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  38.02 
 
 		 737 aa  167  1e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.819515  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  34.92 
 
 		 825 aa  167  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0139  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.36 
 
 		 306 aa  166  4e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4915  hypothetical protein  33.66 
 
 		 347 aa  164  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0135401  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2991  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  36.59 
 
 		 293 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5004  hypothetical protein  33.66 
 
 		 347 aa  164  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.761919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5283  DNA primase, small subunit  33.66 
 
 		 347 aa  164  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4186  hypothetical protein  34.43 
 
 		 330 aa  164  3e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0264097  normal  0.220131 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1207  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  36.57 
 
 		 302 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.560779  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0935  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  37.12 
 
 		 789 aa  163  4.0000000000000004e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0727399  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  34.6 
 
 		 658 aa  162  5.0000000000000005e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  34.83 
 
 		 845 aa  162  6e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  34.47 
 
 		 954 aa  162  7e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0884  ATP dependent DNA ligase  35.19 
 
 		 726 aa  160  2e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.911309  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  33.33 
 
 		 871 aa  160  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  33.92 
 
 		 837 aa  160  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  32.97 
 
 		 815 aa  160  2e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2830  DNA primase small subunit  33.64 
 
 		 427 aa  160  2e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0342  DNA primase, small subunit  33.44 
 
 		 412 aa  160  3e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.938834  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6714  DNA primase small subunit  36.12 
 
 		 334 aa  159  4e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0437742  normal  0.209987 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1274  DNA primase, small subunit  33.89 
 
 		 349 aa  159  5e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.558044  normal  0.354887 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3206  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.55 
 
 		 414 aa  159  7e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  31.68 
 
 		 853 aa  159  8e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0360  hypothetical protein  32.92 
 
 		 434 aa  158  1e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0482134  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0370  hypothetical protein  32.92 
 
 		 434 aa  158  1e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0349  DNA primase, small subunit  32.92 
 
 		 434 aa  158  1e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  32.3 
 
 		 882 aa  157  3e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  31.91 
 
 		 864 aa  157  3e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4154  DNA primase small subunit  33.33 
 
 		 408 aa  156  3e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.348836  normal  0.978255 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1378  hypothetical protein  33.1 
 
 		 339 aa  156  5.0000000000000005e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.200655  normal  0.549475 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  33.07 
 
 		 837 aa  156  5.0000000000000005e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  33.89 
 
 		 845 aa  155  6e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5249  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.25 
 
 		 292 aa  155  7e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.398866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2988  DNA ligase, ATP-dependent  34.78 
 
 		 1163 aa  155  7e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  35.17 
 
 		 684 aa  155  7e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3112  DNA ligase D  34.78 
 
 		 1157 aa  155  8e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0919454  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1335  ATP-dependent DNA ligase  34.78 
 
 		 980 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  31.74 
 
 		 825 aa  155  1e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3453  DNA primase, small subunit  32.69 
 
 		 301 aa  155  1e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2258  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  33.72 
 
 		 332 aa  154  2e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.20495 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  32.24 
 
 		 843 aa  154  2e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5875  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.68 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3426  hypothetical protein  33.22 
 
 		 414 aa  154  2e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.467651  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  34.48 
 
 		 683 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  33.45 
 
 		 656 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34930  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  35.38 
 
 		 303 aa  153  2.9999999999999998e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.564701  normal  0.292075 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10273  hypothetical protein  34.06 
 
 		 397 aa  153  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0854972 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3833  DNA primase small subunit  35.84 
 
 		 380 aa  153  4e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  34.14 
 
 		 658 aa  153  5e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5542  hypothetical protein  33.56 
 
 		 349 aa  152  5.9999999999999996e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  32.99 
 
 		 847 aa  152  8e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  31.96 
 
 		 846 aa  151  2e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2863  DNA primase-like  31.85 
 
 		 352 aa  151  2e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.355668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  31.31 
 
 		 837 aa  150  2e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0652  DNA primase small subunit  35.52 
 
 		 341 aa  151  2e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.515323  normal  0.0515309 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  31.99 
 
 		 940 aa  150  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6783  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.04 
 
 		 292 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.838138  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0491  DNA primase small subunit  33.33 
 
 		 361 aa  150  3e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.209898  normal  0.702763 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1945  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.82 
 
 		 355 aa  150  3e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.000971032  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13762  hypothetical protein  33.79 
 
 		 346 aa  150  3e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.798941 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0498  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.56 
 
 		 298 aa  150  4e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0201  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  31.68 
 
 		 778 aa  149  6e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.173659  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  34.67 
 
 		 856 aa  149  6e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  35.77 
 
 		 815 aa  149  6e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  31.29 
 
 		 834 aa  149  6e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  31.62 
 
 		 848 aa  149  7e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1571  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.24 
 
 		 330 aa  149  8e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1787  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  30.23 
 
 		 340 aa  148  1.0000000000000001e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000694862 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  32.44 
 
 		 1001 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>