203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_5867 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_5867  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  100 
 
 		 357 aa  722    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.890125  normal  0.143768 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1378  hypothetical protein  60.84 
 
 		 339 aa  411  1e-114  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.200655  normal  0.549475 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1486  DNA polymerase LigD polymerase subunit  57.1 
 
 		 341 aa  383  1e-105  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00018157 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1543  DNA primase, small subunit  55.86 
 
 		 341 aa  379  1e-104  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.881236  normal  0.307141 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6714  DNA primase small subunit  53.87 
 
 		 334 aa  370  1e-101  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0437742  normal  0.209987 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0491  DNA primase small subunit  53.94 
 
 		 361 aa  367  1e-100  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.209898  normal  0.702763 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1945  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  52.8 
 
 		 355 aa  367  1e-100  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.000971032  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4915  hypothetical protein  54.62 
 
 		 347 aa  361  9e-99  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0135401  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5004  hypothetical protein  54.62 
 
 		 347 aa  361  9e-99  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.761919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5283  DNA primase, small subunit  54.62 
 
 		 347 aa  361  1e-98  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2258  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  53.59 
 
 		 332 aa  361  1e-98  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.20495 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1274  DNA primase, small subunit  54.34 
 
 		 349 aa  359  3e-98  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.558044  normal  0.354887 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5542  hypothetical protein  54.34 
 
 		 349 aa  357  1.9999999999999998e-97  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13762  hypothetical protein  54.2 
 
 		 346 aa  357  1.9999999999999998e-97  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.798941 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0652  DNA primase small subunit  55.26 
 
 		 341 aa  354  1e-96  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.515323  normal  0.0515309 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1675  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  51.85 
 
 		 371 aa  352  4e-96  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0584  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  52.05 
 
 		 354 aa  351  8.999999999999999e-96  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0275907  hitchhiker  0.000216971 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1571  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  52.44 
 
 		 330 aa  346  4e-94  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3665  hypothetical protein  53.65 
 
 		 360 aa  346  4e-94  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0416  DNA primase small subunit  51.42 
 
 		 360 aa  335  7e-91  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2031  hypothetical protein  50.3 
 
 		 340 aa  333  2e-90  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.232126  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1787  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  50.93 
 
 		 340 aa  331  1e-89  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000694862 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0821  DNA primase small subunit  49.58 
 
 		 360 aa  327  2.0000000000000001e-88  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2095  DNA primase, small subunit  49.68 
 
 		 360 aa  317  2e-85  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.59622  normal  0.161983 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4038  DNA primase small subunit  50.3 
 
 		 364 aa  313  2.9999999999999996e-84  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2236  DNA primase small subunit  48.42 
 
 		 323 aa  313  2.9999999999999996e-84  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.848931  normal  0.182306 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15620  DNA polymerase LigD, polymerase domain  49.1 
 
 		 353 aa  313  3.9999999999999997e-84  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.19081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3833  DNA primase small subunit  48 
 
 		 380 aa  312  6.999999999999999e-84  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3272  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  50.48 
 
 		 328 aa  308  1.0000000000000001e-82  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.161629  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2830  DNA primase small subunit  49.85 
 
 		 427 aa  305  6e-82  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6628  DNA primase small subunit  49.4 
 
 		 358 aa  301  8.000000000000001e-81  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0103402  hitchhiker  0.0000202322 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0664  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  49.35 
 
 		 334 aa  290  2e-77  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.286197  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0584  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  47.06 
 
 		 329 aa  290  3e-77  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5821  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  45.65 
 
 		 352 aa  285  1.0000000000000001e-75  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.305654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2445  putative DNA ligase (ATP), C-terminal  46.71 
 
 		 326 aa  285  1.0000000000000001e-75  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.858354  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2946  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  49.49 
 
 		 314 aa  281  9e-75  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3426  hypothetical protein  47.46 
 
 		 414 aa  279  5e-74  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.467651  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0342  DNA primase, small subunit  46.67 
 
 		 412 aa  273  4.0000000000000004e-72  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.938834  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3206  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  47.24 
 
 		 414 aa  273  5.000000000000001e-72  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0396  hypothetical protein  45.33 
 
 		 412 aa  265  8e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00684947  normal  0.451981 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0360  hypothetical protein  43.81 
 
 		 434 aa  253  4.0000000000000004e-66  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0482134  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0370  hypothetical protein  43.81 
 
 		 434 aa  253  4.0000000000000004e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0349  DNA primase, small subunit  43.81 
 
 		 434 aa  253  4.0000000000000004e-66  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10273  hypothetical protein  42.57 
 
 		 397 aa  251  2e-65  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0854972 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4154  DNA primase small subunit  43.23 
 
 		 408 aa  251  2e-65  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.348836  normal  0.978255 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1124  hypothetical protein  32.17 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0598  hypothetical protein  36.27 
 
 		 314 aa  182  6e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.479165  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2067  hypothetical protein  33.9 
 
 		 312 aa  177  2e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0552463 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03410  DNA polymerase LigD polymerase domain protein  31.29 
 
 		 313 aa  175  9.999999999999999e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2082  hypothetical protein  32.13 
 
 		 306 aa  175  9.999999999999999e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  31.33 
 
 		 861 aa  171  1e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  36.5 
 
 		 847 aa  170  4e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  39.01 
 
 		 656 aa  168  2e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  30.65 
 
 		 815 aa  167  2.9999999999999998e-40  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  36.47 
 
 		 825 aa  165  1.0000000000000001e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2802  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  37.22 
 
 		 302 aa  165  1.0000000000000001e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0918963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  30.74 
 
 		 896 aa  162  8.000000000000001e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  35.44 
 
 		 914 aa  161  1e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  34.51 
 
 		 833 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  36.6 
 
 		 865 aa  162  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5249  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  37.01 
 
 		 292 aa  160  3e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.398866  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  37.2 
 
 		 896 aa  160  4e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8275  ATP-dependent DNA ligase  37.23 
 
 		 383 aa  159  5e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0118926  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  37.23 
 
 		 893 aa  159  5e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  35.06 
 
 		 845 aa  159  6e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  34.72 
 
 		 837 aa  159  7e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  36.78 
 
 		 868 aa  159  8e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  38.58 
 
 		 847 aa  159  8e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  30.51 
 
 		 902 aa  159  1e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0258  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  37.36 
 
 		 292 aa  158  1e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.863775  normal  0.0831069 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  34.81 
 
 		 834 aa  158  1e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  36.78 
 
 		 868 aa  157  3e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  37.75 
 
 		 815 aa  157  3e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  34.15 
 
 		 833 aa  156  6e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5875  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  35.88 
 
 		 297 aa  156  6e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  33.33 
 
 		 848 aa  155  8e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  34.59 
 
 		 866 aa  155  9e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  38.59 
 
 		 840 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  34.25 
 
 		 818 aa  155  1e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  33.43 
 
 		 954 aa  155  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  33.97 
 
 		 813 aa  155  1e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1301  hypothetical protein  35.51 
 
 		 301 aa  154  2e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  36.75 
 
 		 882 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1670  DNA primase-like  34.51 
 
 		 527 aa  154  2.9999999999999998e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.447053  hitchhiker  0.00316977 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  35.77 
 
 		 881 aa  153  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6783  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  35.88 
 
 		 292 aa  153  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.838138  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0366  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  31.39 
 
 		 304 aa  153  5e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00411082  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  37.45 
 
 		 886 aa  152  7e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1986  DNA primase, small subunit  28.38 
 
 		 303 aa  152  8e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.328453  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7647  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.72 
 
 		 544 aa  152  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  31.02 
 
 		 877 aa  152  1e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  34.8 
 
 		 846 aa  152  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  35.4 
 
 		 883 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  35.97 
 
 		 845 aa  151  1e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4186  hypothetical protein  35.52 
 
 		 330 aa  151  2e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0264097  normal  0.220131 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  34.57 
 
 		 918 aa  151  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  35.76 
 
 		 895 aa  150  3e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3248  DNA polymerase LigD polymerase subunit  33.57 
 
 		 328 aa  150  3e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  33.95 
 
 		 913 aa  150  4e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  34.94 
 
 		 843 aa  150  5e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>