203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_4038 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_4038  DNA primase small subunit  100 
 
 		 364 aa  741    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3665  hypothetical protein  70.41 
 
 		 360 aa  523  1e-147  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0821  DNA primase small subunit  68.41 
 
 		 360 aa  502  1e-141  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0584  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  56.27 
 
 		 354 aa  363  3e-99  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0275907  hitchhiker  0.000216971 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1571  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  54.01 
 
 		 330 aa  347  2e-94  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1675  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  54.32 
 
 		 371 aa  345  5e-94  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1486  DNA polymerase LigD polymerase subunit  53.65 
 
 		 341 aa  343  2.9999999999999997e-93  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00018157 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1543  DNA primase, small subunit  52.96 
 
 		 341 aa  341  1e-92  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.881236  normal  0.307141 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1945  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  52.98 
 
 		 355 aa  336  2.9999999999999997e-91  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.000971032  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6714  DNA primase small subunit  53.43 
 
 		 334 aa  335  1e-90  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0437742  normal  0.209987 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0491  DNA primase small subunit  52.6 
 
 		 361 aa  333  3e-90  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.209898  normal  0.702763 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0652  DNA primase small subunit  52.96 
 
 		 341 aa  330  3e-89  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.515323  normal  0.0515309 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0416  DNA primase small subunit  49.07 
 
 		 360 aa  322  5e-87  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1787  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  49.57 
 
 		 340 aa  320  1.9999999999999998e-86  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000694862 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2031  hypothetical protein  49.72 
 
 		 340 aa  319  5e-86  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.232126  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13762  hypothetical protein  51.93 
 
 		 346 aa  318  9e-86  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.798941 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5542  hypothetical protein  48.37 
 
 		 349 aa  314  1.9999999999999998e-84  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4915  hypothetical protein  48.85 
 
 		 347 aa  313  2.9999999999999996e-84  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0135401  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5004  hypothetical protein  48.85 
 
 		 347 aa  313  2.9999999999999996e-84  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.761919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5867  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  50.3 
 
 		 357 aa  313  2.9999999999999996e-84  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.890125  normal  0.143768 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15620  DNA polymerase LigD, polymerase domain  47.92 
 
 		 353 aa  313  3.9999999999999997e-84  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.19081  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2258  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  50.6 
 
 		 332 aa  312  5.999999999999999e-84  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.20495 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1274  DNA primase, small subunit  47.54 
 
 		 349 aa  311  9e-84  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.558044  normal  0.354887 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5283  DNA primase, small subunit  48.56 
 
 		 347 aa  310  2e-83  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1378  hypothetical protein  48.15 
 
 		 339 aa  308  1.0000000000000001e-82  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.200655  normal  0.549475 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2095  DNA primase, small subunit  50 
 
 		 360 aa  296  3e-79  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.59622  normal  0.161983 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2236  DNA primase small subunit  48.43 
 
 		 323 aa  290  3e-77  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.848931  normal  0.182306 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3272  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  46.47 
 
 		 328 aa  257  2e-67  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.161629  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3833  DNA primase small subunit  43.66 
 
 		 380 aa  255  7e-67  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0584  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  45.13 
 
 		 329 aa  251  1e-65  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2445  putative DNA ligase (ATP), C-terminal  45.03 
 
 		 326 aa  250  3e-65  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.858354  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2946  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  46.58 
 
 		 314 aa  249  7e-65  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2830  DNA primase small subunit  42.94 
 
 		 427 aa  247  3e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0664  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  44.87 
 
 		 334 aa  246  4.9999999999999997e-64  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.286197  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3206  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  43.85 
 
 		 414 aa  244  1.9999999999999999e-63  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3426  hypothetical protein  42.19 
 
 		 414 aa  241  1e-62  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.467651  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5821  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  40.76 
 
 		 352 aa  241  1e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.305654  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6628  DNA primase small subunit  41.85 
 
 		 358 aa  234  2.0000000000000002e-60  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0103402  hitchhiker  0.0000202322 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10273  hypothetical protein  41.35 
 
 		 397 aa  226  5.0000000000000005e-58  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0854972 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0342  DNA primase, small subunit  41.45 
 
 		 412 aa  221  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.938834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0360  hypothetical protein  40.72 
 
 		 434 aa  220  3e-56  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0482134  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0370  hypothetical protein  40.72 
 
 		 434 aa  220  3e-56  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0349  DNA primase, small subunit  40.72 
 
 		 434 aa  220  3.9999999999999997e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4154  DNA primase small subunit  40.2 
 
 		 408 aa  218  2e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.348836  normal  0.978255 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0396  hypothetical protein  39.2 
 
 		 412 aa  211  1e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00684947  normal  0.451981 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  34.62 
 
 		 954 aa  161  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  33.54 
 
 		 914 aa  160  4e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  36.68 
 
 		 846 aa  159  9e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  31.94 
 
 		 861 aa  153  2.9999999999999998e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2082  hypothetical protein  32.8 
 
 		 306 aa  152  5.9999999999999996e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  35.64 
 
 		 868 aa  152  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0598  hypothetical protein  31.31 
 
 		 314 aa  152  1e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.479165  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  35.64 
 
 		 868 aa  149  6e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  31.78 
 
 		 848 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  31.15 
 
 		 865 aa  147  4.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  33.01 
 
 		 833 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  30.59 
 
 		 1001 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1124  hypothetical protein  28.57 
 
 		 303 aa  141  9.999999999999999e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2067  hypothetical protein  29.84 
 
 		 312 aa  141  1.9999999999999998e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0552463 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  31.25 
 
 		 940 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  33.44 
 
 		 840 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  32.48 
 
 		 847 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  31.56 
 
 		 837 aa  139  7e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  32.03 
 
 		 833 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  33.01 
 
 		 911 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  32.14 
 
 		 939 aa  139  1e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  32.48 
 
 		 882 aa  137  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03410  DNA polymerase LigD polymerase domain protein  26.33 
 
 		 313 aa  138  2e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  27.59 
 
 		 855 aa  137  2e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1986  DNA primase, small subunit  29.39 
 
 		 303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.328453  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  29.87 
 
 		 895 aa  137  4e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  31.46 
 
 		 846 aa  135  8e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  31.05 
 
 		 853 aa  135  8e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  29.41 
 
 		 930 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3085  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  27.82 
 
 		 299 aa  134  3e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.884253 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  26.89 
 
 		 815 aa  134  3e-30  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4171  ATP-dependent DNA ligase  30.6 
 
 		 914 aa  133  5e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.497319  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1207  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.98 
 
 		 302 aa  132  6.999999999999999e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.560779  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  31.29 
 
 		 837 aa  132  6.999999999999999e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  31.75 
 
 		 658 aa  132  6.999999999999999e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3112  DNA ligase D  32.47 
 
 		 1157 aa  132  9e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0919454  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1335  ATP-dependent DNA ligase  32.35 
 
 		 980 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  32.16 
 
 		 847 aa  131  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  33.12 
 
 		 886 aa  132  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  30.79 
 
 		 658 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  33.94 
 
 		 843 aa  131  2.0000000000000002e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  30.03 
 
 		 932 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2988  DNA ligase, ATP-dependent  31.6 
 
 		 1163 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8275  ATP-dependent DNA ligase  31.29 
 
 		 383 aa  131  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0118926  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3248  DNA polymerase LigD polymerase subunit  28.94 
 
 		 328 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  30 
 
 		 832 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  27.72 
 
 		 896 aa  130  3e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7647  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  31.9 
 
 		 544 aa  130  3e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  31.38 
 
 		 863 aa  130  3e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  30.03 
 
 		 949 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  31.29 
 
 		 893 aa  130  4.0000000000000003e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  31.11 
 
 		 684 aa  130  4.0000000000000003e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1301  hypothetical protein  29.51 
 
 		 301 aa  130  5.0000000000000004e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6783  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  31.65 
 
 		 292 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.838138  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  31.08 
 
 		 867 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>