202 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_0416 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_0416  DNA primase small subunit  100 
 
 		 360 aa  729    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1274  DNA primase, small subunit  62.61 
 
 		 349 aa  454  1e-127  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.558044  normal  0.354887 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4915  hypothetical protein  62.5 
 
 		 347 aa  454  1.0000000000000001e-126  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0135401  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5004  hypothetical protein  62.5 
 
 		 347 aa  454  1.0000000000000001e-126  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.761919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5283  DNA primase, small subunit  62.22 
 
 		 347 aa  452  1.0000000000000001e-126  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5542  hypothetical protein  61.47 
 
 		 349 aa  444  1e-123  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13762  hypothetical protein  61.76 
 
 		 346 aa  432  1e-120  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.798941 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0652  DNA primase small subunit  58.84 
 
 		 341 aa  404  1e-111  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.515323  normal  0.0515309 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6714  DNA primase small subunit  56.47 
 
 		 334 aa  361  1e-98  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0437742  normal  0.209987 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1486  DNA polymerase LigD polymerase subunit  55.1 
 
 		 341 aa  359  4e-98  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00018157 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1543  DNA primase, small subunit  54.52 
 
 		 341 aa  358  8e-98  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.881236  normal  0.307141 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1378  hypothetical protein  55.13 
 
 		 339 aa  352  4e-96  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.200655  normal  0.549475 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2258  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  54.12 
 
 		 332 aa  350  2e-95  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.20495 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1945  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  55.31 
 
 		 355 aa  345  7e-94  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.000971032  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1571  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  55.16 
 
 		 330 aa  344  1e-93  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1675  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  53.2 
 
 		 371 aa  343  2e-93  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0584  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  53.07 
 
 		 354 aa  342  5.999999999999999e-93  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0275907  hitchhiker  0.000216971 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5867  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  51.42 
 
 		 357 aa  335  7e-91  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.890125  normal  0.143768 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3665  hypothetical protein  50.27 
 
 		 360 aa  328  1.0000000000000001e-88  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0491  DNA primase small subunit  50 
 
 		 361 aa  325  9e-88  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.209898  normal  0.702763 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4038  DNA primase small subunit  49.07 
 
 		 364 aa  322  5e-87  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0821  DNA primase small subunit  47.7 
 
 		 360 aa  320  1.9999999999999998e-86  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2031  hypothetical protein  49.09 
 
 		 340 aa  311  7.999999999999999e-84  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.232126  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3833  DNA primase small subunit  47.08 
 
 		 380 aa  308  1.0000000000000001e-82  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1787  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  48.48 
 
 		 340 aa  297  2e-79  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000694862 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5821  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  46.27 
 
 		 352 aa  295  8e-79  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.305654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2095  DNA primase, small subunit  48.31 
 
 		 360 aa  289  7e-77  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.59622  normal  0.161983 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15620  DNA polymerase LigD, polymerase domain  44.87 
 
 		 353 aa  283  5.000000000000001e-75  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.19081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2236  DNA primase small subunit  47.69 
 
 		 323 aa  283  5.000000000000001e-75  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.848931  normal  0.182306 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6628  DNA primase small subunit  47.54 
 
 		 358 aa  280  3e-74  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0103402  hitchhiker  0.0000202322 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2830  DNA primase small subunit  44.35 
 
 		 427 aa  270  4e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3272  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  46.65 
 
 		 328 aa  268  1e-70  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.161629  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2946  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  44.65 
 
 		 314 aa  257  2e-67  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0584  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  44.27 
 
 		 329 aa  253  3e-66  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0664  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  45.6 
 
 		 334 aa  253  5.000000000000001e-66  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.286197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2445  putative DNA ligase (ATP), C-terminal  44.31 
 
 		 326 aa  251  1e-65  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.858354  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0342  DNA primase, small subunit  42.95 
 
 		 412 aa  243  5e-63  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.938834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0396  hypothetical protein  42.17 
 
 		 412 aa  241  2e-62  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00684947  normal  0.451981 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10273  hypothetical protein  42.54 
 
 		 397 aa  240  2e-62  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0854972 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3206  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  41.35 
 
 		 414 aa  237  3e-61  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3426  hypothetical protein  39.71 
 
 		 414 aa  235  1.0000000000000001e-60  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.467651  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4154  DNA primase small subunit  41.16 
 
 		 408 aa  232  8.000000000000001e-60  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.348836  normal  0.978255 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0349  DNA primase, small subunit  40.38 
 
 		 434 aa  227  2e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0360  hypothetical protein  40.19 
 
 		 434 aa  226  5.0000000000000005e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0482134  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0370  hypothetical protein  40.19 
 
 		 434 aa  226  5.0000000000000005e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0598  hypothetical protein  37.92 
 
 		 314 aa  177  2e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.479165  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2067  hypothetical protein  35.91 
 
 		 312 aa  171  1e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0552463 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2082  hypothetical protein  34.11 
 
 		 306 aa  171  2e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03410  DNA polymerase LigD polymerase domain protein  32.2 
 
 		 313 aa  171  3e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1124  hypothetical protein  30.64 
 
 		 303 aa  162  1e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  31.6 
 
 		 861 aa  157  4e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1986  DNA primase, small subunit  30.84 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.328453  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  34.32 
 
 		 865 aa  153  5.9999999999999996e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  29.11 
 
 		 896 aa  152  1e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  36.26 
 
 		 837 aa  150  4e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  33.77 
 
 		 847 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  30.95 
 
 		 855 aa  147  2.0000000000000003e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  35.82 
 
 		 846 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  35.91 
 
 		 843 aa  145  8.000000000000001e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34930  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.11 
 
 		 303 aa  143  5e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.564701  normal  0.292075 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  28.03 
 
 		 646 aa  142  7e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  30.95 
 
 		 902 aa  142  8e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0201  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.82 
 
 		 778 aa  142  9.999999999999999e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.173659  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  31.39 
 
 		 871 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1301  hypothetical protein  31.23 
 
 		 301 aa  140  4.999999999999999e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1670  DNA primase-like  32.18 
 
 		 527 aa  139  6e-32  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.447053  hitchhiker  0.00316977 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  30.33 
 
 		 864 aa  139  6e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3248  DNA polymerase LigD polymerase subunit  29.59 
 
 		 328 aa  139  6e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  38.53 
 
 		 868 aa  139  7e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  31.02 
 
 		 813 aa  139  7e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  30.6 
 
 		 872 aa  138  1e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2802  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  32.78 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0918963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  35.09 
 
 		 868 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  31.74 
 
 		 818 aa  136  7.000000000000001e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1207  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  35.64 
 
 		 302 aa  135  9e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.560779  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0139  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  28.57 
 
 		 306 aa  135  9.999999999999999e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4308  DNA polymerase LigD polymerase subunit  32 
 
 		 306 aa  135  9.999999999999999e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  32.26 
 
 		 940 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5249  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.58 
 
 		 292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.398866  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3085  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  29.87 
 
 		 299 aa  134  3e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.884253 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4772  DNA ligase D  32.53 
 
 		 651 aa  133  6e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0817  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  34.13 
 
 		 522 aa  132  7.999999999999999e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.138014  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0258  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.99 
 
 		 292 aa  131  2.0000000000000002e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.863775  normal  0.0831069 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  32.36 
 
 		 1001 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  32.11 
 
 		 656 aa  130  3e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  31.72 
 
 		 658 aa  130  4.0000000000000003e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7647  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.07 
 
 		 544 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  29.82 
 
 		 658 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  31.27 
 
 		 845 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  32.19 
 
 		 651 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  32.82 
 
 		 896 aa  127  3e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  35.02 
 
 		 815 aa  127  3e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  30.82 
 
 		 833 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  30.82 
 
 		 833 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5875  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  30.56 
 
 		 297 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  30.9 
 
 		 954 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  30.03 
 
 		 914 aa  126  5e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  34.14 
 
 		 817 aa  126  5e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  30.79 
 
 		 825 aa  126  6e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4186  hypothetical protein  30.75 
 
 		 330 aa  126  6e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0264097  normal  0.220131 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>