203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_1571 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_1571  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  100 
 
 		 330 aa  652    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6714  DNA primase small subunit  65.54 
 
 		 334 aa  444  1.0000000000000001e-124  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0437742  normal  0.209987 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2258  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  63.69 
 
 		 332 aa  429  1e-119  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.20495 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1543  DNA primase, small subunit  59.64 
 
 		 341 aa  393  1e-108  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.881236  normal  0.307141 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1274  DNA primase, small subunit  60.12 
 
 		 349 aa  390  1e-107  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.558044  normal  0.354887 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1378  hypothetical protein  57.19 
 
 		 339 aa  386  1e-106  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.200655  normal  0.549475 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1945  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  58.77 
 
 		 355 aa  383  1e-105  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.000971032  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1486  DNA polymerase LigD polymerase subunit  58.43 
 
 		 341 aa  384  1e-105  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00018157 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4915  hypothetical protein  58.56 
 
 		 347 aa  379  1e-104  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0135401  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5004  hypothetical protein  58.56 
 
 		 347 aa  379  1e-104  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.761919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5283  DNA primase, small subunit  58.56 
 
 		 347 aa  379  1e-104  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13762  hypothetical protein  60.06 
 
 		 346 aa  380  1e-104  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.798941 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5542  hypothetical protein  58.01 
 
 		 349 aa  371  1e-102  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0584  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  57.14 
 
 		 354 aa  371  1e-102  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0275907  hitchhiker  0.000216971 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3665  hypothetical protein  57.23 
 
 		 360 aa  367  1e-100  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1675  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  57.51 
 
 		 371 aa  366  1e-100  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0821  DNA primase small subunit  56.18 
 
 		 360 aa  358  9e-98  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0491  DNA primase small subunit  55.23 
 
 		 361 aa  355  6.999999999999999e-97  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.209898  normal  0.702763 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0652  DNA primase small subunit  59.1 
 
 		 341 aa  350  2e-95  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.515323  normal  0.0515309 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1787  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  54.18 
 
 		 340 aa  349  5e-95  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000694862 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4038  DNA primase small subunit  54.01 
 
 		 364 aa  347  1e-94  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3833  DNA primase small subunit  55.25 
 
 		 380 aa  346  3e-94  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5867  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  52.44 
 
 		 357 aa  346  3e-94  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.890125  normal  0.143768 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2095  DNA primase, small subunit  55.45 
 
 		 360 aa  345  8.999999999999999e-94  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.59622  normal  0.161983 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0416  DNA primase small subunit  55.16 
 
 		 360 aa  344  1e-93  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2236  DNA primase small subunit  57.43 
 
 		 323 aa  344  1e-93  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.848931  normal  0.182306 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2031  hypothetical protein  51.94 
 
 		 340 aa  337  9.999999999999999e-92  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.232126  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2830  DNA primase small subunit  54.13 
 
 		 427 aa  327  2.0000000000000001e-88  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0664  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  51.63 
 
 		 334 aa  312  5.999999999999999e-84  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.286197  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3272  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  52.68 
 
 		 328 aa  310  2e-83  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.161629  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0584  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  50.48 
 
 		 329 aa  310  2e-83  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15620  DNA polymerase LigD, polymerase domain  50.6 
 
 		 353 aa  310  2e-83  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.19081  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2946  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  50.99 
 
 		 314 aa  300  2e-80  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6628  DNA primase small subunit  51.66 
 
 		 358 aa  298  7e-80  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0103402  hitchhiker  0.0000202322 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3426  hypothetical protein  52.67 
 
 		 414 aa  298  1e-79  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.467651  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3206  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  53.87 
 
 		 414 aa  297  2e-79  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10273  hypothetical protein  52.33 
 
 		 397 aa  290  2e-77  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0854972 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2445  putative DNA ligase (ATP), C-terminal  48.89 
 
 		 326 aa  289  5.0000000000000004e-77  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.858354  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0342  DNA primase, small subunit  51.69 
 
 		 412 aa  288  1e-76  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.938834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0396  hypothetical protein  50.34 
 
 		 412 aa  282  7.000000000000001e-75  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00684947  normal  0.451981 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5821  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  46.08 
 
 		 352 aa  279  5e-74  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.305654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0360  hypothetical protein  49.83 
 
 		 434 aa  275  8e-73  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0482134  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0370  hypothetical protein  49.83 
 
 		 434 aa  275  8e-73  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0349  DNA primase, small subunit  49.83 
 
 		 434 aa  275  8e-73  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4154  DNA primase small subunit  49.32 
 
 		 408 aa  268  7e-71  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.348836  normal  0.978255 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2082  hypothetical protein  38.72 
 
 		 306 aa  208  9e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0598  hypothetical protein  39.73 
 
 		 314 aa  202  9e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.479165  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2067  hypothetical protein  40.29 
 
 		 312 aa  199  7.999999999999999e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0552463 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1124  hypothetical protein  33.92 
 
 		 303 aa  197  3e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  43.18 
 
 		 847 aa  191  1e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  34.28 
 
 		 861 aa  191  2e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1986  DNA primase, small subunit  35.64 
 
 		 303 aa  189  5.999999999999999e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.328453  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  30.64 
 
 		 896 aa  181  2e-44  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  32.26 
 
 		 855 aa  179  4e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  30.45 
 
 		 646 aa  179  4.999999999999999e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03410  DNA polymerase LigD polymerase domain protein  30.82 
 
 		 313 aa  177  2e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  37.64 
 
 		 846 aa  172  1e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19790  ATP-dependent DNA ligase  39.3 
 
 		 878 aa  169  6e-41  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.874876  normal  0.0111766 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  31.93 
 
 		 902 aa  169  8e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3085  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  29.41 
 
 		 299 aa  168  1e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.884253 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  36.75 
 
 		 815 aa  165  1.0000000000000001e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  32.39 
 
 		 877 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2802  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  39.38 
 
 		 302 aa  164  3e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0918963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0139  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  31.6 
 
 		 306 aa  162  6e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4308  DNA polymerase LigD polymerase subunit  34.25 
 
 		 306 aa  162  1e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  36.5 
 
 		 868 aa  161  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  33 
 
 		 872 aa  160  2e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1670  DNA primase-like  36.2 
 
 		 527 aa  160  2e-38  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.447053  hitchhiker  0.00316977 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1207  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  37.55 
 
 		 302 aa  160  3e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.560779  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  31.77 
 
 		 871 aa  160  3e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  36.12 
 
 		 868 aa  159  8e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34930  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  37.01 
 
 		 303 aa  158  9e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.564701  normal  0.292075 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4351  DNA polymerase LigD polymerase subunit  37.21 
 
 		 303 aa  155  7e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5249  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  36.25 
 
 		 292 aa  154  1e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.398866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3967  DNA primase, small subunit  36.78 
 
 		 302 aa  154  2e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.641256  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3248  DNA polymerase LigD polymerase subunit  34.38 
 
 		 328 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  36.59 
 
 		 656 aa  153  4e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0817  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  36.3 
 
 		 522 aa  152  8.999999999999999e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.138014  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1020  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  37.31 
 
 		 313 aa  150  4e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00719502  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  36.69 
 
 		 896 aa  149  5e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2815  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  35.82 
 
 		 305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  34.68 
 
 		 954 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  32.99 
 
 		 939 aa  148  2.0000000000000003e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0962  hypothetical protein  36.92 
 
 		 313 aa  147  3e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.612546  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  34.54 
 
 		 865 aa  147  3e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  35.36 
 
 		 845 aa  146  4.0000000000000006e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0201  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32 
 
 		 778 aa  145  6e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.173659  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  30.89 
 
 		 815 aa  145  6e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2863  DNA primase-like  33.98 
 
 		 352 aa  145  7.0000000000000006e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.355668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2856  DNA primase-like  34.78 
 
 		 455 aa  145  7.0000000000000006e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.101034  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0366  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  28.62 
 
 		 304 aa  145  9e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00411082  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1023  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  36.92 
 
 		 313 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7647  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.08 
 
 		 544 aa  145  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.11 
 
 		 858 aa  143  5e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  33.21 
 
 		 848 aa  142  6e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0884  ATP dependent DNA ligase  38.4 
 
 		 726 aa  142  8e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.911309  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  34.69 
 
 		 914 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  35.87 
 
 		 683 aa  142  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  34.34 
 
 		 813 aa  142  9.999999999999999e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4039  DNA polymerase LigD polymerase subunit  38.38 
 
 		 319 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.437287  normal  0.0570226 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>