203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_0821 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_0821  DNA primase small subunit  100 
 
 		 360 aa  728    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3665  hypothetical protein  73.82 
 
 		 360 aa  547  1e-154  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4038  DNA primase small subunit  68.41 
 
 		 364 aa  502  1e-141  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0584  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  54.8 
 
 		 354 aa  357  9.999999999999999e-98  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0275907  hitchhiker  0.000216971 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1571  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  56.18 
 
 		 330 aa  358  9.999999999999999e-98  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1675  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  57.06 
 
 		 371 aa  355  6.999999999999999e-97  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1945  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  53.98 
 
 		 355 aa  350  2e-95  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.000971032  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4915  hypothetical protein  52.22 
 
 		 347 aa  349  3e-95  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0135401  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5004  hypothetical protein  52.22 
 
 		 347 aa  349  3e-95  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.761919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5283  DNA primase, small subunit  51.94 
 
 		 347 aa  347  2e-94  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1274  DNA primase, small subunit  52.08 
 
 		 349 aa  344  1e-93  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.558044  normal  0.354887 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6714  DNA primase small subunit  51.62 
 
 		 334 aa  343  2.9999999999999997e-93  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0437742  normal  0.209987 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5542  hypothetical protein  51.52 
 
 		 349 aa  340  2e-92  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0491  DNA primase small subunit  52.74 
 
 		 361 aa  339  5.9999999999999996e-92  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.209898  normal  0.702763 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2258  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  52.51 
 
 		 332 aa  338  7e-92  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.20495 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1486  DNA polymerase LigD polymerase subunit  52.29 
 
 		 341 aa  336  2.9999999999999997e-91  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00018157 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1543  DNA primase, small subunit  51.58 
 
 		 341 aa  332  5e-90  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.881236  normal  0.307141 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5867  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  49.58 
 
 		 357 aa  327  2.0000000000000001e-88  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.890125  normal  0.143768 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0652  DNA primase small subunit  54.17 
 
 		 341 aa  326  4.0000000000000003e-88  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.515323  normal  0.0515309 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13762  hypothetical protein  51.15 
 
 		 346 aa  323  2e-87  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.798941 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0416  DNA primase small subunit  47.7 
 
 		 360 aa  320  1.9999999999999998e-86  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1378  hypothetical protein  47.71 
 
 		 339 aa  315  6e-85  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.200655  normal  0.549475 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2031  hypothetical protein  49.29 
 
 		 340 aa  310  2e-83  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.232126  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2095  DNA primase, small subunit  51.23 
 
 		 360 aa  309  5e-83  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.59622  normal  0.161983 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1787  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  48.43 
 
 		 340 aa  308  1.0000000000000001e-82  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000694862 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2236  DNA primase small subunit  51.6 
 
 		 323 aa  301  1e-80  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.848931  normal  0.182306 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3833  DNA primase small subunit  46.29 
 
 		 380 aa  296  5e-79  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15620  DNA polymerase LigD, polymerase domain  47.13 
 
 		 353 aa  294  2e-78  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.19081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2830  DNA primase small subunit  44.76 
 
 		 427 aa  273  5.000000000000001e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0584  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  48.43 
 
 		 329 aa  271  2e-71  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3272  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  47.12 
 
 		 328 aa  268  1e-70  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.161629  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2946  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  47.91 
 
 		 314 aa  266  4e-70  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6628  DNA primase small subunit  44.99 
 
 		 358 aa  262  6.999999999999999e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0103402  hitchhiker  0.0000202322 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3426  hypothetical protein  42.82 
 
 		 414 aa  260  2e-68  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.467651  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3206  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  45.13 
 
 		 414 aa  256  4e-67  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0664  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  44.24 
 
 		 334 aa  250  3e-65  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.286197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2445  putative DNA ligase (ATP), C-terminal  43.48 
 
 		 326 aa  247  2e-64  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.858354  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0342  DNA primase, small subunit  43.26 
 
 		 412 aa  244  9.999999999999999e-64  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.938834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0360  hypothetical protein  41.67 
 
 		 434 aa  243  5e-63  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0482134  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0370  hypothetical protein  41.67 
 
 		 434 aa  243  5e-63  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0349  DNA primase, small subunit  41.67 
 
 		 434 aa  243  5e-63  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5821  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  40.92 
 
 		 352 aa  242  9e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.305654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10273  hypothetical protein  42.01 
 
 		 397 aa  239  6.999999999999999e-62  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0854972 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0396  hypothetical protein  40.44 
 
 		 412 aa  231  2e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00684947  normal  0.451981 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4154  DNA primase small subunit  38.79 
 
 		 408 aa  225  9e-58  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.348836  normal  0.978255 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0598  hypothetical protein  35.05 
 
 		 314 aa  183  4.0000000000000006e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.479165  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2082  hypothetical protein  33.97 
 
 		 306 aa  166  4e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  35.69 
 
 		 865 aa  166  6.9999999999999995e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1124  hypothetical protein  31.33 
 
 		 303 aa  164  3e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2067  hypothetical protein  33.44 
 
 		 312 aa  156  4e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0552463 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  35.81 
 
 		 868 aa  155  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1986  DNA primase, small subunit  28.97 
 
 		 303 aa  153  5.9999999999999996e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.328453  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  36.46 
 
 		 846 aa  151  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  28.81 
 
 		 861 aa  150  4e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  34.8 
 
 		 868 aa  150  5e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  31.97 
 
 		 954 aa  149  6e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0139  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  30.3 
 
 		 306 aa  147  3e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  32.14 
 
 		 864 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  31.33 
 
 		 914 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3248  DNA polymerase LigD polymerase subunit  33.33 
 
 		 328 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  32.25 
 
 		 833 aa  143  5e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  31.92 
 
 		 833 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1670  DNA primase-like  32.59 
 
 		 527 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.447053  hitchhiker  0.00316977 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5249  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.33 
 
 		 292 aa  141  1.9999999999999998e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.398866  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  27.04 
 
 		 815 aa  140  3.9999999999999997e-32  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0817  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  32.59 
 
 		 522 aa  139  8.999999999999999e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.138014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2863  DNA primase-like  28.41 
 
 		 352 aa  138  2e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.355668  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19790  ATP-dependent DNA ligase  33.87 
 
 		 878 aa  137  2e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.874876  normal  0.0111766 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  29.93 
 
 		 813 aa  137  2e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  30.77 
 
 		 818 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  26.92 
 
 		 646 aa  135  8e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  31.05 
 
 		 837 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  31.27 
 
 		 847 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  32.38 
 
 		 847 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1207  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.39 
 
 		 302 aa  134  3e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.560779  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1301  hypothetical protein  29.51 
 
 		 301 aa  134  3e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  31.07 
 
 		 840 aa  134  3e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2856  DNA primase-like  33.45 
 
 		 455 aa  134  3e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.101034  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  33.45 
 
 		 656 aa  134  3e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  30.82 
 
 		 1001 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  27.27 
 
 		 855 aa  133  3.9999999999999996e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  29.64 
 
 		 658 aa  133  3.9999999999999996e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  30.35 
 
 		 846 aa  133  5e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03410  DNA polymerase LigD polymerase domain protein  26.41 
 
 		 313 aa  132  6.999999999999999e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  30.94 
 
 		 825 aa  132  7.999999999999999e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  30.35 
 
 		 832 aa  132  9e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  30.34 
 
 		 866 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  31.23 
 
 		 825 aa  131  2.0000000000000002e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  29.38 
 
 		 848 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7647  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  31.94 
 
 		 544 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  33.11 
 
 		 763 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  31.15 
 
 		 828 aa  131  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0258  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.97 
 
 		 292 aa  129  6e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.863775  normal  0.0831069 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  30 
 
 		 893 aa  129  6e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8275  ATP-dependent DNA ligase  30 
 
 		 383 aa  129  6e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0118926  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  31.58 
 
 		 882 aa  129  8.000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  32.06 
 
 		 872 aa  129  9.000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  29.56 
 
 		 895 aa  129  9.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  30.16 
 
 		 853 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  29.29 
 
 		 837 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>