202 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_6628 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013440  Hoch_6628  DNA primase small subunit  100 
 
 		 358 aa  720    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0103402  hitchhiker  0.0000202322 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2830  DNA primase small subunit  66.36 
 
 		 427 aa  435  1e-121  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3833  DNA primase small subunit  59.57 
 
 		 380 aa  391  1e-107  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0396  hypothetical protein  60.07 
 
 		 412 aa  363  2e-99  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00684947  normal  0.451981 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0342  DNA primase, small subunit  60.62 
 
 		 412 aa  360  2e-98  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.938834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0349  DNA primase, small subunit  57.05 
 
 		 434 aa  354  1e-96  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0360  hypothetical protein  57.05 
 
 		 434 aa  353  2e-96  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0482134  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0370  hypothetical protein  57.05 
 
 		 434 aa  353  2e-96  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3426  hypothetical protein  58.33 
 
 		 414 aa  352  5e-96  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.467651  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10273  hypothetical protein  58.31 
 
 		 397 aa  350  2e-95  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0854972 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1378  hypothetical protein  53.92 
 
 		 339 aa  344  1e-93  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.200655  normal  0.549475 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3206  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  55.95 
 
 		 414 aa  341  1e-92  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4154  DNA primase small subunit  58.2 
 
 		 408 aa  338  7e-92  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.348836  normal  0.978255 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6714  DNA primase small subunit  50.9 
 
 		 334 aa  330  3e-89  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0437742  normal  0.209987 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5283  DNA primase, small subunit  50.45 
 
 		 347 aa  327  2.0000000000000001e-88  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4915  hypothetical protein  50.45 
 
 		 347 aa  327  3e-88  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0135401  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5004  hypothetical protein  50.45 
 
 		 347 aa  327  3e-88  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.761919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5542  hypothetical protein  50.15 
 
 		 349 aa  326  4.0000000000000003e-88  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2258  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  50.15 
 
 		 332 aa  323  2e-87  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.20495 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13762  hypothetical protein  52.13 
 
 		 346 aa  321  9.999999999999999e-87  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.798941 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5867  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  49.4 
 
 		 357 aa  320  3e-86  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.890125  normal  0.143768 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1274  DNA primase, small subunit  49.85 
 
 		 349 aa  320  3e-86  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.558044  normal  0.354887 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1543  DNA primase, small subunit  48.96 
 
 		 341 aa  316  4e-85  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.881236  normal  0.307141 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1571  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  51.66 
 
 		 330 aa  315  9.999999999999999e-85  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1486  DNA polymerase LigD polymerase subunit  48.96 
 
 		 341 aa  309  5e-83  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00018157 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1945  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  45.3 
 
 		 355 aa  301  8.000000000000001e-81  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.000971032  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0416  DNA primase small subunit  47.54 
 
 		 360 aa  300  2e-80  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0652  DNA primase small subunit  48.09 
 
 		 341 aa  291  1e-77  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.515323  normal  0.0515309 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0584  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  45.69 
 
 		 354 aa  290  4e-77  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0275907  hitchhiker  0.000216971 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3272  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  47.28 
 
 		 328 aa  289  4e-77  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.161629  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0491  DNA primase small subunit  47.67 
 
 		 361 aa  286  2.9999999999999996e-76  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.209898  normal  0.702763 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2095  DNA primase, small subunit  47.19 
 
 		 360 aa  285  5.999999999999999e-76  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.59622  normal  0.161983 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2946  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  48 
 
 		 314 aa  282  7.000000000000001e-75  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2236  DNA primase small subunit  47.4 
 
 		 323 aa  282  7.000000000000001e-75  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.848931  normal  0.182306 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0664  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  47.88 
 
 		 334 aa  281  1e-74  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.286197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2031  hypothetical protein  44.64 
 
 		 340 aa  281  2e-74  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.232126  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5821  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  46.39 
 
 		 352 aa  280  3e-74  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.305654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3665  hypothetical protein  45.45 
 
 		 360 aa  279  5e-74  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1787  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  45.99 
 
 		 340 aa  279  7e-74  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000694862 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0584  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  46.77 
 
 		 329 aa  277  3e-73  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0821  DNA primase small subunit  44.99 
 
 		 360 aa  276  3e-73  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1675  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  45.35 
 
 		 371 aa  273  4.0000000000000004e-72  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2445  putative DNA ligase (ATP), C-terminal  47.19 
 
 		 326 aa  271  1e-71  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.858354  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4038  DNA primase small subunit  42.13 
 
 		 364 aa  249  5e-65  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15620  DNA polymerase LigD, polymerase domain  39.66 
 
 		 353 aa  231  1e-59  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.19081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0598  hypothetical protein  44.37 
 
 		 314 aa  215  9e-55  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.479165  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2082  hypothetical protein  38.69 
 
 		 306 aa  208  1e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2067  hypothetical protein  38.28 
 
 		 312 aa  195  1e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0552463 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  36.18 
 
 		 896 aa  193  4e-48  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1124  hypothetical protein  33.22 
 
 		 303 aa  188  1e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3085  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  37.18 
 
 		 299 aa  186  5e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.884253 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  37.17 
 
 		 877 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  34.97 
 
 		 861 aa  183  4.0000000000000006e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  35.96 
 
 		 646 aa  182  6e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  36.69 
 
 		 855 aa  182  7e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  36.99 
 
 		 902 aa  182  1e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  40.83 
 
 		 847 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  37.2 
 
 		 872 aa  177  3e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03410  DNA polymerase LigD polymerase domain protein  33.33 
 
 		 313 aa  176  7e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5249  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  38.64 
 
 		 292 aa  174  1.9999999999999998e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.398866  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  36.68 
 
 		 871 aa  173  3.9999999999999995e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1986  DNA primase, small subunit  33.56 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.328453  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4351  DNA polymerase LigD polymerase subunit  38.25 
 
 		 303 aa  169  9e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2863  DNA primase-like  34.45 
 
 		 352 aa  167  2.9999999999999998e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.355668  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1207  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  37.69 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.560779  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  36.52 
 
 		 815 aa  163  4.0000000000000004e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4308  DNA polymerase LigD polymerase subunit  34.11 
 
 		 306 aa  161  2e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0139  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  29.83 
 
 		 306 aa  160  4e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34930  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  39.1 
 
 		 303 aa  159  7e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.564701  normal  0.292075 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3967  DNA primase, small subunit  35.86 
 
 		 302 aa  157  2e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.641256  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3248  DNA polymerase LigD polymerase subunit  34.25 
 
 		 328 aa  157  4e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0201  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.93 
 
 		 778 aa  155  8e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.173659  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1020  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  38.02 
 
 		 313 aa  152  5.9999999999999996e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00719502  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  37.64 
 
 		 825 aa  152  7e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0962  hypothetical protein  38.02 
 
 		 313 aa  150  4e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.612546  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1670  DNA primase-like  34.53 
 
 		 527 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.447053  hitchhiker  0.00316977 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1023  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  37.64 
 
 		 313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7781  putative DNA ligase-like protein  37.3 
 
 		 317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0711104  normal  0.114107 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19790  ATP-dependent DNA ligase  38.35 
 
 		 878 aa  147  4.0000000000000006e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.874876  normal  0.0111766 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2802  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  35.37 
 
 		 302 aa  146  6e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0918963  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0366  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  29.23 
 
 		 304 aa  145  7.0000000000000006e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00411082  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  33.11 
 
 		 828 aa  145  8.000000000000001e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0932  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  38.52 
 
 		 737 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.819515  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1007  DNA polymerase LigD polymerase subunit  35.46 
 
 		 305 aa  144  3e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.104732  hitchhiker  0.00609843 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2991  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  35.31 
 
 		 293 aa  143  4e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0884  ATP dependent DNA ligase  37.55 
 
 		 726 aa  143  5e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.911309  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  33.83 
 
 		 834 aa  142  6e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  33.47 
 
 		 864 aa  142  7e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2815  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  34.8 
 
 		 305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  34.65 
 
 		 847 aa  141  1.9999999999999998e-32  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  35.32 
 
 		 865 aa  140  3e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5875  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  36.06 
 
 		 297 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1237  ATP dependent DNA ligase  34.46 
 
 		 304 aa  140  3.9999999999999997e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.82 
 
 		 797 aa  140  3.9999999999999997e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  33.77 
 
 		 831 aa  139  7.999999999999999e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0935  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  37.04 
 
 		 789 aa  139  1e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0727399  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.77 
 
 		 858 aa  137  2e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  34.17 
 
 		 852 aa  137  2e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  30.94 
 
 		 815 aa  138  2e-31  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  33.58 
 
 		 939 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>