203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_0652 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_0652  DNA primase small subunit  100 
 
 		 341 aa  683    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.515323  normal  0.0515309 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13762  hypothetical protein  64.37 
 
 		 346 aa  426  1e-118  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.798941 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4915  hypothetical protein  63.75 
 
 		 347 aa  418  1e-116  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0135401  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5004  hypothetical protein  63.75 
 
 		 347 aa  418  1e-116  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.761919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5542  hypothetical protein  63.96 
 
 		 349 aa  418  1e-116  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5283  DNA primase, small subunit  63.75 
 
 		 347 aa  418  1e-116  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1274  DNA primase, small subunit  62.76 
 
 		 349 aa  413  1e-114  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.558044  normal  0.354887 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0416  DNA primase small subunit  58.84 
 
 		 360 aa  404  1.0000000000000001e-112  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1486  DNA polymerase LigD polymerase subunit  61.65 
 
 		 341 aa  383  1e-105  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00018157 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1378  hypothetical protein  57.19 
 
 		 339 aa  379  1e-104  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.200655  normal  0.549475 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1543  DNA primase, small subunit  59.94 
 
 		 341 aa  374  1e-102  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.881236  normal  0.307141 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0584  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  58.36 
 
 		 354 aa  370  1e-101  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0275907  hitchhiker  0.000216971 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6714  DNA primase small subunit  58.46 
 
 		 334 aa  369  1e-101  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0437742  normal  0.209987 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2258  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  56.42 
 
 		 332 aa  357  1.9999999999999998e-97  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.20495 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5867  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  55.26 
 
 		 357 aa  354  1e-96  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.890125  normal  0.143768 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0491  DNA primase small subunit  56.06 
 
 		 361 aa  353  2e-96  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.209898  normal  0.702763 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1675  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  56.82 
 
 		 371 aa  352  5e-96  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1571  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  59.1 
 
 		 330 aa  350  2e-95  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1945  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  54.55 
 
 		 355 aa  350  2e-95  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.000971032  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4038  DNA primase small subunit  52.96 
 
 		 364 aa  330  2e-89  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3665  hypothetical protein  53.14 
 
 		 360 aa  327  2.0000000000000001e-88  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0821  DNA primase small subunit  54.17 
 
 		 360 aa  326  4.0000000000000003e-88  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2031  hypothetical protein  51.54 
 
 		 340 aa  317  2e-85  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.232126  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3833  DNA primase small subunit  51.83 
 
 		 380 aa  309  4e-83  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1787  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  50.46 
 
 		 340 aa  305  1.0000000000000001e-81  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000694862 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2946  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  53.18 
 
 		 314 aa  303  4.0000000000000003e-81  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2095  DNA primase, small subunit  52.22 
 
 		 360 aa  301  1e-80  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.59622  normal  0.161983 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2830  DNA primase small subunit  51.52 
 
 		 427 aa  299  4e-80  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3272  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  51.89 
 
 		 328 aa  299  5e-80  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.161629  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2236  DNA primase small subunit  49.85 
 
 		 323 aa  293  3e-78  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.848931  normal  0.182306 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0584  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  51.29 
 
 		 329 aa  287  2e-76  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5821  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  47.43 
 
 		 352 aa  281  1e-74  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.305654  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15620  DNA polymerase LigD, polymerase domain  46.88 
 
 		 353 aa  277  2e-73  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.19081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2445  putative DNA ligase (ATP), C-terminal  49.06 
 
 		 326 aa  275  8e-73  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.858354  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0664  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  50.49 
 
 		 334 aa  274  1.0000000000000001e-72  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.286197  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6628  DNA primase small subunit  48.09 
 
 		 358 aa  273  4.0000000000000004e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0103402  hitchhiker  0.0000202322 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3426  hypothetical protein  46.85 
 
 		 414 aa  269  4e-71  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.467651  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3206  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  48.22 
 
 		 414 aa  268  8e-71  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0342  DNA primase, small subunit  47.7 
 
 		 412 aa  253  3e-66  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.938834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0396  hypothetical protein  46.38 
 
 		 412 aa  247  2e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00684947  normal  0.451981 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4154  DNA primase small subunit  46.56 
 
 		 408 aa  247  2e-64  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.348836  normal  0.978255 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0349  DNA primase, small subunit  45.78 
 
 		 434 aa  238  9e-62  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0360  hypothetical protein  46.51 
 
 		 434 aa  238  1e-61  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0482134  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0370  hypothetical protein  46.51 
 
 		 434 aa  238  1e-61  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10273  hypothetical protein  44.66 
 
 		 397 aa  237  2e-61  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0854972 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2082  hypothetical protein  41.1 
 
 		 306 aa  201  9.999999999999999e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2067  hypothetical protein  38.98 
 
 		 312 aa  184  3e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0552463 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0598  hypothetical protein  39.52 
 
 		 314 aa  183  4.0000000000000006e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.479165  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03410  DNA polymerase LigD polymerase domain protein  33.57 
 
 		 313 aa  181  2e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1124  hypothetical protein  35.59 
 
 		 303 aa  181  2e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1986  DNA primase, small subunit  35.31 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.328453  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  34.75 
 
 		 861 aa  168  1e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  32.23 
 
 		 646 aa  165  8e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  37.59 
 
 		 847 aa  160  2e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  31.12 
 
 		 896 aa  158  1e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  30.8 
 
 		 855 aa  155  8e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3248  DNA polymerase LigD polymerase subunit  33.63 
 
 		 328 aa  155  9e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  37.18 
 
 		 846 aa  154  2e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2863  DNA primase-like  31.05 
 
 		 352 aa  152  7e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.355668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  37.97 
 
 		 868 aa  150  4e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  35.79 
 
 		 656 aa  150  4e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  31.25 
 
 		 902 aa  149  5e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  37.59 
 
 		 868 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2802  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  35.96 
 
 		 302 aa  147  3e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0918963  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  34.93 
 
 		 815 aa  147  3e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  32.18 
 
 		 871 aa  147  3e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  32.62 
 
 		 872 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1020  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  36.11 
 
 		 313 aa  145  8.000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00719502  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3085  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  31.14 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.884253 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0962  hypothetical protein  35.76 
 
 		 313 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.612546  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1023  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  36.11 
 
 		 313 aa  144  3e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7781  putative DNA ligase-like protein  35.49 
 
 		 317 aa  143  4e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0711104  normal  0.114107 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  34.63 
 
 		 882 aa  142  7e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5249  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.48 
 
 		 292 aa  140  3.9999999999999997e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.398866  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0201  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.87 
 
 		 778 aa  139  7.999999999999999e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.173659  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4308  DNA polymerase LigD polymerase subunit  31.29 
 
 		 306 aa  138  1e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  34.86 
 
 		 896 aa  138  1e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  33.22 
 
 		 954 aa  137  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  33.68 
 
 		 644 aa  137  4e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0935  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  36.76 
 
 		 789 aa  136  5e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0727399  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  34.27 
 
 		 864 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  30.28 
 
 		 815 aa  135  9e-31  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  30.58 
 
 		 877 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  33.8 
 
 		 683 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  32.98 
 
 		 856 aa  134  1.9999999999999998e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  33.1 
 
 		 940 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0932  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  36.76 
 
 		 737 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.819515  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  33.1 
 
 		 658 aa  134  3e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  31.08 
 
 		 834 aa  134  3e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5875  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.21 
 
 		 297 aa  132  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0139  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  27.85 
 
 		 306 aa  132  6e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  33.57 
 
 		 825 aa  132  6e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1207  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.83 
 
 		 302 aa  132  7.999999999999999e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.560779  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34930  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.56 
 
 		 303 aa  132  9e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.564701  normal  0.292075 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  34.28 
 
 		 845 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  32.75 
 
 		 684 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  32.34 
 
 		 848 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0884  ATP dependent DNA ligase  35.19 
 
 		 726 aa  130  4.0000000000000003e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.911309  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  32.04 
 
 		 833 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0366  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  29.18 
 
 		 304 aa  129  6e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00411082  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>