203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_3272 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_3272  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  100 
 
 		 328 aa  663    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.161629  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0584  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  73.48 
 
 		 329 aa  495  1e-139  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0664  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  74.2 
 
 		 334 aa  475  1e-133  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.286197  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2946  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  74.92 
 
 		 314 aa  477  1e-133  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2445  putative DNA ligase (ATP), C-terminal  71.34 
 
 		 326 aa  451  1e-125  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.858354  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1378  hypothetical protein  63.23 
 
 		 339 aa  398  9.999999999999999e-111  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.200655  normal  0.549475 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2095  DNA primase, small subunit  57.37 
 
 		 360 aa  349  3e-95  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.59622  normal  0.161983 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2236  DNA primase small subunit  55.77 
 
 		 323 aa  342  7e-93  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.848931  normal  0.182306 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6714  DNA primase small subunit  56.81 
 
 		 334 aa  341  1e-92  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0437742  normal  0.209987 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1486  DNA polymerase LigD polymerase subunit  57.24 
 
 		 341 aa  340  2e-92  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00018157 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0584  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  54.77 
 
 		 354 aa  331  1e-89  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0275907  hitchhiker  0.000216971 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1543  DNA primase, small subunit  55.59 
 
 		 341 aa  329  4e-89  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.881236  normal  0.307141 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2258  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  54.33 
 
 		 332 aa  324  1e-87  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.20495 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1945  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  50.91 
 
 		 355 aa  315  8e-85  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.000971032  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0491  DNA primase small subunit  50.76 
 
 		 361 aa  313  1.9999999999999998e-84  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.209898  normal  0.702763 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1571  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  52.68 
 
 		 330 aa  310  2e-83  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1675  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  50.9 
 
 		 371 aa  308  6.999999999999999e-83  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5867  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  50.48 
 
 		 357 aa  308  1.0000000000000001e-82  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.890125  normal  0.143768 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1274  DNA primase, small subunit  53.85 
 
 		 349 aa  306  4.0000000000000004e-82  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.558044  normal  0.354887 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5542  hypothetical protein  54.36 
 
 		 349 aa  303  2.0000000000000002e-81  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4915  hypothetical protein  53.69 
 
 		 347 aa  303  4.0000000000000003e-81  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0135401  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5004  hypothetical protein  53.69 
 
 		 347 aa  303  4.0000000000000003e-81  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.761919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5283  DNA primase, small subunit  53.69 
 
 		 347 aa  303  4.0000000000000003e-81  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13762  hypothetical protein  53.18 
 
 		 346 aa  300  3e-80  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.798941 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0652  DNA primase small subunit  51.89 
 
 		 341 aa  299  5e-80  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.515323  normal  0.0515309 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3833  DNA primase small subunit  48.72 
 
 		 380 aa  295  1e-78  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3426  hypothetical protein  48.87 
 
 		 414 aa  284  1.0000000000000001e-75  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.467651  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3206  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  48.38 
 
 		 414 aa  281  8.000000000000001e-75  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3665  hypothetical protein  51.79 
 
 		 360 aa  278  1e-73  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2830  DNA primase small subunit  48.39 
 
 		 427 aa  276  5e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10273  hypothetical protein  46.86 
 
 		 397 aa  274  1.0000000000000001e-72  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0854972 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6628  DNA primase small subunit  47.28 
 
 		 358 aa  271  2e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0103402  hitchhiker  0.0000202322 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0416  DNA primase small subunit  46.65 
 
 		 360 aa  268  1e-70  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0821  DNA primase small subunit  47.12 
 
 		 360 aa  268  1e-70  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0342  DNA primase, small subunit  46.44 
 
 		 412 aa  263  3e-69  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.938834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0349  DNA primase, small subunit  45.31 
 
 		 434 aa  261  8e-69  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0360  hypothetical protein  45.87 
 
 		 434 aa  261  1e-68  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0482134  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0370  hypothetical protein  45.87 
 
 		 434 aa  261  1e-68  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4154  DNA primase small subunit  46.82 
 
 		 408 aa  259  6e-68  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.348836  normal  0.978255 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4038  DNA primase small subunit  46.47 
 
 		 364 aa  257  2e-67  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1787  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  44.55 
 
 		 340 aa  255  6e-67  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000694862 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2031  hypothetical protein  45.83 
 
 		 340 aa  255  6e-67  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.232126  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0396  hypothetical protein  45.12 
 
 		 412 aa  253  3e-66  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00684947  normal  0.451981 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5821  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  45.54 
 
 		 352 aa  249  5e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.305654  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15620  DNA polymerase LigD, polymerase domain  41.79 
 
 		 353 aa  223  3e-57  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.19081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1124  hypothetical protein  37.06 
 
 		 303 aa  207  2e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0598  hypothetical protein  37.74 
 
 		 314 aa  199  3.9999999999999996e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.479165  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2082  hypothetical protein  37.29 
 
 		 306 aa  192  6e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  34.95 
 
 		 861 aa  190  2.9999999999999997e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2067  hypothetical protein  36.63 
 
 		 312 aa  186  3e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0552463 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03410  DNA polymerase LigD polymerase domain protein  32.37 
 
 		 313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  34.04 
 
 		 646 aa  180  4e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  34.49 
 
 		 896 aa  178  1e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1986  DNA primase, small subunit  32.99 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.328453  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  32.97 
 
 		 855 aa  176  5e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3085  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.23 
 
 		 299 aa  165  9e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.884253 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  32.62 
 
 		 902 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  34.83 
 
 		 847 aa  160  2e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  34.6 
 
 		 871 aa  159  8e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1670  DNA primase-like  34.15 
 
 		 527 aa  157  2e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.447053  hitchhiker  0.00316977 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  34.28 
 
 		 872 aa  156  4e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0139  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  30.17 
 
 		 306 aa  155  8e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0366  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  28.77 
 
 		 304 aa  155  1e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00411082  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  33.33 
 
 		 877 aa  152  5e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  36.29 
 
 		 837 aa  152  8e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  30.94 
 
 		 815 aa  150  3e-35  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1207  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33 
 
 		 302 aa  149  4e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.560779  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3248  DNA polymerase LigD polymerase subunit  33.81 
 
 		 328 aa  149  5e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  33.1 
 
 		 840 aa  149  8e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  32.75 
 
 		 834 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5249  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.53 
 
 		 292 aa  147  2.0000000000000003e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.398866  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2815  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  32.16 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  33.46 
 
 		 864 aa  147  3e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  33.09 
 
 		 847 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  33.7 
 
 		 883 aa  146  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  33.57 
 
 		 888 aa  146  5e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  33.45 
 
 		 848 aa  146  6e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0935  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  34.49 
 
 		 789 aa  146  6e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0727399  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  32.08 
 
 		 815 aa  146  6e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  33.96 
 
 		 656 aa  146  6e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3112  DNA ligase D  33.78 
 
 		 1157 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0919454  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1335  ATP-dependent DNA ligase  33.78 
 
 		 980 aa  145  9e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  34.41 
 
 		 954 aa  145  9e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0932  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  34.15 
 
 		 737 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.819515  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  35.82 
 
 		 932 aa  144  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19790  ATP-dependent DNA ligase  35.5 
 
 		 878 aa  144  2e-33  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.874876  normal  0.0111766 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1020  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.11 
 
 		 313 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00719502  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  32.09 
 
 		 881 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  34.43 
 
 		 886 aa  144  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  33.21 
 
 		 882 aa  144  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  32.16 
 
 		 837 aa  143  3e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0962  hypothetical protein  33.11 
 
 		 313 aa  143  5e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.612546  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2988  DNA ligase, ATP-dependent  33.44 
 
 		 1163 aa  142  6e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4308  DNA polymerase LigD polymerase subunit  30.41 
 
 		 306 aa  142  6e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  33.46 
 
 		 684 aa  142  8e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  34.15 
 
 		 927 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  35.45 
 
 		 936 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  35.45 
 
 		 936 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6783  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.08 
 
 		 292 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.838138  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  33.58 
 
 		 895 aa  141  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>