203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_2445 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_2445  putative DNA ligase (ATP), C-terminal  100 
 
 		 326 aa  657    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.858354  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0584  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  75.64 
 
 		 329 aa  479  1e-134  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0664  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  71.92 
 
 		 334 aa  461  1e-129  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.286197  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3272  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  71.34 
 
 		 328 aa  451  1e-125  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.161629  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2946  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  67.76 
 
 		 314 aa  417  9.999999999999999e-116  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1378  hypothetical protein  61.54 
 
 		 339 aa  370  1e-101  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.200655  normal  0.549475 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6714  DNA primase small subunit  54.05 
 
 		 334 aa  332  6e-90  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0437742  normal  0.209987 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2258  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  53.07 
 
 		 332 aa  326  3e-88  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.20495 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1486  DNA polymerase LigD polymerase subunit  55.21 
 
 		 341 aa  324  1e-87  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00018157 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2095  DNA primase, small subunit  53.44 
 
 		 360 aa  320  1.9999999999999998e-86  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.59622  normal  0.161983 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2236  DNA primase small subunit  51.56 
 
 		 323 aa  311  1e-83  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.848931  normal  0.182306 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1543  DNA primase, small subunit  52.37 
 
 		 341 aa  309  5e-83  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.881236  normal  0.307141 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0584  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  50.15 
 
 		 354 aa  303  3.0000000000000004e-81  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0275907  hitchhiker  0.000216971 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1675  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  49.4 
 
 		 371 aa  295  9e-79  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0491  DNA primase small subunit  47.15 
 
 		 361 aa  292  5e-78  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.209898  normal  0.702763 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1571  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  48.89 
 
 		 330 aa  289  5.0000000000000004e-77  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3206  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  48.43 
 
 		 414 aa  286  2.9999999999999996e-76  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5867  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  46.71 
 
 		 357 aa  285  9e-76  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.890125  normal  0.143768 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3426  hypothetical protein  47.8 
 
 		 414 aa  283  4.0000000000000003e-75  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.467651  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13762  hypothetical protein  49.84 
 
 		 346 aa  282  6.000000000000001e-75  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.798941 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3833  DNA primase small subunit  49.35 
 
 		 380 aa  281  9e-75  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1274  DNA primase, small subunit  49.36 
 
 		 349 aa  280  2e-74  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.558044  normal  0.354887 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5542  hypothetical protein  49.68 
 
 		 349 aa  278  7e-74  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1945  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  45.59 
 
 		 355 aa  278  8e-74  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.000971032  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4915  hypothetical protein  49.68 
 
 		 347 aa  276  3e-73  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0135401  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5004  hypothetical protein  49.68 
 
 		 347 aa  276  3e-73  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.761919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5283  DNA primase, small subunit  49.68 
 
 		 347 aa  276  3e-73  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0652  DNA primase small subunit  49.06 
 
 		 341 aa  275  8e-73  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.515323  normal  0.0515309 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2830  DNA primase small subunit  49.37 
 
 		 427 aa  275  1.0000000000000001e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1787  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  47.68 
 
 		 340 aa  266  4e-70  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000694862 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0342  DNA primase, small subunit  46.67 
 
 		 412 aa  261  1e-68  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.938834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3665  hypothetical protein  47.4 
 
 		 360 aa  260  2e-68  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0396  hypothetical protein  47.18 
 
 		 412 aa  258  1e-67  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00684947  normal  0.451981 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2031  hypothetical protein  47.18 
 
 		 340 aa  254  2.0000000000000002e-66  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.232126  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6628  DNA primase small subunit  47.19 
 
 		 358 aa  253  3e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0103402  hitchhiker  0.0000202322 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10273  hypothetical protein  46.08 
 
 		 397 aa  253  4.0000000000000004e-66  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0854972 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0349  DNA primase, small subunit  43.81 
 
 		 434 aa  251  1e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0416  DNA primase small subunit  44.31 
 
 		 360 aa  251  1e-65  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4038  DNA primase small subunit  45.03 
 
 		 364 aa  250  3e-65  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0360  hypothetical protein  43.49 
 
 		 434 aa  249  6e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0482134  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0370  hypothetical protein  43.49 
 
 		 434 aa  249  6e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0821  DNA primase small subunit  43.48 
 
 		 360 aa  247  2e-64  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4154  DNA primase small subunit  45.93 
 
 		 408 aa  246  3e-64  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.348836  normal  0.978255 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5821  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  43.46 
 
 		 352 aa  227  2e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.305654  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15620  DNA polymerase LigD, polymerase domain  39.09 
 
 		 353 aa  221  1.9999999999999999e-56  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.19081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1124  hypothetical protein  36.46 
 
 		 303 aa  199  3.9999999999999996e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1986  DNA primase, small subunit  32.41 
 
 		 303 aa  189  8e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.328453  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2082  hypothetical protein  34.82 
 
 		 306 aa  182  8.000000000000001e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0598  hypothetical protein  38.15 
 
 		 314 aa  181  1e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.479165  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  34.01 
 
 		 896 aa  181  2e-44  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  34.15 
 
 		 861 aa  180  4e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03410  DNA polymerase LigD polymerase domain protein  31.43 
 
 		 313 aa  179  4.999999999999999e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  32.5 
 
 		 855 aa  175  9.999999999999999e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  32.4 
 
 		 646 aa  171  1e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  38.01 
 
 		 847 aa  171  1e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2067  hypothetical protein  34.69 
 
 		 312 aa  170  2e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0552463 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1207  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  36.49 
 
 		 302 aa  170  2e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.560779  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  32.41 
 
 		 872 aa  169  7e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  32.07 
 
 		 871 aa  169  9e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  34.69 
 
 		 902 aa  168  1e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3085  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.85 
 
 		 299 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.884253 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  36.52 
 
 		 656 aa  159  4e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5875  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  35.82 
 
 		 297 aa  158  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0139  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  29.39 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2863  DNA primase-like  32.51 
 
 		 352 aa  155  1e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.355668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1335  ATP-dependent DNA ligase  38.35 
 
 		 980 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  38.06 
 
 		 932 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  36.04 
 
 		 940 aa  154  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1020  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  35.25 
 
 		 313 aa  154  2.9999999999999998e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00719502  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3112  DNA ligase D  37.74 
 
 		 1157 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0919454  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  36.4 
 
 		 683 aa  154  2.9999999999999998e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6783  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.96 
 
 		 292 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.838138  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1670  DNA primase-like  33.1 
 
 		 527 aa  153  4e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.447053  hitchhiker  0.00316977 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  38.06 
 
 		 949 aa  153  4e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  35.25 
 
 		 846 aa  153  5e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  35.07 
 
 		 834 aa  152  8e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  35.15 
 
 		 848 aa  151  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0962  hypothetical protein  34.92 
 
 		 313 aa  151  1e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.612546  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0935  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  36.04 
 
 		 789 aa  151  1e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0727399  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0366  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  27.72 
 
 		 304 aa  151  1e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00411082  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  37.6 
 
 		 837 aa  152  1e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  35.29 
 
 		 684 aa  151  2e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  33.58 
 
 		 877 aa  151  2e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0932  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  35.69 
 
 		 737 aa  150  2e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.819515  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2988  DNA ligase, ATP-dependent  37.97 
 
 		 1163 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  36.23 
 
 		 939 aa  150  3e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  37.69 
 
 		 936 aa  149  4e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  37.1 
 
 		 837 aa  150  4e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2815  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  31.03 
 
 		 305 aa  149  5e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  37.69 
 
 		 936 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  34.56 
 
 		 658 aa  149  6e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1023  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.92 
 
 		 313 aa  149  6e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3248  DNA polymerase LigD polymerase subunit  33.69 
 
 		 328 aa  149  8e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  36.84 
 
 		 843 aa  148  1.0000000000000001e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  35.69 
 
 		 954 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  37.69 
 
 		 927 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4351  DNA polymerase LigD polymerase subunit  32.24 
 
 		 303 aa  147  3e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0817  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  33.68 
 
 		 522 aa  147  4.0000000000000006e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.138014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  35.56 
 
 		 845 aa  147  4.0000000000000006e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  35.4 
 
 		 1001 aa  146  5e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>