203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcav_0664 on replicon NC_012669
Organism: Beutenbergia cavernae DSM 12333



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012669  Bcav_0664  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  100 
 
 		 334 aa  674    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.286197  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0584  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  72.36 
 
 		 329 aa  478  1e-134  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3272  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  73.15 
 
 		 328 aa  476  1e-133  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.161629  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2445  putative DNA ligase (ATP), C-terminal  71.38 
 
 		 326 aa  463  1e-129  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.858354  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2946  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  69.33 
 
 		 314 aa  424  1e-118  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1378  hypothetical protein  61.31 
 
 		 339 aa  366  1e-100  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.200655  normal  0.549475 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6714  DNA primase small subunit  55.7 
 
 		 334 aa  339  4e-92  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0437742  normal  0.209987 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2095  DNA primase, small subunit  54.86 
 
 		 360 aa  333  3e-90  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.59622  normal  0.161983 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1486  DNA polymerase LigD polymerase subunit  56.21 
 
 		 341 aa  328  6e-89  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00018157 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2258  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  54.4 
 
 		 332 aa  326  3e-88  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.20495 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1543  DNA primase, small subunit  53.99 
 
 		 341 aa  326  3e-88  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.881236  normal  0.307141 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2236  DNA primase small subunit  52.37 
 
 		 323 aa  322  5e-87  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.848931  normal  0.182306 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1571  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  51.63 
 
 		 330 aa  312  5.999999999999999e-84  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13762  hypothetical protein  51.6 
 
 		 346 aa  300  2e-80  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.798941 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3833  DNA primase small subunit  50.64 
 
 		 380 aa  298  6e-80  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1945  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  50.48 
 
 		 355 aa  296  4e-79  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.000971032  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1274  DNA primase, small subunit  51.61 
 
 		 349 aa  294  2e-78  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.558044  normal  0.354887 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0584  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  51.42 
 
 		 354 aa  291  2e-77  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0275907  hitchhiker  0.000216971 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5867  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  49.35 
 
 		 357 aa  290  2e-77  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.890125  normal  0.143768 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5542  hypothetical protein  51.94 
 
 		 349 aa  288  7e-77  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4915  hypothetical protein  50.16 
 
 		 347 aa  285  9e-76  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0135401  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5004  hypothetical protein  50.16 
 
 		 347 aa  285  9e-76  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.761919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5283  DNA primase, small subunit  50.16 
 
 		 347 aa  285  9e-76  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1675  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  50.31 
 
 		 371 aa  285  1.0000000000000001e-75  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2830  DNA primase small subunit  48.78 
 
 		 427 aa  283  3.0000000000000004e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0491  DNA primase small subunit  46.95 
 
 		 361 aa  280  3e-74  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.209898  normal  0.702763 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3206  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  48.4 
 
 		 414 aa  278  7e-74  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0652  DNA primase small subunit  50.49 
 
 		 341 aa  274  1.0000000000000001e-72  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.515323  normal  0.0515309 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0342  DNA primase, small subunit  48.31 
 
 		 412 aa  272  5.000000000000001e-72  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.938834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3426  hypothetical protein  48.15 
 
 		 414 aa  271  1e-71  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.467651  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10273  hypothetical protein  47.1 
 
 		 397 aa  269  4e-71  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0854972 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3665  hypothetical protein  49.21 
 
 		 360 aa  269  5e-71  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0396  hypothetical protein  48.15 
 
 		 412 aa  266  4e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00684947  normal  0.451981 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6628  DNA primase small subunit  47.88 
 
 		 358 aa  263  3e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0103402  hitchhiker  0.0000202322 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0349  DNA primase, small subunit  45.34 
 
 		 434 aa  261  8.999999999999999e-69  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0360  hypothetical protein  45.34 
 
 		 434 aa  261  1e-68  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0482134  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0370  hypothetical protein  45.34 
 
 		 434 aa  261  1e-68  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1787  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  47.16 
 
 		 340 aa  258  7e-68  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000694862 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0416  DNA primase small subunit  45.6 
 
 		 360 aa  253  5.000000000000001e-66  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2031  hypothetical protein  46.78 
 
 		 340 aa  252  6e-66  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.232126  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0821  DNA primase small subunit  43.93 
 
 		 360 aa  251  2e-65  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4038  DNA primase small subunit  44.87 
 
 		 364 aa  246  4e-64  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4154  DNA primase small subunit  45.39 
 
 		 408 aa  245  6.999999999999999e-64  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.348836  normal  0.978255 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5821  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  42.37 
 
 		 352 aa  213  2.9999999999999995e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.305654  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15620  DNA polymerase LigD, polymerase domain  40.82 
 
 		 353 aa  208  1e-52  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.19081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1124  hypothetical protein  37.89 
 
 		 303 aa  207  2e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2082  hypothetical protein  37.7 
 
 		 306 aa  191  2e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  35.14 
 
 		 861 aa  187  3e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0598  hypothetical protein  36.73 
 
 		 314 aa  185  9e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.479165  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  36.49 
 
 		 871 aa  181  1e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  34.32 
 
 		 896 aa  180  2.9999999999999997e-44  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  34.64 
 
 		 855 aa  180  2.9999999999999997e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  36.15 
 
 		 872 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2067  hypothetical protein  39.18 
 
 		 312 aa  178  1e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0552463 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1986  DNA primase, small subunit  33.91 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.328453  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  33.67 
 
 		 646 aa  174  2.9999999999999996e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03410  DNA polymerase LigD polymerase domain protein  30.96 
 
 		 313 aa  171  2e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3085  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  31.49 
 
 		 299 aa  169  6e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.884253 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  33.21 
 
 		 902 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  36.16 
 
 		 847 aa  162  5.0000000000000005e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  34.89 
 
 		 877 aa  160  3e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  36.92 
 
 		 683 aa  157  2e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0366  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  30.5 
 
 		 304 aa  157  2e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00411082  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  36.2 
 
 		 684 aa  156  5.0000000000000005e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  38.43 
 
 		 936 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1670  DNA primase-like  32.31 
 
 		 527 aa  154  1e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.447053  hitchhiker  0.00316977 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  36.06 
 
 		 954 aa  154  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  38.43 
 
 		 936 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  34.55 
 
 		 848 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  35.48 
 
 		 658 aa  154  2.9999999999999998e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3248  DNA polymerase LigD polymerase subunit  35.34 
 
 		 328 aa  154  2.9999999999999998e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  33.33 
 
 		 815 aa  153  4e-36  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  36.19 
 
 		 834 aa  153  4e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  38.06 
 
 		 927 aa  153  5e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  36.57 
 
 		 932 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0139  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  28.47 
 
 		 306 aa  150  3e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6783  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.83 
 
 		 292 aa  149  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.838138  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3112  DNA ligase D  36 
 
 		 1157 aa  149  7e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0919454  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1335  ATP-dependent DNA ligase  35.64 
 
 		 980 aa  149  9e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  33.58 
 
 		 840 aa  149  9e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2988  DNA ligase, ATP-dependent  35.64 
 
 		 1163 aa  149  9e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  33.58 
 
 		 847 aa  149  9e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  37.92 
 
 		 927 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  36.19 
 
 		 949 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5875  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.83 
 
 		 297 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  35.58 
 
 		 846 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  35.74 
 
 		 656 aa  147  4.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2815  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  31.82 
 
 		 305 aa  146  5e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  34.08 
 
 		 825 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1207  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.66 
 
 		 302 aa  144  2e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.560779  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  33.45 
 
 		 837 aa  144  2e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  32.8 
 
 		 864 aa  143  4e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  32.96 
 
 		 833 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  33.96 
 
 		 868 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  34.21 
 
 		 843 aa  141  1.9999999999999998e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  34.4 
 
 		 644 aa  141  1.9999999999999998e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  32.59 
 
 		 832 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  32.46 
 
 		 837 aa  140  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  35.27 
 
 		 863 aa  140  3e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  33.58 
 
 		 868 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>