203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_3665 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_3665  hypothetical protein  100 
 
 		 360 aa  724    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0821  DNA primase small subunit  73.82 
 
 		 360 aa  547  1e-154  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4038  DNA primase small subunit  70.41 
 
 		 364 aa  523  1e-147  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1945  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  58.96 
 
 		 355 aa  387  1e-106  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.000971032  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0584  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  58.99 
 
 		 354 aa  381  1e-104  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0275907  hitchhiker  0.000216971 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1675  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  58.86 
 
 		 371 aa  367  1e-100  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1571  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  57.23 
 
 		 330 aa  367  1e-100  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0491  DNA primase small subunit  54.67 
 
 		 361 aa  357  1.9999999999999998e-97  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.209898  normal  0.702763 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2258  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  54.71 
 
 		 332 aa  353  2e-96  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.20495 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6714  DNA primase small subunit  53.8 
 
 		 334 aa  352  7e-96  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0437742  normal  0.209987 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1274  DNA primase, small subunit  52.65 
 
 		 349 aa  350  3e-95  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.558044  normal  0.354887 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1486  DNA polymerase LigD polymerase subunit  54.86 
 
 		 341 aa  348  7e-95  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00018157 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5542  hypothetical protein  52.92 
 
 		 349 aa  348  1e-94  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5283  DNA primase, small subunit  52.09 
 
 		 347 aa  346  3e-94  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5867  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  53.65 
 
 		 357 aa  346  4e-94  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.890125  normal  0.143768 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1543  DNA primase, small subunit  53.87 
 
 		 341 aa  345  7e-94  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.881236  normal  0.307141 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4915  hypothetical protein  51.81 
 
 		 347 aa  344  1e-93  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0135401  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5004  hypothetical protein  51.81 
 
 		 347 aa  344  1e-93  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.761919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2095  DNA primase, small subunit  54.1 
 
 		 360 aa  332  9e-90  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.59622  normal  0.161983 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13762  hypothetical protein  52.3 
 
 		 346 aa  331  9e-90  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.798941 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2236  DNA primase small subunit  53.52 
 
 		 323 aa  328  9e-89  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.848931  normal  0.182306 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0416  DNA primase small subunit  50.27 
 
 		 360 aa  328  1.0000000000000001e-88  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0652  DNA primase small subunit  53.14 
 
 		 341 aa  327  2.0000000000000001e-88  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.515323  normal  0.0515309 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1378  hypothetical protein  49.71 
 
 		 339 aa  325  5e-88  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.200655  normal  0.549475 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2031  hypothetical protein  52.21 
 
 		 340 aa  325  9e-88  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.232126  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1787  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  50.74 
 
 		 340 aa  318  1e-85  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000694862 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15620  DNA polymerase LigD, polymerase domain  49.57 
 
 		 353 aa  315  9e-85  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.19081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3833  DNA primase small subunit  46.29 
 
 		 380 aa  288  8e-77  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2830  DNA primase small subunit  46.94 
 
 		 427 aa  281  2e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3272  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  51.79 
 
 		 328 aa  278  2e-73  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.161629  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3426  hypothetical protein  45.85 
 
 		 414 aa  271  1e-71  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.467651  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0584  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  48.42 
 
 		 329 aa  270  4e-71  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2946  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  48.29 
 
 		 314 aa  269  4e-71  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0664  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  49.21 
 
 		 334 aa  269  5e-71  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.286197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0342  DNA primase, small subunit  47.91 
 
 		 412 aa  267  2.9999999999999995e-70  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.938834  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6628  DNA primase small subunit  45.45 
 
 		 358 aa  265  1e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0103402  hitchhiker  0.0000202322 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3206  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  47.1 
 
 		 414 aa  265  1e-69  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2445  putative DNA ligase (ATP), C-terminal  47.4 
 
 		 326 aa  260  2e-68  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.858354  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0360  hypothetical protein  46.3 
 
 		 434 aa  259  7e-68  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0482134  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0370  hypothetical protein  46.3 
 
 		 434 aa  259  7e-68  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0349  DNA primase, small subunit  46.3 
 
 		 434 aa  259  7e-68  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10273  hypothetical protein  45.48 
 
 		 397 aa  253  4.0000000000000004e-66  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0854972 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0396  hypothetical protein  44.37 
 
 		 412 aa  248  1e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00684947  normal  0.451981 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5821  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  43.2 
 
 		 352 aa  246  3e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.305654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4154  DNA primase small subunit  43.91 
 
 		 408 aa  245  8e-64  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.348836  normal  0.978255 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2082  hypothetical protein  37.5 
 
 		 306 aa  186  7e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0598  hypothetical protein  34.73 
 
 		 314 aa  176  4e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.479165  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1986  DNA primase, small subunit  32.21 
 
 		 303 aa  171  3e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.328453  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2067  hypothetical protein  34.82 
 
 		 312 aa  167  2e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0552463 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  37.01 
 
 		 868 aa  159  9e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  36.65 
 
 		 868 aa  159  9e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1124  hypothetical protein  28.81 
 
 		 303 aa  153  5e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  32.26 
 
 		 865 aa  152  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  35.25 
 
 		 846 aa  151  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  32.38 
 
 		 861 aa  149  8e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  32.81 
 
 		 954 aa  147  3e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  29.86 
 
 		 646 aa  147  3e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1301  hypothetical protein  31.96 
 
 		 301 aa  143  5e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1670  DNA primase-like  32.25 
 
 		 527 aa  143  6e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.447053  hitchhiker  0.00316977 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  30.28 
 
 		 914 aa  142  7e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03410  DNA polymerase LigD polymerase domain protein  26.56 
 
 		 313 aa  142  8e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3248  DNA polymerase LigD polymerase subunit  33 
 
 		 328 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  26.35 
 
 		 815 aa  138  1e-31  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  31.31 
 
 		 1001 aa  138  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2863  DNA primase-like  30.34 
 
 		 352 aa  137  2e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.355668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  32.83 
 
 		 847 aa  138  2e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  31.45 
 
 		 840 aa  136  5e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  31.66 
 
 		 847 aa  135  9e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  32.03 
 
 		 658 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  29.97 
 
 		 940 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1207  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33 
 
 		 302 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.560779  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0258  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.39 
 
 		 292 aa  133  6e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.863775  normal  0.0831069 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4186  hypothetical protein  31.35 
 
 		 330 aa  132  6.999999999999999e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0264097  normal  0.220131 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  32.21 
 
 		 684 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  30.13 
 
 		 863 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  31.91 
 
 		 939 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19790  ATP-dependent DNA ligase  33.76 
 
 		 878 aa  132  1.0000000000000001e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.874876  normal  0.0111766 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  26.27 
 
 		 896 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  30.13 
 
 		 867 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  31.88 
 
 		 683 aa  129  7.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  31.19 
 
 		 833 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2856  DNA primase-like  31.01 
 
 		 455 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.101034  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  32.19 
 
 		 656 aa  129  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  31.05 
 
 		 848 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  30.52 
 
 		 837 aa  127  3e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7647  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  31.43 
 
 		 544 aa  127  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  28.99 
 
 		 866 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  33.23 
 
 		 828 aa  127  4.0000000000000003e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  30.5 
 
 		 658 aa  127  4.0000000000000003e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  30.94 
 
 		 837 aa  127  4.0000000000000003e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3085  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  24.83 
 
 		 299 aa  126  5e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.884253 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0817  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  30.94 
 
 		 522 aa  126  5e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.138014  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  30.34 
 
 		 877 aa  126  7e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  26.25 
 
 		 855 aa  125  9e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  28.52 
 
 		 851 aa  125  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  28.8 
 
 		 846 aa  125  1e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  28.85 
 
 		 864 aa  125  1e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0139  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  26.13 
 
 		 306 aa  124  2e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  31.66 
 
 		 886 aa  124  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  30.23 
 
 		 833 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>