203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_5821 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_5821  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  100 
 
 		 352 aa  721    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.305654  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3833  DNA primase small subunit  51.01 
 
 		 380 aa  335  5.999999999999999e-91  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1378  hypothetical protein  51.35 
 
 		 339 aa  330  3e-89  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.200655  normal  0.549475 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1543  DNA primase, small subunit  49.24 
 
 		 341 aa  325  7e-88  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.881236  normal  0.307141 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1486  DNA polymerase LigD polymerase subunit  48.62 
 
 		 341 aa  318  7e-86  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00018157 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2830  DNA primase small subunit  49.39 
 
 		 427 aa  317  2e-85  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0416  DNA primase small subunit  46.27 
 
 		 360 aa  312  5.999999999999999e-84  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1945  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  45.4 
 
 		 355 aa  311  1e-83  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.000971032  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4915  hypothetical protein  47.59 
 
 		 347 aa  311  1e-83  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0135401  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5004  hypothetical protein  47.59 
 
 		 347 aa  311  1e-83  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.761919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5283  DNA primase, small subunit  47.59 
 
 		 347 aa  311  1e-83  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6714  DNA primase small subunit  48.63 
 
 		 334 aa  310  2e-83  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0437742  normal  0.209987 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5542  hypothetical protein  48.19 
 
 		 349 aa  307  1.0000000000000001e-82  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13762  hypothetical protein  47.56 
 
 		 346 aa  308  1.0000000000000001e-82  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.798941 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2258  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  48.28 
 
 		 332 aa  307  2.0000000000000002e-82  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.20495 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5867  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  45.4 
 
 		 357 aa  305  8.000000000000001e-82  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.890125  normal  0.143768 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0652  DNA primase small subunit  47.59 
 
 		 341 aa  304  1.0000000000000001e-81  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.515323  normal  0.0515309 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1274  DNA primase, small subunit  46.39 
 
 		 349 aa  303  4.0000000000000003e-81  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.558044  normal  0.354887 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1571  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  46.63 
 
 		 330 aa  296  3e-79  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0584  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  42.69 
 
 		 354 aa  286  2.9999999999999996e-76  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0275907  hitchhiker  0.000216971 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0491  DNA primase small subunit  43.86 
 
 		 361 aa  284  2.0000000000000002e-75  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.209898  normal  0.702763 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6628  DNA primase small subunit  46.27 
 
 		 358 aa  283  3.0000000000000004e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0103402  hitchhiker  0.0000202322 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1675  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  43.03 
 
 		 371 aa  283  4.0000000000000003e-75  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1787  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  42.99 
 
 		 340 aa  280  2e-74  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000694862 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2031  hypothetical protein  43.28 
 
 		 340 aa  279  4e-74  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.232126  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0342  DNA primase, small subunit  46.84 
 
 		 412 aa  274  1.0000000000000001e-72  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.938834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0396  hypothetical protein  44.52 
 
 		 412 aa  269  5.9999999999999995e-71  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00684947  normal  0.451981 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3272  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  45.54 
 
 		 328 aa  268  1e-70  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.161629  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3426  hypothetical protein  46.28 
 
 		 414 aa  265  1e-69  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.467651  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3665  hypothetical protein  42.49 
 
 		 360 aa  264  2e-69  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15620  DNA polymerase LigD, polymerase domain  42.07 
 
 		 353 aa  262  6e-69  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.19081  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4038  DNA primase small subunit  40.86 
 
 		 364 aa  262  6e-69  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0821  DNA primase small subunit  40.92 
 
 		 360 aa  261  1e-68  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2236  DNA primase small subunit  42.86 
 
 		 323 aa  260  2e-68  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.848931  normal  0.182306 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3206  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  45.76 
 
 		 414 aa  258  7e-68  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0584  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  44.26 
 
 		 329 aa  257  2e-67  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4154  DNA primase small subunit  44.52 
 
 		 408 aa  255  8e-67  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.348836  normal  0.978255 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2095  DNA primase, small subunit  42.86 
 
 		 360 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.59622  normal  0.161983 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0360  hypothetical protein  43.81 
 
 		 434 aa  249  5e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0482134  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0370  hypothetical protein  43.81 
 
 		 434 aa  249  5e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0349  DNA primase, small subunit  43.81 
 
 		 434 aa  249  6e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10273  hypothetical protein  43.09 
 
 		 397 aa  247  2e-64  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0854972 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2445  putative DNA ligase (ATP), C-terminal  43.46 
 
 		 326 aa  246  3e-64  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.858354  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2946  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  43.29 
 
 		 314 aa  244  9.999999999999999e-64  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0664  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  42.37 
 
 		 334 aa  231  1e-59  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.286197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1124  hypothetical protein  34.34 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7781  putative DNA ligase-like protein  38.23 
 
 		 317 aa  185  1.0000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0711104  normal  0.114107 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3248  DNA polymerase LigD polymerase subunit  36.28 
 
 		 328 aa  180  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  34.06 
 
 		 896 aa  177  3e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2082  hypothetical protein  32.76 
 
 		 306 aa  174  9.999999999999999e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2802  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  36.81 
 
 		 302 aa  172  1e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0918963  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  32.6 
 
 		 646 aa  172  1e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2067  hypothetical protein  33.9 
 
 		 312 aa  171  2e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0552463 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  33.7 
 
 		 877 aa  171  2e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  32.97 
 
 		 855 aa  171  2e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03410  DNA polymerase LigD polymerase domain protein  31.79 
 
 		 313 aa  170  4e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1301  hypothetical protein  33.21 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  34.98 
 
 		 846 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  30.82 
 
 		 861 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0598  hypothetical protein  35.29 
 
 		 314 aa  164  2.0000000000000002e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.479165  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  34.68 
 
 		 954 aa  162  7e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  35.59 
 
 		 940 aa  162  9e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  36.24 
 
 		 847 aa  162  1e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  33.45 
 
 		 848 aa  161  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  33.57 
 
 		 882 aa  161  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  35.23 
 
 		 815 aa  161  2e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1670  DNA primase-like  32.06 
 
 		 527 aa  161  2e-38  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.447053  hitchhiker  0.00316977 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2863  DNA primase-like  33.45 
 
 		 352 aa  160  3e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.355668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  32.27 
 
 		 865 aa  160  5e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3085  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  31.34 
 
 		 299 aa  159  7e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.884253 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4308  DNA polymerase LigD polymerase subunit  32.56 
 
 		 306 aa  158  1e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  32.74 
 
 		 871 aa  158  1e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34930  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.63 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.564701  normal  0.292075 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  32.27 
 
 		 813 aa  157  3e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  33.22 
 
 		 868 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0201  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.53 
 
 		 778 aa  156  6e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.173659  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  36.14 
 
 		 658 aa  155  7e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1237  ATP dependent DNA ligase  34.69 
 
 		 304 aa  155  8e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  32.75 
 
 		 939 aa  155  9e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  30.8 
 
 		 902 aa  155  9e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1207  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.84 
 
 		 302 aa  154  2e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.560779  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  32.38 
 
 		 872 aa  154  2e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  32.88 
 
 		 868 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  34.24 
 
 		 1001 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  33.45 
 
 		 867 aa  152  8.999999999999999e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  34.63 
 
 		 825 aa  152  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  34.55 
 
 		 845 aa  151  2e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  33.33 
 
 		 864 aa  150  2e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5249  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.73 
 
 		 292 aa  150  3e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.398866  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2815  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  35.36 
 
 		 305 aa  150  3e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  33.1 
 
 		 863 aa  150  3e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1986  DNA primase, small subunit  29.35 
 
 		 303 aa  150  4e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.328453  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2991  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  34.48 
 
 		 293 aa  150  4e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3453  DNA primase, small subunit  31.63 
 
 		 301 aa  149  5e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  33.22 
 
 		 847 aa  149  6e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1335  ATP-dependent DNA ligase  36.82 
 
 		 980 aa  149  9e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3112  DNA ligase D  36.82 
 
 		 1157 aa  149  9e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0919454  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  30.52 
 
 		 847 aa  149  9e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  32.86 
 
 		 833 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4351  DNA polymerase LigD polymerase subunit  32.87 
 
 		 303 aa  148  2.0000000000000003e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>