203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_2095 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_2095  DNA primase, small subunit  100 
 
 		 360 aa  712    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.59622  normal  0.161983 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2236  DNA primase small subunit  91.95 
 
 		 323 aa  601  1.0000000000000001e-171  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.848931  normal  0.182306 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1945  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  62.13 
 
 		 355 aa  422  1e-117  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.000971032  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0584  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  62.65 
 
 		 354 aa  408  1e-113  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0275907  hitchhiker  0.000216971 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1675  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  60.93 
 
 		 371 aa  392  1e-108  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1543  DNA primase, small subunit  54.41 
 
 		 341 aa  362  7.0000000000000005e-99  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.881236  normal  0.307141 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0491  DNA primase small subunit  55.69 
 
 		 361 aa  358  8e-98  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.209898  normal  0.702763 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1486  DNA polymerase LigD polymerase subunit  53.82 
 
 		 341 aa  352  4e-96  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00018157 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1378  hypothetical protein  56.27 
 
 		 339 aa  351  1e-95  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.200655  normal  0.549475 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3272  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  57.37 
 
 		 328 aa  349  3e-95  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.161629  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1571  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  55.05 
 
 		 330 aa  345  6e-94  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6714  DNA primase small subunit  51.64 
 
 		 334 aa  344  1e-93  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0437742  normal  0.209987 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2258  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  51.32 
 
 		 332 aa  342  5e-93  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.20495 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0584  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  53.27 
 
 		 329 aa  339  4e-92  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2946  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  54.31 
 
 		 314 aa  333  2e-90  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0664  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  54.86 
 
 		 334 aa  333  4e-90  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.286197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3665  hypothetical protein  53.73 
 
 		 360 aa  333  4e-90  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2445  putative DNA ligase (ATP), C-terminal  53.44 
 
 		 326 aa  321  9.999999999999999e-87  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.858354  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5867  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  48.05 
 
 		 357 aa  318  7.999999999999999e-86  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.890125  normal  0.143768 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3426  hypothetical protein  49.85 
 
 		 414 aa  312  5.999999999999999e-84  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.467651  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13762  hypothetical protein  49.71 
 
 		 346 aa  311  1e-83  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.798941 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0821  DNA primase small subunit  51.23 
 
 		 360 aa  309  5e-83  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0652  DNA primase small subunit  50.43 
 
 		 341 aa  305  8.000000000000001e-82  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.515323  normal  0.0515309 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1274  DNA primase, small subunit  48.67 
 
 		 349 aa  302  6.000000000000001e-81  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.558044  normal  0.354887 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5542  hypothetical protein  50.15 
 
 		 349 aa  302  8.000000000000001e-81  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5283  DNA primase, small subunit  48.37 
 
 		 347 aa  299  5e-80  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4915  hypothetical protein  48.37 
 
 		 347 aa  299  6e-80  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0135401  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5004  hypothetical protein  48.37 
 
 		 347 aa  299  6e-80  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.761919  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4038  DNA primase small subunit  49.69 
 
 		 364 aa  298  1e-79  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3833  DNA primase small subunit  47.4 
 
 		 380 aa  297  2e-79  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3206  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  47.13 
 
 		 414 aa  293  4e-78  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0416  DNA primase small subunit  46.94 
 
 		 360 aa  289  4e-77  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2830  DNA primase small subunit  50 
 
 		 427 aa  288  9e-77  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0342  DNA primase, small subunit  46.63 
 
 		 412 aa  283  2.0000000000000002e-75  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.938834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0396  hypothetical protein  46.01 
 
 		 412 aa  283  5.000000000000001e-75  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00684947  normal  0.451981 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6628  DNA primase small subunit  46.13 
 
 		 358 aa  274  2.0000000000000002e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0103402  hitchhiker  0.0000202322 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1787  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  43.71 
 
 		 340 aa  270  4e-71  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000694862 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4154  DNA primase small subunit  44.14 
 
 		 408 aa  268  1e-70  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.348836  normal  0.978255 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0349  DNA primase, small subunit  43.54 
 
 		 434 aa  265  5.999999999999999e-70  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0360  hypothetical protein  43.54 
 
 		 434 aa  265  7e-70  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0482134  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0370  hypothetical protein  43.54 
 
 		 434 aa  265  7e-70  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2031  hypothetical protein  43.41 
 
 		 340 aa  261  1e-68  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.232126  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10273  hypothetical protein  44.21 
 
 		 397 aa  259  4e-68  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0854972 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15620  DNA polymerase LigD, polymerase domain  42.73 
 
 		 353 aa  249  6e-65  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.19081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5821  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  42.86 
 
 		 352 aa  239  5.999999999999999e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.305654  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2082  hypothetical protein  37.17 
 
 		 306 aa  192  1e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0598  hypothetical protein  37.46 
 
 		 314 aa  191  1e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.479165  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1124  hypothetical protein  34.26 
 
 		 303 aa  182  8.000000000000001e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  31.37 
 
 		 861 aa  181  1e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2067  hypothetical protein  37.21 
 
 		 312 aa  179  7e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0552463 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  30.72 
 
 		 646 aa  173  5e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1986  DNA primase, small subunit  31.86 
 
 		 303 aa  172  5.999999999999999e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.328453  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  29.58 
 
 		 896 aa  170  4e-41  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03410  DNA polymerase LigD polymerase domain protein  28.87 
 
 		 313 aa  167  2.9999999999999998e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  29.66 
 
 		 855 aa  164  2.0000000000000002e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19790  ATP-dependent DNA ligase  35.59 
 
 		 878 aa  156  6e-37  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.874876  normal  0.0111766 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  28.43 
 
 		 902 aa  155  1e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  36.07 
 
 		 847 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4308  DNA polymerase LigD polymerase subunit  31.78 
 
 		 306 aa  153  5e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3085  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  27.48 
 
 		 299 aa  152  8e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.884253 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  29.51 
 
 		 877 aa  149  7e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  35.47 
 
 		 658 aa  147  4.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2815  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  33.89 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1670  DNA primase-like  33.66 
 
 		 527 aa  145  1e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.447053  hitchhiker  0.00316977 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0139  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  28.53 
 
 		 306 aa  145  2e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  31.85 
 
 		 865 aa  144  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  34.15 
 
 		 656 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  35.14 
 
 		 683 aa  142  7e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  34.46 
 
 		 684 aa  142  9e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1207  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.44 
 
 		 302 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.560779  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0366  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  24.75 
 
 		 304 aa  139  7e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00411082  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  32.33 
 
 		 813 aa  139  7e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  30.36 
 
 		 871 aa  138  1e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1237  ATP dependent DNA ligase  32.79 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  32.95 
 
 		 868 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  30.69 
 
 		 872 aa  137  2e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  32.95 
 
 		 868 aa  138  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  32 
 
 		 846 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1301  hypothetical protein  32.01 
 
 		 301 aa  136  7.000000000000001e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0201  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  31.23 
 
 		 778 aa  136  7.000000000000001e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.173659  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34930  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.69 
 
 		 303 aa  135  9.999999999999999e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.564701  normal  0.292075 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  31.94 
 
 		 837 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  31.17 
 
 		 815 aa  134  1.9999999999999998e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  31.1 
 
 		 828 aa  134  3e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  30.19 
 
 		 1001 aa  132  6e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  32.05 
 
 		 837 aa  133  6e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  32.23 
 
 		 644 aa  132  7.999999999999999e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5249  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.33 
 
 		 292 aa  132  9e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.398866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2863  DNA primase-like  27.33 
 
 		 352 aa  132  1.0000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.355668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4351  DNA polymerase LigD polymerase subunit  31.58 
 
 		 303 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2856  DNA primase-like  32.76 
 
 		 455 aa  131  2.0000000000000002e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.101034  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3112  DNA ligase D  32.58 
 
 		 1157 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0919454  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3248  DNA polymerase LigD polymerase subunit  30.3 
 
 		 328 aa  130  4.0000000000000003e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  31.66 
 
 		 932 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  28.86 
 
 		 766 aa  130  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1335  ATP-dependent DNA ligase  32.58 
 
 		 980 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  29.43 
 
 		 815 aa  129  7.000000000000001e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  30.26 
 
 		 758 aa  129  8.000000000000001e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4438  ATP-dependent DNA ligase  30.26 
 
 		 758 aa  129  8.000000000000001e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0862477 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2802  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  31.7 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0918963  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>