203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_4154 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_4154  DNA primase small subunit  100 
 
 		 408 aa  814    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.348836  normal  0.978255 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3426  hypothetical protein  69.75 
 
 		 414 aa  554  1e-156  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.467651  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0396  hypothetical protein  68.58 
 
 		 412 aa  545  1e-154  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00684947  normal  0.451981 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0342  DNA primase, small subunit  68.25 
 
 		 412 aa  540  9.999999999999999e-153  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.938834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0360  hypothetical protein  66.03 
 
 		 434 aa  535  1e-151  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0482134  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0370  hypothetical protein  66.03 
 
 		 434 aa  535  1e-151  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0349  DNA primase, small subunit  66.75 
 
 		 434 aa  535  1e-151  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3206  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  68.75 
 
 		 414 aa  537  1e-151  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10273  hypothetical protein  65.59 
 
 		 397 aa  516  1.0000000000000001e-145  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0854972 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2830  DNA primase small subunit  58.8 
 
 		 427 aa  445  1.0000000000000001e-124  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6628  DNA primase small subunit  58.2 
 
 		 358 aa  327  2.0000000000000001e-88  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0103402  hitchhiker  0.0000202322 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3833  DNA primase small subunit  55.15 
 
 		 380 aa  309  5e-83  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6714  DNA primase small subunit  51.49 
 
 		 334 aa  297  2e-79  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0437742  normal  0.209987 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2258  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  52.86 
 
 		 332 aa  293  3e-78  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.20495 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1378  hypothetical protein  48.31 
 
 		 339 aa  281  2e-74  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.200655  normal  0.549475 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1543  DNA primase, small subunit  48.82 
 
 		 341 aa  275  1.0000000000000001e-72  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.881236  normal  0.307141 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1571  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  49.32 
 
 		 330 aa  268  1e-70  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0584  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  44.62 
 
 		 354 aa  267  2e-70  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0275907  hitchhiker  0.000216971 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0491  DNA primase small subunit  46.71 
 
 		 361 aa  268  2e-70  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.209898  normal  0.702763 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1945  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  44.2 
 
 		 355 aa  266  5e-70  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.000971032  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1486  DNA polymerase LigD polymerase subunit  48.48 
 
 		 341 aa  265  8.999999999999999e-70  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00018157 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2095  DNA primase, small subunit  45.08 
 
 		 360 aa  265  1e-69  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.59622  normal  0.161983 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1274  DNA primase, small subunit  46.86 
 
 		 349 aa  264  2e-69  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.558044  normal  0.354887 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1675  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  46.39 
 
 		 371 aa  262  8e-69  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2236  DNA primase small subunit  44.13 
 
 		 323 aa  259  4e-68  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.848931  normal  0.182306 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3272  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  46.82 
 
 		 328 aa  259  8e-68  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.161629  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4915  hypothetical protein  46.56 
 
 		 347 aa  258  1e-67  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0135401  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5004  hypothetical protein  46.56 
 
 		 347 aa  258  1e-67  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.761919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5283  DNA primase, small subunit  46.56 
 
 		 347 aa  258  1e-67  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5542  hypothetical protein  45.57 
 
 		 349 aa  257  2e-67  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13762  hypothetical protein  46.56 
 
 		 346 aa  255  8e-67  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.798941 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5867  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  43.23 
 
 		 357 aa  251  2e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.890125  normal  0.143768 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0584  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  45.97 
 
 		 329 aa  250  3e-65  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1787  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  44.37 
 
 		 340 aa  249  5e-65  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000694862 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2946  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  45.33 
 
 		 314 aa  248  2e-64  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0652  DNA primase small subunit  46.56 
 
 		 341 aa  247  2e-64  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.515323  normal  0.0515309 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2031  hypothetical protein  43.32 
 
 		 340 aa  247  3e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.232126  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2445  putative DNA ligase (ATP), C-terminal  45.93 
 
 		 326 aa  246  4.9999999999999997e-64  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.858354  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0664  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  45.39 
 
 		 334 aa  245  9e-64  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.286197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3665  hypothetical protein  43.91 
 
 		 360 aa  245  9e-64  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5821  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  44.52 
 
 		 352 aa  239  6.999999999999999e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.305654  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0416  DNA primase small subunit  41.16 
 
 		 360 aa  232  9e-60  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0821  DNA primase small subunit  38.79 
 
 		 360 aa  225  1e-57  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4038  DNA primase small subunit  40.2 
 
 		 364 aa  218  2e-55  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0598  hypothetical protein  43.05 
 
 		 314 aa  207  4e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.479165  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15620  DNA polymerase LigD, polymerase domain  38.49 
 
 		 353 aa  203  6e-51  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.19081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1124  hypothetical protein  34.07 
 
 		 303 aa  184  3e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2082  hypothetical protein  35.47 
 
 		 306 aa  183  5.0000000000000004e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  32.42 
 
 		 896 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  32.67 
 
 		 861 aa  174  3.9999999999999995e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2067  hypothetical protein  34.32 
 
 		 312 aa  171  2e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0552463 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3085  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.68 
 
 		 299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.884253 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2863  DNA primase-like  30.74 
 
 		 352 aa  163  6e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.355668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  37.21 
 
 		 847 aa  161  2e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  31.65 
 
 		 855 aa  160  3e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  32.31 
 
 		 871 aa  157  3e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0139  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  30.03 
 
 		 306 aa  157  4e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5249  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  37.5 
 
 		 292 aa  157  4e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.398866  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  30.72 
 
 		 646 aa  156  5.0000000000000005e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  32.99 
 
 		 872 aa  156  5.0000000000000005e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1986  DNA primase, small subunit  30.66 
 
 		 303 aa  155  1e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.328453  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0962  hypothetical protein  38.98 
 
 		 313 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.612546  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  31.99 
 
 		 877 aa  154  2e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  35.63 
 
 		 815 aa  154  2e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  31.67 
 
 		 902 aa  153  5e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  35.87 
 
 		 656 aa  152  8e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03410  DNA polymerase LigD polymerase domain protein  30.43 
 
 		 313 aa  151  2e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1023  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  38.58 
 
 		 313 aa  151  2e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4308  DNA polymerase LigD polymerase subunit  33.2 
 
 		 306 aa  150  3e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7781  putative DNA ligase-like protein  33.33 
 
 		 317 aa  149  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0711104  normal  0.114107 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  36.3 
 
 		 658 aa  148  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1007  DNA polymerase LigD polymerase subunit  36.76 
 
 		 305 aa  148  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.104732  hitchhiker  0.00609843 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3248  DNA polymerase LigD polymerase subunit  35.35 
 
 		 328 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1020  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  37.8 
 
 		 313 aa  147  3e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00719502  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1584  DNA polymerase LigD polymerase subunit  38.04 
 
 		 309 aa  147  3e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0991666  normal  0.0697444 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  35.11 
 
 		 825 aa  147  4.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0201  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.58 
 
 		 778 aa  144  2e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.173659  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  33.56 
 
 		 828 aa  144  2e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4351  DNA polymerase LigD polymerase subunit  34.38 
 
 		 303 aa  144  4e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  35.59 
 
 		 683 aa  143  6e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5608  DNA primase, small subunit  37.01 
 
 		 319 aa  143  6e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.613871  normal  0.440344 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  35.23 
 
 		 684 aa  142  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1207  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  35.02 
 
 		 302 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.560779  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34930  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  35.96 
 
 		 303 aa  141  1.9999999999999998e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.564701  normal  0.292075 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5228  hypothetical protein  36.65 
 
 		 310 aa  140  3e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1237  ATP dependent DNA ligase  33.21 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5316  hypothetical protein  36.65 
 
 		 310 aa  140  3e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  32.31 
 
 		 766 aa  140  3e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3967  DNA primase, small subunit  34.38 
 
 		 302 aa  139  6e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.641256  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.69 
 
 		 797 aa  140  6e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  27.99 
 
 		 815 aa  139  1e-31  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  33.33 
 
 		 845 aa  139  1e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1670  DNA primase-like  30.69 
 
 		 527 aa  138  1e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.447053  hitchhiker  0.00316977 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  33.58 
 
 		 759 aa  139  1e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  31.23 
 
 		 864 aa  138  2e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  30.1 
 
 		 954 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  31.14 
 
 		 651 aa  137  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2802  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  34.96 
 
 		 302 aa  136  6.0000000000000005e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0918963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  30.26 
 
 		 1001 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0366  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  28.01 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00411082  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>