203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_5249 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_5249  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  100 
 
 		 292 aa  591  1e-168  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.398866  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2991  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  55.17 
 
 		 293 aa  306  2.0000000000000002e-82  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34930  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  51.2 
 
 		 303 aa  303  2.0000000000000002e-81  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.564701  normal  0.292075 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4351  DNA polymerase LigD polymerase subunit  50.51 
 
 		 303 aa  289  4e-77  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1207  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  51.39 
 
 		 302 aa  286  2e-76  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.560779  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2863  DNA primase-like  49.31 
 
 		 352 aa  286  2.9999999999999996e-76  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.355668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3967  DNA primase, small subunit  50.17 
 
 		 302 aa  282  4.0000000000000003e-75  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.641256  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1237  ATP dependent DNA ligase  50.68 
 
 		 304 aa  279  5e-74  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  49.66 
 
 		 858 aa  263  4e-69  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1020  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  48.45 
 
 		 313 aa  259  3e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00719502  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0962  hypothetical protein  48.11 
 
 		 313 aa  255  7e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.612546  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1023  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  48.45 
 
 		 313 aa  253  2.0000000000000002e-66  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4308  DNA polymerase LigD polymerase subunit  46.1 
 
 		 306 aa  253  2.0000000000000002e-66  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  47.18 
 
 		 815 aa  253  2.0000000000000002e-66  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1007  DNA polymerase LigD polymerase subunit  47.89 
 
 		 305 aa  246  3e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.104732  hitchhiker  0.00609843 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0201  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  45.42 
 
 		 778 aa  245  8e-64  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.173659  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2802  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  44.18 
 
 		 302 aa  238  5.999999999999999e-62  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0918963  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  48.31 
 
 		 847 aa  234  1.0000000000000001e-60  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2815  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  42.76 
 
 		 305 aa  231  9e-60  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3453  DNA primase, small subunit  43.75 
 
 		 301 aa  231  1e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  45.39 
 
 		 831 aa  228  1e-58  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  46.13 
 
 		 845 aa  224  1e-57  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19790  ATP-dependent DNA ligase  47.53 
 
 		 878 aa  223  3e-57  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.874876  normal  0.0111766 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  46.01 
 
 		 816 aa  221  8e-57  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  47.19 
 
 		 852 aa  221  1.9999999999999999e-56  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  46.83 
 
 		 759 aa  218  1e-55  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  46.36 
 
 		 828 aa  217  2e-55  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2121  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  45.55 
 
 		 306 aa  216  5e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.368093  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  43.36 
 
 		 797 aa  216  5e-55  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  44.52 
 
 		 763 aa  212  4.9999999999999996e-54  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  43.86 
 
 		 758 aa  207  1e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4438  ATP-dependent DNA ligase  43.86 
 
 		 758 aa  207  1e-52  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0862477 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  43.86 
 
 		 758 aa  207  1e-52  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  41.18 
 
 		 766 aa  205  9e-52  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1124  hypothetical protein  37.68 
 
 		 303 aa  198  9e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  35.82 
 
 		 896 aa  193  3e-48  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  41.35 
 
 		 847 aa  192  7e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1584  DNA polymerase LigD polymerase subunit  43.01 
 
 		 309 aa  189  4e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0991666  normal  0.0697444 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2082  hypothetical protein  36.92 
 
 		 306 aa  187  2e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03410  DNA polymerase LigD polymerase domain protein  33.1 
 
 		 313 aa  186  3e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0598  hypothetical protein  38.89 
 
 		 314 aa  186  5e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.479165  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3085  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.05 
 
 		 299 aa  183  3e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.884253 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  34.32 
 
 		 855 aa  181  2e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2067  hypothetical protein  36.59 
 
 		 312 aa  178  1e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0552463 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1543  DNA primase, small subunit  36.68 
 
 		 341 aa  176  5e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.881236  normal  0.307141 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1670  DNA primase-like  34.72 
 
 		 527 aa  172  3.9999999999999995e-42  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.447053  hitchhiker  0.00316977 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1986  DNA primase, small subunit  35.66 
 
 		 303 aa  170  2e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.328453  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  34.24 
 
 		 861 aa  168  8e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1486  DNA polymerase LigD polymerase subunit  35.21 
 
 		 341 aa  166  4e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00018157 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0342  DNA primase, small subunit  37.37 
 
 		 412 aa  166  5e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.938834  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6628  DNA primase small subunit  38.64 
 
 		 358 aa  166  5.9999999999999996e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0103402  hitchhiker  0.0000202322 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  30.66 
 
 		 646 aa  166  5.9999999999999996e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6714  DNA primase small subunit  36.06 
 
 		 334 aa  166  5.9999999999999996e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0437742  normal  0.209987 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3248  DNA polymerase LigD polymerase subunit  38.21 
 
 		 328 aa  165  6.9999999999999995e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  32.16 
 
 		 902 aa  165  9e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0932  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  38.72 
 
 		 737 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.819515  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2830  DNA primase small subunit  38.18 
 
 		 427 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  36.13 
 
 		 896 aa  164  2.0000000000000002e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  35.11 
 
 		 872 aa  163  3e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0935  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  38.58 
 
 		 789 aa  162  7e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0727399  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  34.04 
 
 		 871 aa  160  2e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5867  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  37.01 
 
 		 357 aa  160  2e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.890125  normal  0.143768 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3426  hypothetical protein  34.13 
 
 		 414 aa  160  2e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.467651  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2258  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  35.36 
 
 		 332 aa  161  2e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.20495 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0817  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  35.74 
 
 		 522 aa  160  2e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.138014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  37.16 
 
 		 843 aa  160  3e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  36.4 
 
 		 846 aa  159  5e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3206  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.79 
 
 		 414 aa  159  6e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0396  hypothetical protein  34.95 
 
 		 412 aa  159  8e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00684947  normal  0.451981 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  34.4 
 
 		 825 aa  158  1e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  31.03 
 
 		 658 aa  157  2e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  32.44 
 
 		 815 aa  156  3e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  36.67 
 
 		 822 aa  157  3e-37  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4154  DNA primase small subunit  37.5 
 
 		 408 aa  157  3e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.348836  normal  0.978255 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0884  ATP dependent DNA ligase  39.1 
 
 		 726 aa  156  4e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.911309  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1378  hypothetical protein  35.02 
 
 		 339 aa  156  5.0000000000000005e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.200655  normal  0.549475 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1571  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  36.25 
 
 		 330 aa  154  1e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3833  DNA primase small subunit  36.16 
 
 		 380 aa  154  2e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2856  DNA primase-like  34.88 
 
 		 455 aa  153  2.9999999999999998e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.101034  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0139  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.32 
 
 		 306 aa  153  2.9999999999999998e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7647  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.6 
 
 		 544 aa  152  5e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  32.44 
 
 		 813 aa  152  5.9999999999999996e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10273  hypothetical protein  33.68 
 
 		 397 aa  152  5.9999999999999996e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0854972 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  36 
 
 		 845 aa  151  1e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13762  hypothetical protein  35.06 
 
 		 346 aa  151  2e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.798941 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2946  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  35 
 
 		 314 aa  151  2e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  35.63 
 
 		 865 aa  150  3e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4915  hypothetical protein  34.81 
 
 		 347 aa  149  4e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0135401  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5004  hypothetical protein  34.81 
 
 		 347 aa  149  4e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.761919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5283  DNA primase, small subunit  34.81 
 
 		 347 aa  149  4e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1274  DNA primase, small subunit  35.23 
 
 		 349 aa  149  4e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.558044  normal  0.354887 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  31.12 
 
 		 877 aa  149  8e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3272  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.53 
 
 		 328 aa  147  1.0000000000000001e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.161629  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0584  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  35.25 
 
 		 354 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0275907  hitchhiker  0.000216971 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7781  putative DNA ligase-like protein  33.73 
 
 		 317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0711104  normal  0.114107 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  34.41 
 
 		 818 aa  146  3e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0360  hypothetical protein  35.11 
 
 		 434 aa  146  3e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0482134  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0370  hypothetical protein  35.11 
 
 		 434 aa  146  3e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0349  DNA primase, small subunit  35.34 
 
 		 434 aa  147  3e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  33.6 
 
 		 837 aa  146  3e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>