More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TBFG_10956 on replicon NC_009565
Organism: Mycobacterium tuberculosis F11



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_0201  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  51.52 
 
 		 778 aa  719    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.173659  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  46.27 
 
 		 858 aa  640    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  50.12 
 
 		 831 aa  725    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 		 759 aa  1544    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  70.01 
 
 		 758 aa  1068    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  68.38 
 
 		 766 aa  1050    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4438  ATP-dependent DNA ligase  70.01 
 
 		 758 aa  1068    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0862477 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  70.8 
 
 		 763 aa  1096    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  47.54 
 
 		 816 aa  639    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  69.88 
 
 		 758 aa  1065    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  48.55 
 
 		 797 aa  704    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  47.14 
 
 		 852 aa  631  1e-179  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  43.1 
 
 		 847 aa  597  1e-169  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  43.68 
 
 		 828 aa  591  1e-167  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  43.28 
 
 		 845 aa  585  1.0000000000000001e-165  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19790  ATP-dependent DNA ligase  42.29 
 
 		 878 aa  537  1e-151  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.874876  normal  0.0111766 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  45.07 
 
 		 495 aa  389  1e-106  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34920  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  44.81 
 
 		 477 aa  347  6e-94  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140848  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  42.8 
 
 		 815 aa  333  7.000000000000001e-90  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  34.91 
 
 		 855 aa  283  7.000000000000001e-75  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  36.45 
 
 		 863 aa  282  2e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  36.59 
 
 		 871 aa  281  3e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  35.83 
 
 		 851 aa  280  5e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  36.48 
 
 		 867 aa  280  1e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  36.14 
 
 		 837 aa  278  4e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  34.09 
 
 		 877 aa  276  9e-73  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  35.63 
 
 		 818 aa  272  2e-71  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  35.96 
 
 		 871 aa  272  2e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  34.25 
 
 		 813 aa  270  1e-70  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  36.81 
 
 		 837 aa  268  2e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  33.21 
 
 		 861 aa  266  8e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  37.05 
 
 		 847 aa  266  1e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  36.04 
 
 		 847 aa  265  2e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1237  ATP dependent DNA ligase  51.74 
 
 		 304 aa  262  1e-68  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  36.11 
 
 		 840 aa  262  2e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  34 
 
 		 864 aa  261  5.0000000000000005e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  36.14 
 
 		 825 aa  259  9e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  34.7 
 
 		 847 aa  258  2e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  34.21 
 
 		 848 aa  258  3e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  36.33 
 
 		 822 aa  258  4e-67  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  35.44 
 
 		 872 aa  257  6e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2120  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  38.07 
 
 		 436 aa  256  1.0000000000000001e-66  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0836628  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  35.03 
 
 		 534 aa  251  5e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  36.13 
 
 		 901 aa  248  3e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  34.61 
 
 		 832 aa  248  3e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  33.07 
 
 		 815 aa  247  8e-64  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  34.1 
 
 		 833 aa  244  3e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  33.33 
 
 		 833 aa  242  2e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  45.54 
 
 		 321 aa  242  2e-62  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  33.65 
 
 		 834 aa  242  2e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  33.14 
 
 		 833 aa  241  5e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3967  DNA primase, small subunit  44.71 
 
 		 302 aa  236  1.0000000000000001e-60  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.641256  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34930  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  44.29 
 
 		 303 aa  233  1e-59  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.564701  normal  0.292075 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4351  DNA polymerase LigD polymerase subunit  44.03 
 
 		 303 aa  231  5e-59  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  34.27 
 
 		 896 aa  229  1e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  35.38 
 
 		 868 aa  225  3e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  34.98 
 
 		 868 aa  223  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2802  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  44.52 
 
 		 302 aa  222  1.9999999999999999e-56  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0918963  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1207  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  42.37 
 
 		 302 aa  219  1e-55  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.560779  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5249  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  46.83 
 
 		 292 aa  218  2.9999999999999998e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.398866  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2815  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  41.79 
 
 		 305 aa  214  4.9999999999999996e-54  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  34.52 
 
 		 846 aa  211  3e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2863  DNA primase-like  39.46 
 
 		 352 aa  210  9e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.355668  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4308  DNA polymerase LigD polymerase subunit  40.91 
 
 		 306 aa  204  5e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  32.41 
 
 		 837 aa  203  8e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2991  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  41.75 
 
 		 293 aa  202  3e-50  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1208  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  42.09 
 
 		 316 aa  195  3e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.433755  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1007  DNA polymerase LigD polymerase subunit  44.29 
 
 		 305 aa  193  8e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.104732  hitchhiker  0.00609843 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  35.8 
 
 		 896 aa  190  7e-47  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20210  DNA polymerase LigD-like ligase domain-containing protein  36.81 
 
 		 376 aa  187  5e-46  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0459497  normal  0.30843 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2002  ATP dependent DNA ligase  36.86 
 
 		 316 aa  187  8e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  37.58 
 
 		 644 aa  184  4.0000000000000006e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  35.01 
 
 		 902 aa  184  8.000000000000001e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  37.85 
 
 		 608 aa  181  7e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1903  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  40.58 
 
 		 311 aa  180  1e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1020  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  42.18 
 
 		 313 aa  179  2e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00719502  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  39.32 
 
 		 656 aa  178  3e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0962  hypothetical protein  41.58 
 
 		 313 aa  177  5e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.612546  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1023  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  42.12 
 
 		 313 aa  177  8e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  41.46 
 
 		 936 aa  176  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  41.46 
 
 		 936 aa  176  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  39.52 
 
 		 856 aa  176  1.9999999999999998e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3453  DNA primase, small subunit  38.46 
 
 		 301 aa  176  1.9999999999999998e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7010  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  38.33 
 
 		 350 aa  174  6.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.926095  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  37.58 
 
 		 866 aa  173  9e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  38.33 
 
 		 1001 aa  173  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1235  ATP dependent DNA ligase  35.24 
 
 		 311 aa  173  1e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.898519  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  39.18 
 
 		 845 aa  172  2e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  39.08 
 
 		 949 aa  172  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  39.08 
 
 		 932 aa  171  4e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  38.62 
 
 		 658 aa  170  7e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4352  DNA polymerase LigD ligase region  39.87 
 
 		 313 aa  171  7e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  37.5 
 
 		 684 aa  170  8e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  40 
 
 		 927 aa  170  9e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  38.08 
 
 		 603 aa  170  9e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  38.34 
 
 		 954 aa  170  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  38.06 
 
 		 882 aa  169  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6989  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  37.28 
 
 		 354 aa  169  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7782  putative ATP-dependent DNA ligase  36.94 
 
 		 351 aa  169  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.089551  normal  0.119022 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2121  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  40.61 
 
 		 306 aa  167  9e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.368093  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>