More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_2002 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_2002  ATP dependent DNA ligase  100 
 
 		 316 aa  649    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1488  ATP dependent DNA ligase, central  54.72 
 
 		 320 aa  345  7e-94  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  41.51 
 
 		 321 aa  228  7e-59  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  38.87 
 
 		 608 aa  206  4e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  37.5 
 
 		 902 aa  204  1e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0952  ATP dependent DNA ligase  34.74 
 
 		 307 aa  203  3e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  38.75 
 
 		 495 aa  202  6e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34920  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  39.94 
 
 		 477 aa  194  1e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140848  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2120  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  36.45 
 
 		 436 aa  189  4e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0836628  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  36.01 
 
 		 896 aa  189  5e-47  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  35.26 
 
 		 896 aa  189  5.999999999999999e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  36.86 
 
 		 759 aa  187  2e-46  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  37.5 
 
 		 658 aa  182  8.000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  34.46 
 
 		 877 aa  181  2e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  37.06 
 
 		 815 aa  180  2.9999999999999997e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  36.7 
 
 		 763 aa  180  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7782  putative ATP-dependent DNA ligase  36.13 
 
 		 351 aa  177  1e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.089551  normal  0.119022 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  35.92 
 
 		 831 aa  176  3e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  35.9 
 
 		 534 aa  177  3e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  36.73 
 
 		 766 aa  173  3.9999999999999995e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  35.16 
 
 		 871 aa  171  1e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  34.48 
 
 		 758 aa  171  1e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  35.18 
 
 		 872 aa  171  1e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4438  ATP-dependent DNA ligase  34.48 
 
 		 758 aa  171  1e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0862477 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  34.89 
 
 		 646 aa  171  2e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  36.42 
 
 		 828 aa  171  2e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  35.76 
 
 		 847 aa  170  3e-41  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  35.16 
 
 		 758 aa  170  3e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  35.53 
 
 		 656 aa  169  7e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1208  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  34.91 
 
 		 316 aa  168  1e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.433755  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1903  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  33.33 
 
 		 311 aa  167  2e-40  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  35.51 
 
 		 843 aa  166  5e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  35.65 
 
 		 816 aa  166  5.9999999999999996e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4352  DNA polymerase LigD ligase region  36.89 
 
 		 313 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  33.96 
 
 		 684 aa  163  3e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  35.76 
 
 		 847 aa  163  4.0000000000000004e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  34.81 
 
 		 845 aa  161  1e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  35.2 
 
 		 865 aa  161  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  32.71 
 
 		 852 aa  160  3e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  37.27 
 
 		 845 aa  159  5e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  33.33 
 
 		 658 aa  158  9e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20210  DNA polymerase LigD-like ligase domain-containing protein  36.08 
 
 		 376 aa  158  1e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0459497  normal  0.30843 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  35.76 
 
 		 825 aa  157  2e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5528  DNA ligase (ATP)  35.29 
 
 		 329 aa  157  3e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.418116  normal  0.413759 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5930  DNA ligase (ATP)  35.29 
 
 		 329 aa  157  3e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.030161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  33.87 
 
 		 837 aa  156  3e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.12 
 
 		 797 aa  156  5.0000000000000005e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1305  DNA polymerase LigD ligase region  33.11 
 
 		 343 aa  156  5.0000000000000005e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0414241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  32.91 
 
 		 855 aa  155  7e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1123  DNA ligase, putative  32.07 
 
 		 309 aa  155  1e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.91674  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03420  ATP dependent DNA ligase  33.1 
 
 		 285 aa  153  4e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3968  ATP dependent DNA ligase  36.36 
 
 		 312 aa  153  4e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.697199  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  32.2 
 
 		 822 aa  151  2e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  34.55 
 
 		 683 aa  151  2e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  30.5 
 
 		 858 aa  150  3e-35  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  34.09 
 
 		 847 aa  150  4e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1235  ATP dependent DNA ligase  31.75 
 
 		 311 aa  149  4e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.898519  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  33.44 
 
 		 644 aa  149  6e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  32.92 
 
 		 868 aa  149  6e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  31.94 
 
 		 861 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0596  ATP dependent DNA ligase  30.31 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.360914  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  33.33 
 
 		 846 aa  147  3e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5331  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  34.87 
 
 		 346 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.51032 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3103  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  32.18 
 
 		 336 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3242  DNA ligase D  32.04 
 
 		 657 aa  145  7.0000000000000006e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.99209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  34.38 
 
 		 837 aa  145  9e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  34.7 
 
 		 882 aa  144  1e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  32.04 
 
 		 871 aa  143  3e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6989  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  33.55 
 
 		 354 aa  143  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  32.6 
 
 		 846 aa  143  4e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  32 
 
 		 868 aa  142  6e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2396  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  32.14 
 
 		 349 aa  142  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.788698 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5557  DNA ligase (ATP)  33.75 
 
 		 328 aa  142  6e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.756283  normal  0.365478 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  32.8 
 
 		 833 aa  142  7e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7010  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  33.12 
 
 		 350 aa  142  7e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.926095  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  33.11 
 
 		 818 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  33.11 
 
 		 815 aa  142  9.999999999999999e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5730  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  34.2 
 
 		 350 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.996793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  32.06 
 
 		 840 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  32.91 
 
 		 863 aa  140  3e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  31.08 
 
 		 603 aa  140  3e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  33.12 
 
 		 895 aa  139  4.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  29.94 
 
 		 848 aa  139  7e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  32.03 
 
 		 851 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  31.8 
 
 		 867 aa  139  8.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  31.94 
 
 		 817 aa  138  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  31 
 
 		 882 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  30.63 
 
 		 864 aa  137  2e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  33.23 
 
 		 954 aa  136  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0201  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.03 
 
 		 778 aa  135  8e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.173659  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  29.87 
 
 		 866 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  31.43 
 
 		 847 aa  134  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  32.71 
 
 		 1001 aa  133  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  31.29 
 
 		 833 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  32.18 
 
 		 901 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0365  ATP dependent DNA ligase  30.54 
 
 		 324 aa  132  6e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0278595  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4916  ATP-dependent DNA ligase  30.79 
 
 		 353 aa  132  7.999999999999999e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0422666  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5005  ATP-dependent DNA ligase  30.79 
 
 		 353 aa  132  7.999999999999999e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.142668  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  32.82 
 
 		 927 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6876  ATP dependent DNA ligase  30.03 
 
 		 343 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.747253  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>