More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daud_0596 on replicon NC_010424
Organism: Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010424  Daud_0596  ATP dependent DNA ligase  100 
 
 		 310 aa  620  1e-177  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.360914  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0138  ATP dependent DNA ligase  37.11 
 
 		 327 aa  214  9.999999999999999e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.465735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0365  ATP dependent DNA ligase  35.08 
 
 		 324 aa  188  1e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0278595  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1123  DNA ligase, putative  34.77 
 
 		 309 aa  187  2e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.91674  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  38.44 
 
 		 495 aa  174  1.9999999999999998e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1649  ATP dependent DNA ligase  40.27 
 
 		 314 aa  171  2e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0952  ATP dependent DNA ligase  34.33 
 
 		 307 aa  168  8e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  32.29 
 
 		 902 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  31.68 
 
 		 608 aa  153  2.9999999999999998e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  35.97 
 
 		 759 aa  152  8e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  35.13 
 
 		 321 aa  150  3e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  34.6 
 
 		 818 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2002  ATP dependent DNA ligase  30.31 
 
 		 316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1208  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  36.68 
 
 		 316 aa  145  7.0000000000000006e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.433755  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  31.74 
 
 		 882 aa  142  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34920  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  37.79 
 
 		 477 aa  142  7e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140848  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2120  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  36.54 
 
 		 436 aa  142  9e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0836628  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  34.77 
 
 		 684 aa  141  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  37.38 
 
 		 815 aa  141  9.999999999999999e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1488  ATP dependent DNA ligase, central  32.33 
 
 		 320 aa  140  1.9999999999999998e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0201  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  36.49 
 
 		 778 aa  141  1.9999999999999998e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.173659  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  35.81 
 
 		 831 aa  139  7e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  35.71 
 
 		 852 aa  139  7e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  34.77 
 
 		 658 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  36.24 
 
 		 847 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  30.26 
 
 		 896 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  31.6 
 
 		 881 aa  136  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1903  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  35.58 
 
 		 311 aa  136  5e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  34.68 
 
 		 847 aa  135  8e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  33.33 
 
 		 813 aa  135  9e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  35.91 
 
 		 683 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  32.13 
 
 		 871 aa  134  9.999999999999999e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  29.35 
 
 		 877 aa  135  9.999999999999999e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  31.71 
 
 		 883 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  34.71 
 
 		 822 aa  134  1.9999999999999998e-30  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1235  ATP dependent DNA ligase  34.04 
 
 		 311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.898519  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6253  DNA polymerase LigD ligase subunit  33.45 
 
 		 343 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0234052  normal  0.998306 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  34.48 
 
 		 656 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  31.51 
 
 		 893 aa  133  3e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  31.8 
 
 		 534 aa  132  6.999999999999999e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  34.43 
 
 		 896 aa  132  1.0000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  31.48 
 
 		 872 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  31.36 
 
 		 766 aa  127  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  30.32 
 
 		 861 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  31.72 
 
 		 763 aa  127  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03420  ATP dependent DNA ligase  28.47 
 
 		 285 aa  126  4.0000000000000003e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  30.54 
 
 		 758 aa  126  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4438  ATP-dependent DNA ligase  30.54 
 
 		 758 aa  126  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0862477 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  31.25 
 
 		 758 aa  126  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  34.21 
 
 		 845 aa  125  7e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20210  DNA polymerase LigD-like ligase domain-containing protein  33.23 
 
 		 376 aa  125  9e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0459497  normal  0.30843 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  32.47 
 
 		 882 aa  125  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  31.85 
 
 		 866 aa  122  6e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  30.49 
 
 		 888 aa  122  9e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  32 
 
 		 886 aa  120  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  30.74 
 
 		 853 aa  120  3e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  32.19 
 
 		 913 aa  120  3.9999999999999996e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.88 
 
 		 797 aa  120  3.9999999999999996e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  28.91 
 
 		 900 aa  120  3.9999999999999996e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  28.94 
 
 		 855 aa  119  4.9999999999999996e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3103  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  33.66 
 
 		 336 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  34 
 
 		 936 aa  119  9e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  34.33 
 
 		 936 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  33.57 
 
 		 828 aa  117  1.9999999999999998e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  33.89 
 
 		 939 aa  117  3e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  30.36 
 
 		 901 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  30.42 
 
 		 644 aa  116  3.9999999999999997e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7782  putative ATP-dependent DNA ligase  30.69 
 
 		 351 aa  115  6.9999999999999995e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.089551  normal  0.119022 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6989  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  28.66 
 
 		 354 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  28.33 
 
 		 895 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  28.43 
 
 		 646 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  28.43 
 
 		 815 aa  114  2.0000000000000002e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  31.96 
 
 		 658 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  29.76 
 
 		 911 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  30.98 
 
 		 851 aa  114  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6876  ATP dependent DNA ligase  33.1 
 
 		 343 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.747253  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  31.67 
 
 		 834 aa  114  3e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  29.49 
 
 		 866 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  31.38 
 
 		 867 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  32.62 
 
 		 825 aa  113  4.0000000000000004e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  30 
 
 		 865 aa  113  5e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1305  DNA polymerase LigD ligase region  33.33 
 
 		 343 aa  113  5e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0414241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  30.77 
 
 		 863 aa  112  6e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  34.33 
 
 		 927 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4352  DNA polymerase LigD ligase region  32.37 
 
 		 313 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  31.46 
 
 		 816 aa  111  2.0000000000000002e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  33.55 
 
 		 949 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3242  DNA ligase D  29.5 
 
 		 657 aa  110  3e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.99209  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  31.23 
 
 		 846 aa  109  5e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  33.33 
 
 		 927 aa  109  5e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5528  DNA ligase (ATP)  35.63 
 
 		 329 aa  109  6e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.418116  normal  0.413759 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5930  DNA ligase (ATP)  35.63 
 
 		 329 aa  109  6e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.030161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  31.79 
 
 		 940 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  30 
 
 		 603 aa  108  9.000000000000001e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  29.39 
 
 		 930 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  31.46 
 
 		 845 aa  107  2e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  29.59 
 
 		 833 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  33.11 
 
 		 932 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  28.67 
 
 		 918 aa  106  5e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  29.59 
 
 		 651 aa  106  6e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.373122 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>