More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_1123 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008346  Swol_1123  DNA ligase, putative  100 
 
 		 309 aa  639    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.91674  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0138  ATP dependent DNA ligase  35.15 
 
 		 327 aa  198  1.0000000000000001e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.465735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0596  ATP dependent DNA ligase  34.77 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.360914  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0365  ATP dependent DNA ligase  33.02 
 
 		 324 aa  174  1.9999999999999998e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0278595  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  34.31 
 
 		 608 aa  171  2e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34920  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  35.07 
 
 		 477 aa  162  6e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140848  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  34.9 
 
 		 495 aa  157  2e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  33.56 
 
 		 684 aa  156  4e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7782  putative ATP-dependent DNA ligase  33.56 
 
 		 351 aa  155  7e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.089551  normal  0.119022 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2002  ATP dependent DNA ligase  32.07 
 
 		 316 aa  155  1e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  34.54 
 
 		 853 aa  154  2e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  35.37 
 
 		 882 aa  152  5e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  31.33 
 
 		 321 aa  152  7e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0952  ATP dependent DNA ligase  31.14 
 
 		 307 aa  152  8e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4352  DNA polymerase LigD ligase region  33.45 
 
 		 313 aa  150  2e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  32.88 
 
 		 658 aa  150  3e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1488  ATP dependent DNA ligase, central  33 
 
 		 320 aa  149  7e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1649  ATP dependent DNA ligase  31.74 
 
 		 314 aa  149  9e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  32.88 
 
 		 683 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  31.86 
 
 		 656 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  33.81 
 
 		 759 aa  142  7e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3968  ATP dependent DNA ligase  34.17 
 
 		 312 aa  142  8e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.697199  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  32.99 
 
 		 815 aa  141  9.999999999999999e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  34.51 
 
 		 813 aa  141  9.999999999999999e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  30.98 
 
 		 852 aa  139  4.999999999999999e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1903  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  31.72 
 
 		 311 aa  139  7e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  31.45 
 
 		 818 aa  139  7e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1208  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  32.88 
 
 		 316 aa  138  8.999999999999999e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.433755  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  33.9 
 
 		 896 aa  138  1e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  30.39 
 
 		 763 aa  138  1e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  33.45 
 
 		 822 aa  137  2e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  31.82 
 
 		 828 aa  137  2e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  31.42 
 
 		 825 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2120  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  31.76 
 
 		 436 aa  136  5e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0836628  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  31.05 
 
 		 766 aa  135  9.999999999999999e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3242  DNA ligase D  31.67 
 
 		 657 aa  133  3e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.99209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  33.12 
 
 		 847 aa  134  3e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  33.9 
 
 		 847 aa  133  3.9999999999999996e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  32.76 
 
 		 871 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  34.83 
 
 		 846 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  29.47 
 
 		 896 aa  130  4.0000000000000003e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  31.8 
 
 		 902 aa  129  5.0000000000000004e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  32.67 
 
 		 877 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  31.86 
 
 		 837 aa  129  6e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  32.76 
 
 		 872 aa  127  3e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  32.38 
 
 		 866 aa  126  5e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  33 
 
 		 939 aa  126  5e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  29.54 
 
 		 845 aa  125  7e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1235  ATP dependent DNA ligase  29.47 
 
 		 311 aa  125  8.000000000000001e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.898519  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  32.07 
 
 		 831 aa  125  9e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  31.29 
 
 		 651 aa  125  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  31.21 
 
 		 646 aa  124  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  28.86 
 
 		 758 aa  124  2e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20210  DNA polymerase LigD-like ligase domain-containing protein  30.87 
 
 		 376 aa  124  2e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0459497  normal  0.30843 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  34.26 
 
 		 927 aa  124  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  26.17 
 
 		 797 aa  124  2e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4438  ATP-dependent DNA ligase  28.86 
 
 		 758 aa  124  2e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0862477 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  33.81 
 
 		 856 aa  124  2e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  29.55 
 
 		 758 aa  124  2e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  32.33 
 
 		 534 aa  123  3e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  31.16 
 
 		 864 aa  124  3e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  31.65 
 
 		 901 aa  123  5e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  27.78 
 
 		 888 aa  123  5e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6989  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  30.5 
 
 		 354 aa  122  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  28.67 
 
 		 882 aa  122  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03420  ATP dependent DNA ligase  30.8 
 
 		 285 aa  122  9e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  31.54 
 
 		 833 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  32.49 
 
 		 851 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  32.17 
 
 		 954 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  33.33 
 
 		 936 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  28.19 
 
 		 883 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  33.33 
 
 		 936 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  30.2 
 
 		 861 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  30.61 
 
 		 845 aa  120  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6876  ATP dependent DNA ligase  29.53 
 
 		 343 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.747253  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  27.12 
 
 		 865 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7010  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  30.5 
 
 		 350 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.926095  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1305  DNA polymerase LigD ligase region  32.3 
 
 		 343 aa  120  3e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0414241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  30.2 
 
 		 815 aa  120  3e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  28.62 
 
 		 913 aa  120  3.9999999999999996e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  30.71 
 
 		 867 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  30.1 
 
 		 847 aa  120  3.9999999999999996e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4772  DNA ligase D  32.99 
 
 		 651 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  28.62 
 
 		 881 aa  119  6e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  31.29 
 
 		 658 aa  119  6e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  30.71 
 
 		 863 aa  119  7.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6253  DNA polymerase LigD ligase subunit  31.36 
 
 		 343 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0234052  normal  0.998306 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  28.44 
 
 		 900 aa  118  9.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  28.08 
 
 		 644 aa  118  9.999999999999999e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0201  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  30.72 
 
 		 778 aa  118  1.9999999999999998e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.173659  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  31.75 
 
 		 837 aa  117  3e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  31.65 
 
 		 833 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  30.85 
 
 		 847 aa  116  5e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  27.89 
 
 		 603 aa  116  6e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  28.9 
 
 		 886 aa  115  8.999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  28.77 
 
 		 918 aa  115  1.0000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  31.54 
 
 		 833 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  28.67 
 
 		 858 aa  115  1.0000000000000001e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  31.23 
 
 		 834 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  32.09 
 
 		 832 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>