More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_6989 on replicon NC_012858
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012858  Rleg_7010  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  90.14 
 
 		 350 aa  635    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.926095  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6989  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  100 
 
 		 354 aa  716    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2396  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  73.78 
 
 		 349 aa  510  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.788698 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5331  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  61.92 
 
 		 346 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.51032 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5730  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  59.6 
 
 		 350 aa  427  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.996793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1305  DNA polymerase LigD ligase region  57.49 
 
 		 343 aa  353  2e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0414241  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3103  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  44.84 
 
 		 336 aa  275  7e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4835  ATP dependent DNA ligase  59.06 
 
 		 275 aa  266  2.9999999999999995e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0490207 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  46.23 
 
 		 856 aa  245  9e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  45.25 
 
 		 834 aa  238  8e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  43 
 
 		 644 aa  238  1e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  40.92 
 
 		 871 aa  226  6e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  40.43 
 
 		 845 aa  221  1.9999999999999999e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6253  DNA polymerase LigD ligase subunit  40.59 
 
 		 343 aa  218  1e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0234052  normal  0.998306 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  43.87 
 
 		 837 aa  218  1e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6876  ATP dependent DNA ligase  39.27 
 
 		 343 aa  218  2e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.747253  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  41.64 
 
 		 846 aa  217  2.9999999999999998e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  41.37 
 
 		 840 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  39.68 
 
 		 901 aa  211  1e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  42.9 
 
 		 845 aa  210  3e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  37.42 
 
 		 853 aa  209  5e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2161  ATP dependent DNA ligase  43 
 
 		 313 aa  209  6e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.379865  normal  0.199532 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2316  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  43 
 
 		 313 aa  209  6e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  39.67 
 
 		 847 aa  208  1e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  41.37 
 
 		 847 aa  207  2e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  36.89 
 
 		 864 aa  207  2e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  40.52 
 
 		 833 aa  207  3e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  37.93 
 
 		 848 aa  206  4e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  37.42 
 
 		 837 aa  206  7e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  40.47 
 
 		 656 aa  204  1e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  39.64 
 
 		 936 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  39.02 
 
 		 822 aa  204  3e-51  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  39.64 
 
 		 936 aa  203  4e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  40 
 
 		 939 aa  203  4e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  37.57 
 
 		 843 aa  202  6e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  38.7 
 
 		 927 aa  202  6e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  38.69 
 
 		 883 aa  202  6e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  41.22 
 
 		 684 aa  202  8e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  36.22 
 
 		 866 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3852  ATP dependent DNA ligase  40.8 
 
 		 315 aa  202  9.999999999999999e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  38.11 
 
 		 1001 aa  200  3e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  40.68 
 
 		 658 aa  200  3.9999999999999996e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  38.94 
 
 		 882 aa  200  3.9999999999999996e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  39.54 
 
 		 954 aa  199  5e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  36.01 
 
 		 651 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  38.31 
 
 		 818 aa  198  1.0000000000000001e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  36.78 
 
 		 833 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  39.1 
 
 		 871 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  38.34 
 
 		 893 aa  197  2.0000000000000003e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  37.42 
 
 		 865 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  39.26 
 
 		 817 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  37.34 
 
 		 940 aa  197  3e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  36.88 
 
 		 832 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  36.17 
 
 		 833 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  35.4 
 
 		 851 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  37.26 
 
 		 881 aa  196  7e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  37.38 
 
 		 882 aa  195  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  36.07 
 
 		 815 aa  193  5e-48  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  39.23 
 
 		 927 aa  192  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  35.31 
 
 		 813 aa  192  1e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  36.64 
 
 		 863 aa  191  2e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  38.69 
 
 		 872 aa  190  4e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  38.71 
 
 		 900 aa  190  4e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  39.31 
 
 		 949 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  36.97 
 
 		 867 aa  188  1e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4772  DNA ligase D  36.16 
 
 		 651 aa  188  1e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  41.61 
 
 		 683 aa  187  2e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  37.91 
 
 		 866 aa  188  2e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  40.27 
 
 		 658 aa  187  3e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  38.11 
 
 		 913 aa  186  4e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  39.54 
 
 		 847 aa  186  5e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  37.99 
 
 		 930 aa  186  7e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  38.77 
 
 		 932 aa  186  7e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  37.3 
 
 		 825 aa  186  8e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  40.92 
 
 		 918 aa  185  8e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  39.22 
 
 		 914 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  38.06 
 
 		 888 aa  184  3e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  37.83 
 
 		 825 aa  182  7e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  35.89 
 
 		 895 aa  181  1e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  37.26 
 
 		 603 aa  181  1e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  38.71 
 
 		 911 aa  182  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  36.83 
 
 		 608 aa  181  1e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4171  ATP-dependent DNA ligase  39.54 
 
 		 914 aa  181  1e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.497319  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  40.58 
 
 		 886 aa  181  2e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  33.66 
 
 		 896 aa  179  9e-44  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  35.29 
 
 		 534 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  34.08 
 
 		 902 aa  171  1e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2988  DNA ligase, ATP-dependent  36.34 
 
 		 1163 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  37.28 
 
 		 759 aa  169  6e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  35.4 
 
 		 837 aa  166  4e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7782  putative ATP-dependent DNA ligase  35.86 
 
 		 351 aa  166  6.9999999999999995e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.089551  normal  0.119022 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  33.12 
 
 		 877 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  37.89 
 
 		 766 aa  163  3e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  35.76 
 
 		 896 aa  162  7e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  34.98 
 
 		 495 aa  159  8e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2120  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  36.6 
 
 		 436 aa  157  3e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0836628  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  34.64 
 
 		 646 aa  155  1e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  33.56 
 
 		 855 aa  152  5.9999999999999996e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  36.81 
 
 		 763 aa  152  1e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.74 
 
 		 797 aa  151  2e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>